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The study of diffusion and altitudinal adaptation of East Asian wheat by integrating genome science and archaeology

Publicly Offered Research

Project AreaA New Archaeology Initiative to Elucidate the Formation Process of Chinese Civilization
Project/Area Number 21H05366
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (I)
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

清水 健太郎  横浜市立大学, 木原生物学研究所, 客員教授 (10742629)

Project Period (FY) 2021-09-10 – 2023-03-31
Project Status Discontinued (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Keywordsゲノム / 集団史 / コムギ / 文化の伝播 / ゲノム解析 / パンコムギ / 東アジア
Outline of Research at the Start

ムギ類は、西アジアからプロト・シルクロードを主要伝播経路として中国に伝播したと考えられてきた。2020年には、日本を代表するパンコムギ品種農林61号など近代品種のゲノム多様性が解明され、伝播と形態的・生理的適応を遺伝学から解明する基盤が整った。そこで本研究では、ゲノム科学と考古学を統合して、東アジアコムギの伝播と適応を研究する。

Outline of Annual Research Achievements

ゲノム解析による集団史の研究は、ヒトそのものだけでなく、ヒトが文化として伝播させた栽培生物やその病原菌の解析にも新たな知見をもたらす。パンコムギは約8,000年前に西アジアで起源して以来世界に広まり、現在最も耕地面積が多い栽培植物である。パンコムギの西向きの伝播では、ヨーロッパから最終的にアメリカやオーストラリアに広まった。東へ向かっては4,000年前にはプロトシルクロードを通って中国に伝播していたと考えられ、東の果てとしての日本へも2,000年前には到達したと考えられている。この伝播過程では、パンコムギと共にうどんこ病などの病原菌も世界に広まったと考えられる。そこで、パンコムギのゲノムデータと共に、コムギに感染するうどんこ病菌について世界各地の172系統のゲノムを解析した。その結果、パンコムギもうどんこ病菌ともに、欧米とアジアの系統が分岐しており、ヒトがコムギを西洋と東洋に伝播した際にうどんこ病菌も広げた可能性が示唆された。これまでのゲノム研究はコムギ・うどんこ病菌共に西洋系統が中心であったが、東洋のコムギ・うどんこ病菌共に高い多様性がみられた。予想外に日本のうどんこ病菌は、東アジア在来の菌株とアメリカ由来の菌株の雑種に由来することが発見された。これは近代以降にアメリカのパンコムギ品種が日本のコムギ育種に使われた際に、アメリカの品種とともにうどんこ病菌が日本に運ばれて交雑したためと考えられる。この結果は、宿主であるパンコムギでもアメリカの品種由来のゲノムが日本品種に取り込まれていることと一致する。さらに日本のうどんこ病菌株とは異なり、中国のうどんこ病菌は、近代以降にヨーロッパ菌株との交雑したことが明らかになった。これらの結果は、新石器時代から今に至るまで、ヒトが穀物であるパンコムギを広めるとともにうどんこ病菌を伝播させたことを示している。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2022 Other

All Int'l Joint Research (11 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Zurich(スイス)

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  • [Journal Article] Global genomic analyses of wheat powdery mildew reveal association of pathogen spread with historical human migration and trade2022

    • Author(s)
      Sotiropoulos、Arango-Isaza、Ban、Barbieri 、Bourras 、Cowger 、Czembor、Ben-David、Dinoor、Ellwood、Graf、Hatta、Helguera、Sanchez-Martin、McDonald, Morgounov、Muller、Shamanin、Shimizu、Yoshihira、Zbinden、Keller、Wicker
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 4315-4315

    • DOI

      10.1038/s41467-022-31975-0

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Polyploidy before and after domestication of crop species2022

    • Author(s)
      Akagi Takashi、Jung Katharina、Masuda Kanae、Shimizu Kentaro K.
    • Journal Title

      Current Opinion in Plant Biology

      Volume: 69 Pages: 102255-102255

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2022.102255

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A global analysis of matches and mismatches between human genetic and linguistic histories2022

    • Author(s)
      Barbieri Chiara、Blasi Dami?n E.、Arango-Isaza Epifan?a、Sotiropoulos Alexandros G.、Hammarstr?m Harald、Wichmann S?ren、Greenhill Simon J.、Gray Russell D.、Forkel Robert、Bickel Balthasar、Shimizu Kentaro K.
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Issue: 47

    • DOI

      10.1073/pnas.2122084119

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Wheat2022

    • Author(s)
      Kentaro K. Shimizu
    • Organizer
      ILCAA Joint Research Project "Studies in Asian and African Geolinguistics"
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A global analysis of matches and mismatches between human genetic and linguistic histories by assemblying the "GELATO" database2022

    • Author(s)
      Kentaro K. Shimizu
    • Organizer
      Joint Conference on Language Evolution
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 倍数体種の頑健性2022

    • Author(s)
      清水健太郎
    • Organizer
      第141回育種学会
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    • Invited
  • [Remarks] 言語は遺伝子と共に進化するのか?

    • URL

      https://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2022/20221122shimizu.html

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URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2024-12-25  

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