Publicly Offered Research
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
淡水環境中どこにでも見出すことができる単細胞原生生物アカントアメーバは、その内部にヒト病原菌レジオネラを始めとして多様な種の細菌を寄生・共生させることが知られていました。さらに、近年のアカントアメーバを宿主とする巨大ウイルスの発見は、アカントアメーバが寄生・共生微生物の進化の揺籃となったことを示唆しています。この研究では、これまでに研究代表者が行ってきたアカントアメーバ寄生・共生微生物・ウイルスの探索を、培養不能の未知の微生物探索に最適化させていくことにより、新たな「ポストコッホ型」微生物を単離・解析することを通じて、広く微生物の理解を進めます。
前年度に行った当該領域のモデル圃場土壌からのアカントアメーバとの共培養による新規寄生・共生微生物・ウイルスのスクリーニングトライアルにおいて、圃場のような微生物叢に富むサンプルの場合、優勢に増殖する一部細菌のみがスクリーンされてくる事態を防ぐため、ポストコッホ微生物の物理的サイズが一般細菌等と比べて概して小さいことに基づいたフィルター濾過を利用する必要が認められた。本年度はポアサイズ0.1μｍのフィルター濾液からのスクリーニングを実施したところ、ガンマプロテオバクテリア綱キサントモナス科の新種・新属細菌と期待される候補細菌４種を得ることができたが、これ以上の新規性を持つ微生物・ウイルスの単離には至っていない。前年度までに単離した、放線菌門アシディミクロビウム綱に属する新属以上の新規性を期待される細菌２株について、MinIONによるロングリードシーケンシングを行い、うち１種について完全ゲノムを得ることができた。ゲノム長4.45Mbp、72.4%と高いGC含量を持つことがひとつの特徴と言うことができる。ANI(Avereage Nucleotide idientity)解析で最も高いスコアは78.2%であり、このことは本細菌が新属以上の新規性を有していることと矛盾しない。今後、残る１株の完全ゲノムの目指すとともに、新種の細菌として記載を目指し必要な解析を領域内共同研究として進めていきたい。
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
All 2022 2021 Other
All Presentation (4 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (2 results)
https://sites.google.com/view/nagai-lab/home
https://postkoch.jp/
