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歩行型分子モーターの変異体散逸計測と情報の視点を導入した数理モデル構築

Publicly Offered Research

Project AreaInformation physics of living matters
Project/Area Number 20H05535
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionYamaguchi University

Principal Investigator

有賀 隆行  山口大学, 大学院医学系研究科, 准教授(特命) (30452262)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥6,760,000 (Direct Cost: ¥5,200,000、Indirect Cost: ¥1,560,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Keywords生体分子モーター / エネルギー変換 / 1分子計測・操作 / 非平衡物理学 / 生物物理 / 情報熱力学
Outline of Research at the Start

「生体分子モーターは、ゆらぎを利用して働く効率の良いモーターである」とはよく言われているが、実際に生体分子モーターが「ゆらぎを利用」することによって、「効率の良い」機能を発揮していることを、統合的に実証するまでには至っていない。本研究では、独自に開発した高速フィードバック制御を備えた光ピンセット装置を用いて、ゆらぎの整流作用に影響を与えることが示唆されている変異体キネシンの散逸を計測する。そして、「情報物理学」の視点を導入した数理モデルを構築し検証することを通じて、生体分子モーターのエネルギー変換におけるゆらぎの利用が、その変換効率にどう作用しているのかの理解を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

「生体分子モーターは、ゆらぎを利用して働く効率の良いモーターである」とはよく言われているが、実際に生体分子モーターが「ゆらぎを利用」することによって、「効率の良い」機能を発揮していることを、統合的に実証するまでには至っていない。本研究では、独自に開発した高速フィードバック制御を備えた光ピンセット装置を用いて、ゆらぎの整流作用に影響を与えることが示唆されている変異体キネシンの散逸を計測する。そして、「情報物理学」の視点を導入した数理モデルを構築し検証することを通じて、生体分子モーターのエネルギー変換におけるゆらぎの利用が、その変換効率にどう作用しているのかの理解を目指すものである。昨年度までに、数理モデルのパラメータ取得に必要となる蛍光1分子計測系の立ち上げを行い、まずは単純な蛍光一分子が計測できることを確認した。
本年度は、その計測系をさらに拡張すべく、暗視野照明を用いた高速観察系の立ち上げを行った。また、これまでに構築したキネシンの数理モデルに情報の視点を導入するために、数理モデルのさらなる拡張を行った。これまではジャンプする質点としていたキネシンに双頭構造を導入することにより、二つの頭部が異なる挙動を行うヘテロ変異体キネシンにも対応可能とし、ヘテロ変異体キネシンにおける外力と速度の関係等の実験結果を数値シミュレーションで再現した。また並行して行っている野生型キネシンに大きな外力ゆらぎを与えた時の応答計測についても、数理モデルによるシミュレーションと解釈を加えて論文に纏め発表した。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Noise-Induced Acceleration of Single Molecule Kinesin-12021

    • Author(s)
      Ariga Takayuki、Tateishi Keito、Tomishige Michio、Mizuno Daisuke
    • Journal Title

      Physical Review Letters

      Volume: 127 Issue: 17 Pages: 178101-178101

    • DOI

      10.1103/physrevlett.127.178101

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Feedback Microrheology in Soft Matter2021

    • Author(s)
      Kenji Nishizawa, Natsuki Honda, Masahiro Ikenaga, Shono Inokuchi, Yujiro Sugino, Takayuki Ariga, Daisuke Mizuno
    • Journal Title

      arXiv preprint

      Volume: -

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Noise-induced acceleration of single molecule kinesin-12020

    • Author(s)
      Ariga Takayuki、Keito Tateishi、Tomishige Michio、Mizuno Daisuke
    • Journal Title

      arXiv preprint

      Volume: -

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Presentation] 分子モーターキネシン1のゆらぎ誘導加速現象2021

    • Author(s)
      有賀隆行, 立石圭人, 富重道雄, 水野大介
    • Organizer
      第59回 日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工的な疑似細胞内アクティブ環境におけるキネシンの運動2021

    • Author(s)
      立石圭人, 有賀隆行
    • Organizer
      日本物理学会2021年秋季大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Motion of molecular motors reflecting rheological properties in cells2021

    • Author(s)
      Takayuki Ariga
    • Organizer
      The 2nd Joint Meeting of The European Society for Clinical Hemorheology and Microcirculation, The International Society for Clinical Hemorheology, and The International Society of Biorheology
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] アクティブなゆらぎとキネシンの数理モデル2020

    • Author(s)
      有賀隆行
    • Organizer
      第10回分子モーター討論会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] キネシン1の運動と細胞骨格が生む無秩序なゆらぎ2020

    • Author(s)
      有賀隆行
    • Organizer
      第58回 日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Remarks] 山口大学大学院医学系研究科 微生物学講座|有賀隆行

    • URL

      http://mb.med.yamaguchi-u.ac.jp/ariga/index.html

    • Related Report
      2021 Annual Research Report 2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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