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生体必須金属セレンの動態の鍵を握るセレノプロテインP、そのブラックボックスを開く

Publicly Offered Research

Project AreaIntegrated Biometal Science: Research to Explore Dynamics of Metals in Cellular System
Project/Area Number 20H05516
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionKyoto Prefectural University

Principal Investigator

田中 俊一  京都府立大学, 生命環境科学研究科, 准教授 (70591387)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Keywordsセレン / セレノプロテインP / X線結晶構造解析 / ケミカルバイオロジー / 人工結合タンパク質 / 生体必須微量金属 / セレノシステイン
Outline of Research at the Start

ヒトには25種類のセレンタンパク質が存在するが、それらの中で唯一セレンの動態に関わるのがセレノプロテインP(SelP)である。これまでの研究から、SelP は生命の維持や疾患の発症と密接に関わることが次々と明らかになってきた。しかし、そのタンパク質レベルでの研究は進んでおらず、SelPによるセレンの運搬や供給、そして疾病発症の機序はいまだブラックボックスのままである。
そこで本研究では、研究代表者らの独自のアプローチを展開し、SelPの立体構造情報を得るとともに、その構造的特徴がどのような機能発現と関係するのかを紐解くことで、上述のブラックボックスを開く鍵を得る。

Outline of Annual Research Achievements

本研究課題の趣旨は、セレノプロテインP(SelP)のタンパク質レベルでの研究を推進し、SelPによるセレンの運搬や供給、疾病発症のしくみの理解に繋げることにある。本年度は、SelPの構造機能解析として、(1)リコンビナントSelPの物性解析と結晶構造解析、(2)Sec導入型recSelPの調製と諸特性解析、(3)MonobodyによるSelPの細胞内取り込み阻害能解析、を進めた。
(1)について、大腸菌発現によるリコンビナントSelP(recSelP)の調製に成功し、分光学的・生化学的解析から、recSelPは天然型のSelPと同等の構造を有していることが示唆された。続いてrecSelPの結晶化に取り組み、recSelPの特異的に結合する人工結合タンパク質monobodyとの複合体で良質な結晶を得ることができた。SPring-8 BL41XUにおいて2.4Å分解能でのX線回折データの取得にも成功し、現在、構造解析を進めている。
(2)について、非天然型アミノ酸をタンパク質の目的部位に導入することができる大腸菌発現系を用いて、Sec導入型リコンビナントSelPの調製を試みた。高純度の精製タンパク質サンプルの調製に成功し、立命館大 三原先生にDAN法による解析を行っていただいたところ、8割以上の高率でSecが導入されていることが確認できた。現在、当該タンパク質を用いて還元活性測定を進めている。
(3)について、SelPの酵素触媒機能における重要部位や、細胞内取り込みにおける重要部位を探索する目的で、SelPのN末端領域とC末端領域のそれぞれに結合するmonobodyを取得した。N末端領域に対しては5種類、C末端領域に対しては1種類得られている。現在、東北大 斎藤先生にご協力をいただき、これらのmonobodyを用いて、酵素触媒機能や細胞内取り込みに対する影響を解析している。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 2 results) Presentation (12 results) (of which Invited: 1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Growth of Acetaminophen Polymorphic Crystals and Solution-Mediated Phase Transition from Trihydrate to Form II in Agarose Gel2021

    • Author(s)
      Nishigaki Akari、Maruyama Mihoko、Tanaka Shun-ichi、Yoshikawa Hiroshi Y.、Imanishi Masayuki、Yoshimura Masashi、Mori Yusuke、Takano Kazufumi
    • Journal Title

      Crystals

      Volume: 11 Issue: 9 Pages: 1069-1069

    • DOI

      10.3390/cryst11091069

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Multicolor imaging of calcium-binding proteins in human kidney stones for elucidating the effects of proteins on crystal growth2021

    • Author(s)
      Tanaka Yutaro、Maruyama Mihoko、Okada Atsushi、Furukawa Yoshihiro、Momma Koichi、Sugiura Yuki、Tajiri Rie、Sawada Koichi P.、Tanaka Shunichi、Takano Kazufumi、Taguchi Kazumi、Hamamoto Shuzo、Ando Ryosuke、Tsukamoto Katsuo、Yoshimura Masashi、Mori Yusuke、Yasui Takahiro
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 16841-16841

