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Re-wiring of chromatin state and gene expression by transposable elements

Publicly Offered Research

Project AreaChromatin potential for gene regulation
Project/Area Number 21H00259
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

岩崎 由香  慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 訪問教授 (80612647)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywordsクロマチン / 非コードRNA / トランスポゾン / エンハンサー / インシュレーター / テロメア / サブテロメア / ゲノム高次構造 / ヘテロクロマチン / 転写制御 / エピゲノム制御
Outline of Research at the Start

本研究では、トランスポゾンが真核生物ゲノムの膨大な領域を占める意味を、ヘテロクロマチンとゲノム三次元構造という視点から解明する。これまでに、piRNAと呼ばれる小分子非コードRNAによるトランスポゾンの遺伝子発現制御の実態は、核ラミナ相互作用ドメインやゲノム三次元構造の変動を伴うダイナミックな核内構造の変化であることを見出した。これを受けて、トランスポゾンは制御されること自体を通じて、ゲノム上のドメイン領域としての機能があるのではないか?と着想した。本研究では、トランスポゾンを中心としたクロマチン状態と遺伝子発現の変化とこれを制御する分子機構を理解する。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、トランスポゾンをはじめとした非コードゲノム領域が、非コードRNAやインシュレーターによる制御を受けて、ゲノム構造と遺伝子発現をどのように形作るかについての新たな知見を得た。PIWI-interacting RNA(piRNA)は、生殖組織特異的にトランスポゾンを抑制することでゲノムの安定性を維持する非コードRNAである。ショウジョウバエpiRNAは、Piwiタンパク質と結合し、ヘテロクロマチン形成を通じて標的トランスポゾンの転写を抑制することが知られている。Piwiが標的抑制の際に新生RNA上で形成する複合体を新たに同定し、これをPPNp複合体と名付けた(Murano and *Iwasaki et al., EMBOJ, 2019)。この複合体が、ゲノムの核内構造の多層的な変化を誘導することでトランスポゾンの発現を抑制していることを明らかにした(*Iwasaki et al., EMBOJ, 2021)。さらに、PPNp複合体をレポーター上に係留することでヘテロクロマチン構造が段階的に形成される様子を時系列的に理解した。生殖組織でpiRNAがトランスポゾン抑制に重要な役割を果たす一方で、体細胞におけるトランスポゾンの制御については不明な部分が大きい。本研究では、卵巣体細胞において、Mod(mdg4)の機能未知スプライスバリアントが、サブテロメア領域のエンハンサーを抑制してテロメア構成トランスポゾンHeT-Aの発現を抑制していることを明らかにした(Takeuchi et al. (*Iwasaki), NAR, 2022)。この制御機構は、ショウジョウバエテロメア配列の安定性の維持に重要な役割を果たしている。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 12 results)

  • [Journal Article] Mod(mdg4) variants repress telomeric retrotransposon HeT-A by blocking subtelomeric enhancers2022

    • Author(s)
      Chikara Takeuchi, Moe Yokoshi, Shu Kondo, Aoi Shibuya, Kuniaki Saito, Takashi Fukaya, Haruhiko Siomi, Yuka W Iwasaki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 50 Issue: 20 Pages: 11580-11599

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1034

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Generation of Stable Drosophila Ovarian Somatic Cell Lines Using the piggyBac System2022

    • Author(s)
      Takeuchi Chikara、Murano Kensaku、Ishikawa Mitsuru、Okano Hideyuki、Iwasaki Yuka W.
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2509 Pages: 143-153

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2380-0_9

    • ISBN
      9781071623794, 9781071623800
    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis2022

    • Author(s)
      Yamada Hiromi、Nishida Kazumichi M.、Iwasaki Yuka W.、Isota Yosuke、Negishi Lumi、Siomi Mikiko C.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 1518-1518

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29193-9

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Maelstrom functions in the production of Siwi-piRISC capable of regulating transposons in Bombyx germ cells2022

    • Author(s)
      Namba Yurika、Iwasaki Yuka W.、Nishida Kazumichi M.、Nishihara Hidenori、Sumiyoshi Tetsutaro、Siomi Mikiko C.
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Issue: 3 Pages: 103914-103914

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.103914

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Production of functional oocytes requires maternally expressed PIWI genes and piRNAs in golden hamsters2021

    • Author(s)
      Hasuwa Hidetoshi、Iwasaki Yuka W.、Au Yeung Wan Kin、Ishino Kyoko、Masuda Harumi、Sasaki Hiroyuki、Siomi Haruhiko
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: 23 Issue: 9 Pages: 1002-1012

    • DOI

      10.1038/s41556-021-00745-3

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Piwi-piRNA complexes induce stepwise changes in nuclear architecture at target loci2021

    • Author(s)
      Iwasaki Yuka W、Sriswasdi Sira、Kinugasa Yasuha、Adachi Jun、Horikoshi Yasunori、Shibuya Aoi、Iwasaki Wataru、Tashiro Satoshi、Tomonaga Takeshi、Siomi Haruhiko
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 40 Issue: 18

    • DOI

      10.15252/embj.2021108345

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  • [Journal Article] Rewiring of chromatin state and gene expression by transposable elements2021

    • Author(s)
      Ohtani H, Iwasaki YW
    • Journal Title

      Development Growth and Differentiation

      Volume: 63 Issue: 4-5 Pages: 262-273

    • DOI

      10.1111/dgd.12735

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      2021 Annual Research Report
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  • [Presentation] 小分子 RNA による ヘテロクロマチン形成を介した転写制御2023

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      第3回有性生殖研究会「生殖の多様性」
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  • [Presentation] Co-transcriptional silencing and heterochromatin formation by nuclear PIWI-piRNA complex2022

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      Yuka W. Iwasaki
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      Cold Spring Harbor Asia "RNA biology meeting"
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  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

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    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
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      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      32nd Tokyo RNA Club
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      第60回生物物理学会年会
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  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      RIKEN IMS-McGill Symposium
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding and reconstructing small RNA-mediated heterochromatin formation2022

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      Japan-UK Regulation through Chromatin Conference
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of nuclear architecture and gene expression by small RNAs2021

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      RIKEN Women and Future in Science Seminar
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Nuclear Architectural Regulation by Piwi-piRNAs2021

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Piwi-piRNA complexes induce stepwise changes in nuclear architecture at target loci2021

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      全能性領域・論文徹底解説シリーズ・第5弾
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Piwi-piRNAが誘導する核内構造とヘテロクロマチン形成2021

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      国立遺伝学研究所研究会「染色体安定維持研究会」
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Piwi-piRNA mediated silencing induces step-wise nuclear architectural changes2021

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      2021 IBS-SNU Mini-Symposia on RNA Biology & Therapeutics
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2023-12-25  

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