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高速分子動画撮影によるTRPチャネルの熱刺激応答機構の解明

Publicly Offered Research

Project AreaNon-equilibrium-state molecular movies and their applications
Project/Area Number 20H05445
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionTottori University

Principal Investigator

日野 智也  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (40373360)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥11,180,000 (Direct Cost: ¥8,600,000、Indirect Cost: ¥2,580,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
KeywordsTRPチャネル / X線結晶構造解析 / 赤外分光法 / クライオ電子顕微鏡 / イオンチャネル / シリアルフェムト秒X線結晶構造解析 / 温度感知タンパク質 / 膜タンパク質 / 赤外分光
Outline of Research at the Start

TRPチャネルは、脊椎動物において環境温度の感知機能を担う陽イオン選択的イオンチャネルである。これまでに、TRPチャネルの立体構造から熱刺激受容による活性化機構のモデルが提唱されたが、生理的環境下において起こる構造変化と同一か疑問が残る。加えて、温度センサー部位については情報が得られていない。そこで、本研究ではタンパク質の構造変化を高い時空間分解能で動画化することが可能なシリアルフェムト秒X線結晶構造解析 (SFX) 法に温度ジャンプ法を組み合わせ、熱刺激直後に起こる構造変化を検出することによりTRPチャネルの温度センサー部位の同定を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

TRPチャネルは、環境温度の感知機能を担う陽イオン選択的イオンチャネルである。これまでに、TRPV3が熱刺激を受けたのちの感作状態及び活性化型の立体構造が報告されているが、熱感知機構において最も重要な温度センサー部位については情報が得られていない。そこで、本研究ではタンパク質の構造変化を高い時空間分解能で動画化することが可能なシリアルフェムト秒X線結晶構造解析 (SFX) 法に温度ジャンプ法を組み合わせ、熱刺激直後に起こる構造変化を検出することによりTRPチャネルの温度センサー部位の同定を目指す。ついで、この構造変化が生理的環境と類似した脂質膜環境下と同一であるかを赤外分光法により検証する。さらに、温度感知域の異なるTRPチャネルに対しても同様の解析を行い、TRPチャネル間に共通する熱感知機構を抽出する。
今年度は、TRPV3微結晶の高品質化と大量調製及び、TRPV3とは異なる温度域で活性化するTRPV4の構造解析に取り組んだ。
TRPV3精製試料の品質を確認するため、クライオ電子顕微鏡による単粒子解析を実施した結果、3.5A分解能で構造決定することができ、十分な均一性を持つ精製試料であることが実証された。本試料を用いて、さまざまな界面活性剤に置換したのちに結晶化を試みたが、現時点では高品質化するには至っていない。また、赤外分光法によるTRPV3の構造変化を検出するために、膜骨格タンパク質を用いて脂質環境を再構成した試料を調製し、現在分析を行なっている。
一方、TRPV4ではクライオ電子顕微鏡単粒子解析を進め、4A分解能のマップを得ることに成功した。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] Crystal structures of a 6-dimethylallyltryptophan synthase, IptA: Insights into substrate tolerance and enhancement of prenyltransferase activity2022

    • Author(s)
      Hironori Suemune, Doukan Nishimura, Kenjiro Mizutani, Yusuke Sato, Tomoya Hino, Hiroshi Takagi, Yumi Shiozaki-Sato, Shunji Takahashi*, Shingo Nagano*
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      Volume: 593 Pages: 144-150

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.01.018

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of the adenylation domain from an ε-poly-l-lysine synthetase provides molecular mechanism for substrate specificity2022

    • Author(s)
      Takaki Okamoto, Kazuya Yamanaka, Yoshimitsu Hamano, Shingo Nagano, TomoyaHino*
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      Volume: 596 Pages: 43-48

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.01.053

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole‐Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase‐Like Enzymes2022

    • Author(s)
      Nagata Ryuhei、Suemune Hironori、Kobayashi Masaya、Shinada Tetsuro、Shin‐ya Kazuo、Nishiyama Makoto、Hino Tomoya、Sato Yusuke、Kuzuyama Tomohisa、Nagano Shingo
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 61 Issue: 20

