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Stop codon read-through in vivo

Publicly Offered Research

Project AreaMultifaceted Proteins: Expanding and Transformative Protein World
Project/Area Number 21H05713
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

市之瀬 敏晴  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (20774748)

Project Period (FY) 2021-09-10 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥10,400,000 (Direct Cost: ¥8,000,000、Indirect Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Keywordsストップコドンリードスルー / ショウジョウバエ / 神経細胞 / リボソームプロファイリング / タンパク質翻訳 / 神経系 / タンパク質翻訳制御 / トランスジェニックレポーター
Outline of Research at the Start

本研究は、終始コドンを超えて3’ UTRまで翻訳が継続するストップコドンリードスルーの解明を目指す。この現象は、これまで翻訳のエラーであると考えられてきたが、終止コドン後のアミノ酸配列の進化的保存性などから、機能的生命現象であることが強く示唆される。本研究ではショウジョウバエのゲノム工学を活用し、内在性終止コドンの改変等を通して、リードスルーの制御および機能を個体レベルで検証する。さらに、シス領域探索とRNAiスクリーニングを行い、リードスルーを引き起こす分子メカニズムの解明を目指す。これにより、リードスルー現象の生理的意義とメカニズムを立証し、タンパク質世界の新たな一面を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、終止コドンを超えて3’UTRまで翻訳が継続する「ストップコドンリードスルー」に着目した。申請者はショウジョウバエ神経細胞でタンパク質翻訳をゲノムワイドにプロファイルすることで、リードスルーが生じている遺伝子を166個同定した。これらのリードスルータンパク質について、領域内共同研究により、AIを用いた構造予測を行ったところ、その大部分において非ドメイン構造をとることが判明した。さらに、トランスジェニックレポーターを作成し、終止コドンで翻訳終結したタンパク質とリードスルーしたタンパク質を異なる蛍光波長で標識した。その結果、複数のタンパク質についてリードスルーによって細胞内局在が変化することが判明した。特に、核内のタンパク質がリードスルーによって核外に移行したり、リードスルーによって液-液層分離のような顆粒状構造を形成するようになるなど、興味深いタンパク質の挙動の変化が観察された。これは、リードスルーによって局在化ペプチドが付加されたり、逆に内在性のそういったペプチドを阻害するような効果があったことを示唆する。さらに、また、終止コドン付近でゲノム編集を行うことでリードスルー変異体を作成し、その動物行動における機能解析を行った。その結果、あるタンパク質について、リードスルーが正常な記憶学習行動に必須の役割を果たしていることが判明した。以上本研究は、神経細胞におけるリードスルーの全貌と、その生体内での分子機能の解明を行った。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] The fruit fly acetyltransferase chameau promotes starvation resilience at the expense of longevity2023

    • Author(s)
      Venkatasubramani Anuroop Venkateswaran、Ichinose Toshiharu、Kanno Mai、Forne Ignasi、Tanimoto Hiromu、Peleg Shahaf、Imhof Axel
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 24 Issue: 10

    • DOI

      10.15252/embr.202357023

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Translational regulation enhances distinction of cell types in the nervous system2023

    • Author(s)
      Ichinose Toshiharu、Kondo Shu、Kanno Mai、Shichino Yuichi、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Tanimoto Hiromu
    • Journal Title

      eLife

      Volume: -

    • DOI

      10.7554/elife.90713.1

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Voluntary intake of psychoactive substances is regulated by the dopamine receptor Dop1R1 in Drosophila2021

    • Author(s)
      Kanno Mai、Hiramatsu Shun、Kondo Shu、Tanimoto Hiromu、Ichinose Toshiharu
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 3432-3440

    • DOI

      10.1038/s41598-021-82813-0

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mushroom body output differentiates memory processes and distinct memory-guided behaviors2021

    • Author(s)
      Ichinose Toshiharu、Kanno Mai、Wu Hongyang、Yamagata Nobuhiro、Sun Huan、Abe Ayako、Tanimoto Hiromu
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 31 Issue: 6 Pages: 1294-1302

    • DOI

      10.1016/j.cub.2020.12.032

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Profiling translation in the brain2024

    • Author(s)
      Toshiharu Ichinose
    • Organizer
      適応回路センサス勉強会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Translational regulations for cell type distinction and neuronal adaptation2024

    • Author(s)
      Toshiharu Ichinose
    • Organizer
      The Asia Pacific Drosophila Neurobiology Conference 3
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Translational regulation enhances distinction of cell types in the nervous system”.2023

    • Author(s)
      Toshiharu Ichinose
    • Organizer
      Neural Circuits and Behavior of Drosophila Workshop
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Translational control in the brain: understanding cellular diversity and plasticity2023

    • Author(s)
      Toshiharu Ichinose
    • Organizer
      The 183th WPI-IIIS seminar
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How cellular diversity and neuronal plasticity formed in the brain?: from the perspective of translational regulations2023

    • Author(s)
      Toshiharu Ichinose
    • Organizer
      Tohoku initiative for NeuroTech Innovations
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Translational regulation through upstream ORF enhances cell-type specific expression of neuronal proteins2022

    • Author(s)
      Toshiharu Ichinose
    • Organizer
      The 15th Japan Drosophila Research Conference
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2024-12-25  

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