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相分離タンパク凝集体をほぐす人工タンパク質の合理的設計

Publicly Offered Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 21H00379
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

鎌形 清人  東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (90432492)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Keywords液液相分離 / タンパク質 / ペプチド / 凝集体 / 合理的設計 / 相分離
Outline of Research at the Start

液液相分離するタンパク質は、密集した会合状態を形成し、疾患の原因となる不溶性の凝集体に成長する。この密集状態では、タンパク質中の特定の立体構造を持たない天然変性領域が、かたい分子間βシート構造(不溶性の凝集体)を形成する。このことが神経変性疾患の原因と考えられ、このかたい構造を壊すには、力学エネルギーが必要である。本研究では、ペプチド設計技術と化学・力学エネルギー変換タンパク質を融合し、凝集体をほぐす人工タンパク質の合理的設計を行う。さらに、単分子蛍光顕微鏡や分子動力学シミュレーションを用いて、デザインした人工タンパク質の「化学・力学エネルギー変換」と「凝集体の破壊」との関連を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

液液相分離するタンパク質は、密集した会合状態を形成し、疾患の原因となる不溶性の凝集体に成長する。この密集状態では、タンパク質中の特定の立体構造を持たない天然変性領域が、かたい分子間βシート構造(不溶性の凝集体)を形成する。このことが神経変性疾患の原因と考えられ、このかたい構造を壊すには、力学エネルギーが必要である。本研究では、ペプチド設計技術と化学・力学エネルギー変換タンパク質を融合し、凝集体をほぐす人工タンパク質の合理的設計を行った。昨年度に設計したペプチド付き人工タンパク質を、大腸菌にて発現し、液体クロマトグラフィーを用いて精製した。次に、p53の液液相分離状態に、ペプチド付き人工タンパク質と分子レールDNAと化学エネルギーATPを加えたところ、1つのペプチド付き人工タンパク質が予想に反して相分離状態を促進することが分かった。相分離促進のメカニズムを調べたところ、このペプチド付き人工タンパク質が単体で液液相分離することが分かった。この相分離の効果を考慮すると、2種類のペプチド付き人工タンパク質は、p53の液液相分離状態をわずかに促進、または、抑制することが明らかになった。続いて、固体状の凝集体形成の条件で同様の実験を行ったところ、ペプチド付き人工タンパク質は2種類とも固体状の凝集体形成を少し抑制することが分かった。以上より、凝集体をほぐす人工タンパク質を合理的に設計することができた。今後、凝集体抑制効果を高める設計を検討することが必要である。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (27 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 7 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 10 results)

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      Kamagata Kiyoto、Ariefai Maulana、Takahashi Hiroto、Hando Atsumi、Subekti Dwiky Rendra Graha、Ikeda Keisuke、Hirano Atsushi、Kameda Tomoshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 13718-13718

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17829-1

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    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 14 Issue: 23 Pages: 26507-26516

    • DOI

      10.1021/acsami.2c06318

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      Kamagata Kiyoto、Iwaki Nanako、Kanbayashi Saori、Banerjee Trishit、Chiba Rika、Gaudon Virginie、Castaing Bertrand、Sakomoto Seiji
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 7101-7101

    • DOI

      10.1038/s41598-022-11177-w

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      鎌形清人
    • Journal Title

      Folia Pharmacologica Japonica

      Volume: 157 Issue: 6 Pages: 392-395

    • DOI

      10.1254/fpj.22016

    • ISSN
      0015-5691, 1347-8397
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      Kamagata Kiyoto
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      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 8 Pages: 795367-795367

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.795367

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      Kamagata Kiyoto、Iwaki Nanako、Hazra Milan Kumar、Kanbayashi Saori、Banerjee Trishit、Chiba Rika、Sakomoto Seiji、Gaudon Virginie、Castaing Bertrand、Takahashi Hiroto、Kimura Michiko、Oikawa Hiroyuki、Takahashi Satoshi、Levy Yaakov
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 19323-19323

    • DOI

      10.1038/s41598-021-98955-0

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      Kamagata Kiyoto, Itoh Yuji, Tan Cheng, Mano Eriko, Wu Yining, Mandali Sridhar, Takada Shoji, Johnson Reid C
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      Nucleic Acids Research

      Volume: 49 Issue: 15 Pages: 8642-8664

    • DOI

      10.1093/nar/gkab658

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      Banerjee Trishit、Takahashi Hiroto、Subekti Dwiky Rendra Graha、Kamagata Kiyoto
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 14165-14165

    • DOI

      10.1038/s41598-021-93685-9

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    • Author(s)
      鎌形清人
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      BIO Clinica

      Volume: 36 Pages: 470-476

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      岩城奈那子、上林さおり、バネルジー トリシット 、千葉梨佳、木村美智子、小井川浩之 、高橋聡 、鎌形清人
    • Organizer
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      2021 Annual Research Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2023-12-25  

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