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Real-time and real-space imaging of chromatin remodeling

Publicly Offered Research

Project AreaChromatin potential for gene regulation
Project/Area Number 21H00247
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

柴田 幹大  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (80631027)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywords1分子イメージング・ナノ計測 / クロマチン動態 / 超分子複合体 / バイオイメージング / 1分子計測・操作 / 1分子イメージング・ナノ計測 / 一分子計測・操作
Outline of Research at the Start

本研究は、生命活動の根幹といえる遺伝子発現を分子レベルで解明することを目指し、応募者らがもつ世界屈指の高速原子間力顕微鏡(高速AFM)を用い、クロマチンリモデリングの瞬間をナノ空間・リアルタイムで撮影する。本研究により、当該領域が掲げる、クロマチン構造が潜在的に持つ遺伝子発現制御能力「クロマチンポテンシャル」の一部が可視化され、より詳細な作動機構が解明されると期待できる。クロマチンポテンシャルの実体を生体分子の1分子イメージングという観点からアプローチする本研究は、他に類のない研究と位置づけられる。

Outline of Annual Research Achievements

生命の根源ともいえる遺伝子発現制御には、クロマチンダイナミクスが重要である。しかし、クロマチンの基本単位であるヌクレオソームのナノ動態や、クロマチン制御因子群がヌクレオソーム上で起こす動的な構造変化をナノ空間、かつ、リアルタイムで直接可視化し解析した例はない。本研究は、高速原子間力顕微鏡(以下、高速AFM)を用い、ヌクレオソームのナノ動態を実時空間でイメージングし、ヌクレオソーム動態および、その関連タンパク質の分子作動機構を明らかにすることを目的とする。
本年度は、ヒストンバリアントの一種であるH2A.Zを含むヌクレオソームに対して高速AFMを適用した。H2A.Zは、遺伝子の転写活性領域と抑制領域の両方に高度に集積すること,また,その遺伝子欠損マウスが,ほとんどが生存できないという実験事実から,生体内で非常に重要な役割をもつことが知られている。しかしながら,H2A.Zが遺伝子発現の制御に活性(プラス)にも抑制(マイナス)にもはたらく,その分子メカニズムはほとんど分かっていなかった。そこで本研究では,精製したH2A.ZとDNAをもとに,H2A.Zを含むヌクレオソームを試験管内で再構成し,その1秒以下のナノ動態を高速AFMを用いて直接可視化することを試みた。その結果,H2A.Zを含むヌクレオソームが,自発的に0.3秒以内の時間スケールでDNAに沿って移動すること(ヌクレオソームスライディング)を発見した。さらに,H2A.Zのアミノ酸残基を主要型であるH2Aのアミノ酸残基へ入れ替えた変異体を解析することで,H2A.ZのN末端に位置するアミノ酸残基がこのヌクレオソームスライディングに関与していることが分かった。本研究では,ヌクレオソームのダイナミクス観察という観点において,エピゲノムによる遺伝子発現制御の分子メカニズムの一端を明らかにした。本研究成果は、今後,遺伝子発現制御の分子メカニズムに対して新しい知見を提供することが期待される。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (30 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (22 results) (of which Invited: 14 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Spontaneous Nucleosome Sliding of H2A.Z at the Subsecond Time Scale2023

    • Author(s)
      Morioka Shin、Sato Shoko、Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Tomita Takuya、Baba Yudai、Kakuta Takahiro、Ogoshi Tomoki、Puppulin Leonardo、Sumino Ayumi、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Kurumizaka Hitoshi、Shibata Mikihiro
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 23 Issue: 5 Pages: 1696-1704

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.2c04346

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dynamics of Target DNA Binding and Cleavage by Staphylococcus aureus Cas9 as Revealed by High-Speed Atomic Force Microscopy2023

    • Author(s)
      Puppulin Leonardo、Ishikawa Junichiro、Sumino Ayumi、Marchesi Arin、Flechsig Holger、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Nishimasu Hiroshi、Shibata Mikihiro
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 17 Issue: 5 Pages: 4629-4641

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c10709

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Designing receptor agonists with enhanced pharmacokinetics by grafting macrocyclic peptides into fragment crystallizable regions2022

    • Author(s)
      Sakai Katsuya、Sugano-Nakamura Nozomi、Mihara Emiko、Rojas-Chaverra Nichole Marcela、Watanabe Sayako、Sato Hiroki、Imamura Ryu、Voon Dominic Chih-Cheng、Sakai Itsuki、Yamasaki Chihiro、Tateno Chise、Shibata Mikihiro、Suga Hiroaki、Takagi Junichi、Matsumoto Kunio
    • Journal Title

      Nature Biomedical Engineering

      Volume: 7 Issue: 2 Pages: 164-176

    • DOI

      10.1038/s41551-022-00955-6

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for channel conduction in the pump-like channelrhodopsin ChRmine.2022

    • Author(s)
      Koichiro E. Kishi et al.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 185 Issue: 4 Pages: 672-689