    • DOI

      10.1038/s41598-021-95782-1

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamic Assembly/Disassembly of Staphylococcus aureus FtsZ Visualized by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • Author(s)
      Fujita Junso、Sugiyama Shogo、Terakado Haruna、Miyazaki Maho、Ozawa Mayuki、Ueda Nanami、Kuroda Natsuko、Tanaka Shun-ichi、Yoshizawa Takuya、Uchihashi Takayuki、Matsumura Hiroyoshi
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Issue: 4 Pages: 1697-1697

    • DOI

      10.3390/ijms22041697

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 超好熱性サチライシンをモデルにみるタンパク質フォールディングの高温環境適応戦略2021

    • Author(s)
      上原了、田中俊一
    • Journal Title

      化学と生物(日本農芸化学会誌)

      Volume: 59 Pages: 272-274

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  • [Journal Article] Revisiting the Rate-Limiting Step of the ANS?Protein Binding at the Protein Surface and Inside the Hydrophobic Cavity2021

    • Author(s)
      Ota Chikashi、Tanaka Shun-ichi、Takano Kazufumi
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 26 Issue: 2 Pages: 420-420

    • DOI

      10.3390/molecules26020420

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    • Author(s)
      Uehara R., Dan N., Amesaka H., Yoshizawa T., Koga Y.., Kanaya S., Takano K., Matsumura H., Tanaka SI.
    • Journal Title

      FEBS letters

      Volume: 594 Issue: 4 Pages: 452-461

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14028

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  • [Journal Article] Spectroscopic Evidence of the Salt-Induced Conformational Change around the Localized Electric Charges on the Protein Surface of Fibronectin Type III2020

    • Author(s)
      Ota Chikashi、Fukuda Yui、Tanaka Shun-ichi、Takano Kazufumi
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 36 Issue: 47 Pages: 14243-14254

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.0c02367

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    • Author(s)
      中村伊武輝、雨坂心人、米澤健人、上久保裕生、田中俊一、松尾貴史
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
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      田中俊一
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      第471回光ナノサイエンス特別講義・第16回マテリアル特別講義(奈良先端科学技術大学院大学)
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      神谷友華、雨坂心人、高野和文、田中俊一
    • Organizer
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    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部第515回例会
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      黒田奈津子、吉澤拓也、藤田純三、上村菜月、雨坂心人、田中俊一、上原了、松村浩由
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部第515回例会
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  • [Presentation] グラム陰性細菌による異種タンパク質分泌発現系の基盤構築2021

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      神谷友華、高野和文、田中俊一
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      第21回日本蛋白質科学会
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      雨坂心人、高野和文、田中俊一
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      第21回日本蛋白質科学会
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  • [Presentation] (ワークショップ主催)生体分子の人工設計で切り開く生命科学研究2021

    • Author(s)
      真壁幸樹、田中俊一
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会
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  • [Presentation] 人工設計タンパク質を利用する新たな酵素機能改変戦略2021

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      田中俊一、雨坂心人、高野和文
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      第21回日本蛋白質科学会
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  • [Presentation] 超長鎖トランスポリイソプレンを合成するEuTPT3の二量体構造2021

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      吉澤拓也、梶浦裕之、鈴木伸昭、田中俊一、中澤慶久、松村浩由
    • Organizer
      令和3年度日本結晶学会
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  • [Presentation] 生体必須金属セレン動態の鍵を握るセレノプロテイン P,その分子構造・機能解析に向けた取り組み2020

    • Author(s)
      田中俊一、雨坂心人、高野和文
    • Organizer
      生命金属に関する合同年会 Consortium of Metal Biosciences 2020
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  • [Presentation] 抗体工学の可能性を拡げる新たなアプローチ‐シグナル配列のキメラ化によるファージディスプレイ効率の向上‐2020

    • Author(s)
      雨坂心人、高野和文、田中俊一
    • Organizer
      第10回4大学連携研究フォーラム
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      2020 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] オリゴ糖2021

    • Inventor(s)
      田中俊一、矢野真実子、他
    • Industrial Property Rights Holder
      田中俊一、矢野真実子、他
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2021
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  • [Patent(Industrial Property Rights)] 抗体模倣分子2021

    • Inventor(s)
      田中俊一、雨坂心人、高野和文
    • Industrial Property Rights Holder
      田中俊一、雨坂心人、高野和文
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2021
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Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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