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Genome Analysis on human remains from Pleistocene and early Jomon

Publicly Offered Research

Project AreaDeciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data
Project/Area Number 21H00350
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionToho University

Principal Investigator

水野 文月  東邦大学, 医学部, 講師 (50735496)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥9,230,000 (Direct Cost: ¥7,100,000、Indirect Cost: ¥2,130,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Keywords日本列島人 / 古代ゲノム / 縄文早期 / 縄文前期 / 旧石器時代人 / 縄文早期時代人 / 縄文前期時代人
Outline of Research at the Start

旧石器時代人を含む古代日本列島人のミトコンドリアゲノム全塩基配列決定に成功し、旧石器時代人から縄文時代人(そして現代日本人)にかけての母系遺伝的不連続性を明らかにした。また、旧石器時代人の核ゲノム情報を得ることに成功した(論文作成中)。本研究では対象をひろげて、旧石器時代の新たな古人骨、早期ならびに前期縄文時代の古人骨(複数)で核ゲノム解析を実施する。得られた核ゲノムデータを、既報の日本列島ならびにアジア各地の同時代の古人骨データと比較することで、日本列島における人類出現とその後の(1万年にも及ぶ縄文時代における時空間的多様性を含めた)変遷の歴史をゲノムから明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

日本列島の様々な縄文時代人(早期~晩期)のミトコンドリアゲノム全塩基配列を決定した。縄文時代人の配列は現代日本人のハプログループのクラスターに含まれており、縄文時代人と現代日本人の間では連続性が見られた。さらに、後期更新世人骨である港川人のDNA分析を実施、ミトコンドリアゲノム塩基配列全長を獲得し様々な分子系統学的解析をおこなうと、港川1号のもつ配列を直接的な祖先とする現代人の配列が存在しないことがわかった。港川1号から現代日本人への連続性は見られない(港川人のDNAは現代日本人にも引き継がれていない)という結果を査読付オープンアクセスの論文として発表した。
続いて、日本列島後期更新世、縄文早期ならびに前期人骨から抽出したDNAをもちいたショットガン・シーケンスにより、核ゲノム配列情報を取得した。縄文早期の居家以1号、居家以4号ならびに縄文前期の轟5号から得られた十分量の核ゲノムデータをもちいて、ヤポネシア人の系統を探るための数理解析をおこなった。一方、港川1号に関しては包含するヒトDNAの割合が低く、残念ながら一塩基多型(SNP)情報を用いた系統解析をするためには十分な核ゲノムデータは得られなかった。
縄文人の日本列島内での遺伝的多様性ならびに特徴的な表現型を明らかにするために、既報の縄文人核ゲノムデータを含む東ユーラシア集団をもちいた数理解析をおこなった。また、47都道府県別の現代日本人の遺伝子頻度データをもちいた解析によって、現代日本人との近縁度を分析した。さらに、SNPに基づいた表現型推定の結果、縄文早期居家以人ならびに縄文前期轟人、3個体とも、狩猟採集民としての生業に関連した特徴的な表現型を獲得していたことが明らかになった。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Open Access: 2 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 4 results) Book (4 results)

  • [Journal Article] Ancient DNA studies of human remains2023

    • Author(s)
      水野 文月
    • Journal Title

      文明動態学

      Volume: 2 Pages: 46-55

    • DOI

      10.18926/64202

    • ISSN
      2436-8326
    • URL

      https://ousar.lib.okayama-u.ac.jp/64202

    • Year and Date
      2023-03-25
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] 旧石器時代人のゲノム分析2022

    • Author(s)
      水野文月
    • Journal Title

      月刊考古学ジャーナル

      Volume: 764 Pages: 31-34

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Population dynamics in the Japanese Archipelago since the Pleistocene revealed by the complete mitochondrial genome sequences.2021

    • Author(s)
      Mizuno, F., Gojobori, J., Kumagai, M., Baba, H., Taniguchi, Y., Kondo, O., Matsushita, M., Matsushita, T., Matsuda, F., Higasa, K., Hayashi, M., Wang, L., Kurosaki, K. and Ueda, S.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41598-021-91357-2

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA分析が明らかにする縄文早期人の系統関係2023

    • Author(s)
      水野文月、植田信太郎
    • Organizer
      日本第四紀学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 居家以岩陰遺跡出土人骨のD N A分析2022

    • Author(s)
      水野文月
    • Organizer
      第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会連合大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 姥山貝塚ならびに加曽利貝塚出土人骨のDNA分析2022

    • Author(s)
      水野文月、植田信太郎
    • Organizer
      第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会連合大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ゲノムワイドデータからおこなう性別判定2022

    • Author(s)
      水野文月、植田信太郎、日笠幸一郎、松田文彦、黒崎久仁彦
    • Organizer
      第106次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 港川旧石器時代人と土井ヶ浜弥生時代人の古代人ゲノム2021

    • Author(s)
      ○水野文月
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第66回大会第28回日本遺伝子診療学会大会合同開催
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 群馬県居家以岩陰遺跡から出土した縄文早期人骨の親族関係2021

    • Author(s)
      ○水野 文月、谷口 康浩、近藤 修、石谷 孔司、林 美千子、山田 孝、植田 信太郎、黒崎 久仁彦.
    • Organizer
      日本DNA多型学会第30回学術集会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Book] 居家以人骨の研究1 早期縄文人の社会と葬制2023

    • Author(s)
      谷口康浩、大日方一郎、茅原明日香、近藤 修、米田 穣、尾嵜大真、大森貴之、植田信太郎、水野文月
    • Total Pages
      150
    • Publisher
      六一書房
    • ISBN
      9784864451680
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      2022 Annual Research Report
  • [Book] 近世大名の葬制と社会2022

    • Author(s)
      松原典明 編・坂詰秀一 監修 分担執筆:黒崎久仁彦、水野文月
    • Total Pages
      332
    • Publisher
      雄山閣
    • ISBN
      9784639028758
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Book] 三浦按針の謎に迫る2022

    • Author(s)
      森 良和、フレデリック・クレインス、小川 秀樹 編著 分担執筆:水野文月
    • Total Pages
      340
    • Publisher
      玉川大学出版部
    • ISBN
      9784472303142
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Book] 月刊考古学ジャーナル 特集:旧石器時代の大規模遺跡「旧石器時代人のゲノム分析」2022

    • Author(s)
      水野文月
    • Total Pages
      34
    • Publisher
      ニュー・サイエンス社
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2023-12-25  

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