    • DOI

      10.1002/anie.202117430

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons2021

    • Author(s)
      Fujiyama Keisuke、Kato Naoki、Re Suyong、Kinugasa Kiyomi、Watanabe Kohei、Takita Ryo、Nogawa Toshihiko、Hino Tomoya、Osada Hiroyuki、Sugita Yuji、Takahashi Shunji、Nagano Shingo
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Issue: 41 Pages: 22401-22410

    • DOI

      10.1002/anie.202106186

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The structure of lipid nanodisc-reconstituted TRPV3 reveals the gating mechanism2020

    • Author(s)
      Shimada Hiroto*、Kusakizako Tsukasa*、Dung Nguyen T. H.、Nishizawa Tomohiro、Hino Tomoya、Tominaga Makoto、Nureki Osamu (*equal contribution)
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 27 Issue: 7 Pages: 645-652

    • DOI

      10.1038/s41594-020-0439-z

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Applicability of Styrene-Maleic Acid Copolymer for Two Microbial Rhodopsins, RxR and HsSRI.2020

    • Author(s)
      Tetsuya Ueta, Keiichi Kojima, Tomoya Hino, Mikihiro Shibata, Shingo Nagano, Yuki Sudo*
    • Journal Title

      Biophysical journal

      Volume: 119 Issue: 9 Pages: 1760-1770

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2020.09.026

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] スクアレン合成酵素に類似した放線菌由来新規カルバゾールプレニル基転移酵素の結晶構造と反応機構2021

    • Author(s)
      末宗周憲, 永田 隆平, 小林 正弥, 品田 哲郎, 西山 真, 葛山 智久, 佐藤裕介, 日野 智也, 永野 真吾
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ジャガイモやトマトに含まれる有毒なスピロソランを 代謝変換する16位水酸化酵素と20位脱水素酵素の反応メカニズム2021

    • Author(s)
      宮崎麻紗美, 藤山敬介, 佐藤祐介, 日野智也, 水谷正治, 秋山遼太, 加藤純平, 重田育照, 庄司光男, 永野真吾,
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 酵母を用いた高発現化GPCR変異体の スクリーニング手法の検討2021

    • Author(s)
      岡部勇輝、中嶋萌生、 永野真吾、日野智也
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] RAD23A-UBA2によるK48鎖特異的認識機構の構造基盤2021

    • Author(s)
      佐藤裕介、瓜島絢 日野智也、永野真吾
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] スクアレン合成酵素に類似した放線菌由来新規カルバゾールプレニル基転移酵素の結晶構造と反応機構2021

    • Author(s)
      末宗周憲, 永田 隆平, 小林 正弥, 品田 哲郎, 西山 真, 葛山 智久, 佐藤裕介, 日野 智也, 永野 真吾
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工低分子リガンドHPPUと特異的に結合する人工抗体Monobodyの複合体結晶化に向けた精製条件の検討2021

    • Author(s)
      遠藤鴻志郎, 都築成晃, 佐藤裕介, 村上裕, 永野真吾, 日野智也
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] トマチンを代謝する2種類の酸化酵素の 結晶構造が示す意外な分子メカニズム2021

    • Author(s)
      宮崎麻紗美, 藤山敬介, 佐藤祐介, 日野智也, 水谷正治, 秋山遼太, 加藤純平, 重田育照, 庄司光男, 永野真吾,
    • Organizer
      令和3年 (2021年) 度 日本結晶学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] タウリン水酸化酵素の時分割シリアルフェムト秒X線結晶構造解析に向けた微結晶化と構造解析2021

    • Author(s)
      三坂圭生,宮﨑麻紗美,日野智也,佐藤裕介,永野真吾
    • Organizer
      令和3年 (2021年) 度 日本結晶学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] SFXによるTRPチャネルの熱刺激感知機構の解明に向けた微結晶試料の作製2020

    • Author(s)
      〇三坂 圭生,前田 朋輝,細川 航輔,永野 真吾,日野 智也
    • Organizer
      令和2年度新学術領域「高速分子動画」シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] TRPチャネルの熱刺激応答機構を解明したい2020

    • Author(s)
      ◯日野智也
    • Organizer
      令和2年度新学術領域「高速分子動画」シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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