ヤポネシア人とウイルスの共進化
Publicly Offered Research
| Project Area | Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data |
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| Project/Area Number |
21H00338
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Complex systems
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
加藤 哲久 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (40581187)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
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| Keywords | 単純ヘルペスウイルス / SNPs / Indel / 共進化 / ヤポネシア / 組換えウイルス作出法 / BACシステム / ウイルスゲノム編集法 / 致死遺伝子 / 進化的軍拡競走 |
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| Outline of Research at the Start |
地球上には10の31乗 個ものウイルス粒子が存在し、この惑星の各地で、ウイルスと人類は共進化を繰り返しきた。島国に居住するヤポネシア人は、歴史上、何度も「ヤポネシア型のウイルス」との共進化を経験してきたことが想像される。そこで、本研究は、ほぼ全ての人類と共生状態に至っているヒト・ヘルペスウイルス(HHV) に着目し、各年代のヤポネシア型のHHVの遺伝情報を紐解き、得られた実験学的知見に関して、本領域研究における有識者のコンサルティングのもと、各年代のヤポネシア亜型HHVとヤポネシア人の進化的軍拡競走を解釈・考察することで、HHVがヤポネシアの成立・発展に与えた役割を紐解くことを目標とする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヒトヘルペスウイルス(HHV)研究のプロトタイプである単純ヘルペスウイルス1型(HSV-1)は、代表的な大型DNAウイルスであり、一般的にその遺伝情報はRNAウイルスと比較し安定であると考えられている。古くから、HSVゲノムの制限酵素パターン解析から現代ヤポネシア人のHHVゲノム型は大きく2分割され、日本人ルーツに関する縄文・弥生2重構造説と適合するという見解もあり、HHVの株間のSNPsやIndel解析は、大陸間の人類の移動の痕跡をある程度反映しており、ヤポネシア人のルーツを探る上でも、補助的な情報となることが期待される。
本研究では、HSV-1の複数の株に関して、全塩基配列の決定を実施し、HSV-1の代表的な実験室株と比較し、強毒なHSV-1株では、頻度90%以上のSNPs(single nucleotide polymorphysms：一塩基多型)が316部位、Indel(insertion/deletion：挿入あるいは欠損)が49部位で認められた。本知見は、比較的遺伝情報が安定と考えられてきたHSV-1においてもSNPsやIndelが多数認められ、人類の移動の痕跡を追跡するツールとして、HSV-1が補助的な情報を提供しうるという仮説をサポートするものと考えられる。また、全塩基配列の決定により得られた9部位のinsertion情報を詳細に解析したところ、強毒なHSV-1株のゲノムでは頻度39.25%程度の確率で、生体レベルにおけるウイルス増殖に関与するアクセサリー蛋白質のC末端に存在するリピート配列が伸長していることが示唆された。そして、実際、Immunoblotting解析により該当アクセサリー蛋白質のサイズ・アップが確認された。したがって、本変異がHSV-1株の病原性を規定している可能性が考えられた。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(27 results)
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[Journal Article] STING signalling is terminated through ESCRT-dependent microautophagy of vesicles originating from recycling endosomes.2023
Author(s)
Kuchitsu Y, Mukai K, Uematsu R, Takaada Y, Shinojima A, Shindo R, Shoji T, Hamano S, Ogawa E, Sato R, Miyake K, Kato A, Kawaguchi Y, Nishitani-Isa M, Izawa K, Nishikomori R, Yasumi T, Suzuki T, Dohmae N, Uemura T, Barber GN, Arai H, Waguri S, Taguchi T.
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Journal Title
Nature Cell Biology
Volume: 25
Issue: 3
Pages: 453-466
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Role of the orphan transporter SLC35E1 in the nuclear egress of herpes simplex virus 12022
Author(s)
Fumio Maeda, Akihisa Kato, Kosuke Takeshima, Misato Shibazaki, Ryota Sato, Takuma Shibata, Kensuke Miyake, Hiroko Kozuka-Hata, Masaaki Oyama, Eigo Shimizu, Seiya Imoto, Satoru Miyano, Shungo Adachi, Tohru Natsume, Koh Takeuchi, Yuhei Maruzuru, Naoto Koyanagi, Jun Arii, Yasushi Kawaguchi
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Journal Title
Journal of Virology
Volume: -
Issue: 10
Pages: 10-10
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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