    • DOI

      10.1016/j.cell.2022.01.007

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Macrocyclic Peptide-Conjugated Tip for Fast and Selective Molecular Recognition Imaging by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • Author(s)
      L. Pupplin, D. Kanayama, N. Terasaka, K. Sakai, N. Kodera, K. Umeda, A. Sumino, M. Arin, W. Wei, H. Tanaka, T. Fukuma, H. Suga, K. Matsumoto, M. Shibata
    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 13(46) Issue: 46 Pages: 54817-54829

    • DOI

      10.1021/acsami.1c17708

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  • [Presentation] クロマチンリモデリングの実時空間イメージング2022

    • Author(s)
      柴田幹大
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      新学術領域研究「クロマチン潜在能」第5回領域会議
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  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるヌクレオソームの1 分子ナノ動態撮影2022

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      柴田幹大
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      日本顕微鏡学会第78回学術講演会
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  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるヒストンバリアントのナノ動態観察2022

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      柴田幹大
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  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡を用いた1分子ナノ生命科学2022

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      第39回分子病理学研究会
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  • [Presentation] タンパク質の構造変化をリアルタイムかつナノスケールで可視化する2022

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      柴田幹大
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      物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」
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  • [Presentation] 原子間力顕微鏡が切り拓くナノ生命科学2022

    • Author(s)
      柴田幹大
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      がん研究早期体験プログラム がん研EEP 授業編『生命科学・医学研究の最先端と未来』
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  • [Presentation] 高速AFMによるタンパク質複合体のナノ動態・機能相関の解明2022

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      柴田幹大
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      名工大セミナー
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  • [Presentation] Application of high-speed atomic force microscopy to Nano life science2022

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      Mikihiro Shibata
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      ナノ精密医学・理工学卓越大学院プログラム プレプログラム,
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  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy (HS-AFM) for cancer research2022

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata
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      第81回日本癌学会学術総会
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  • [Presentation] Oligomeric states of microbial rhodopsins in lipid bilayer determined by high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata and Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      19th International Conference on Retinal Proteins
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  • [Presentation] Correlation between function and mobility of protein complex revealed by HS-AFM2022

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata
    • Organizer
      NanoLSI第6回国際シンポジウム
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  • [Presentation] Direct imaging of spontaneous sliding along DNA of H2A.Z.1 nucleosome by high-speed atomic force microscopy.2022

    • Author(s)
      森岡 新, 佐藤祥子, 堀越直樹, 鯨井智也, 胡桃坂仁志, 柴田幹大
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Target DNA binding dynamics of Staphylococcus aureus Cas9 as revealed by high-speed atomic force microscopy.2022

    • Author(s)
      Leonardo Puppulin, Junichiro Ishikawa, Hiroshi Nishimasu, Mikihiro Shibata
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるFnCas9の機能動態解析2022

    • Author(s)
      塚田秀明, 柴田幹大
    • Organizer
      R4年度生物物理学会中部支部講演会
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  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡を用いたCaMKIIβの動態解析2022

    • Author(s)
      松島啓介, 村越秀治, 柴田幹大
    • Organizer
      R4年度生物物理学会中部支部講演会
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  • [Presentation] Cyro-EM structural analysis of pump-like channelrhodopsin ChRmine and structure guided engineering.2022

    • Author(s)
      Koichiro E. Kishi et al.
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] クロマチンリモデリングの実時空間イメージング2021

    • Author(s)
      柴田幹大
    • Organizer
      新学術領域研究「クロマチン潜在能」第4回領域会議
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    • Invited
  • [Presentation] Visualizing single-molecule dynamics of protein complexes by high-speed AFM.2021

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata
    • Organizer
      「全原子・粗視化分子動力学による細胞内分子動態の解明」ウェブセミナー
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    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による膜中TRPV1 チャネルの動態観察2021

    • Author(s)
      向 大地, Yimeng Zhao, 柴田幹大, 服部素之, 角野 歩
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Structural dynamics of the cytoplasmic domain of transient receptor potential vanilloid1(TRPV1) in lipid bilayer observed by high speed atomic force microscopy (HS-AFM).2021

    • Author(s)
      向 大地, Yimeng Zhao, 柴田幹大, 服部素之, 角野 歩
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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  • [Presentation] ヒストンバリアントH2A.Bによるヌクレオソーム構造変化が転写に与える影響の解明2021

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      赤津綜隆, 平野里奈, 柴田幹大, 鯨井智也, 滝沢由政, 江原晴彦, 関根俊一, 胡桃坂仁志
    • Organizer
      第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
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  • [Presentation] 高速AFMによる記憶分子CaMKIIの構造ダイナミクス観察2021

    • Author(s)
      柴田幹大
    • Organizer
      ブルカージャパン表面計測事業部主催【第2回】高速AFMオンラインシンポジウム
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    • Invited
  • [Remarks] 柴田幹大研究室

    • URL

      https://bioafminfi.w3.kanazawa-u.ac.jp/

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  • [Remarks] ヌクレオソームが1秒以内にDNA上をスライディング

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/highlights/24964/

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  • [Remarks] Research highlight

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/en/

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Published: 2021-04-28   Modified: 2023-12-25  

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