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Systematic analysis of protein N-terminal codes

Publicly Offered Research

Project AreaMultifaceted Proteins: Expanding and Transformative Protein World
Project/Area Number 21H05720
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research (2022)
Kyoto University (2021)

Principal Investigator

今見 考志  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 上級研究員 (30528344)

Project Period (FY) 2021-09-10 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥10,400,000 (Direct Cost: ¥8,000,000、Indirect Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Keywordsプロテオミクス / 翻訳 / リボソーム / 新生鎖 / タンパク質相互作用 / N末端 / 変異 / アセチル化 / タンパク質N末端 / ミスセンス変異
Outline of Research at the Start

タンパク質のN末端配列にはなぜ特徴的なアミノ酸が高頻度に出現するのか?また、その特徴が生物種によって異なるのはなぜか?その機能的意義は何か?本研究ではそれらの問いに答えるためのテクノロジーを創出し、全プロテオームを対象としたN末端配列コードの共通原理を見出す。具体的には、情報学的解析とプロテオミクス解析を組み合わせて、プロテオームのN末端配列の意義を明らかにする。「N末端コード」の視点から「タンパク質の新しい側面」を明らかにする本提案は、「プロテオームの構成機構」に関する本質的な理解に迫ることができると考えている。

Outline of Annual Research Achievements

本年度はN末端コードを解読するためにN末端ペプチド-タンパク質相互作用実験を進めた。具体的には、タンパク質N末端2残基目のアミノ酸の出現頻度とそのアセチル化の関係、 またそれらに結合するタンパク質を系統的に同定した。以上の実験により、N末端コードの意義をアミノ酸種とアセチル化の観点から理解することを試みた 。また、タンパク質 N末端領域に疾患関連変異が存在することが知られている。これらの変異によるタンパク質相互作用への影響を定量的に明らかにし、変異が翻訳中のイベントに影響を与え疾患につながるのか?という問いに迫った。これらの目的を達成するために、15アミノ酸残基を並列に配置したペプチドアレイと細胞ライセートをインキュベーションし、ペプチドに結合したタンパク質を質量分析で包括的に同定した。その結果、タンパク質N末端がアセチル化されなければ種々のユビキチンE3リガーゼと結合し、分解される傾向にあることを見出した。逆にタンパク質N末端アセチル化は一般的にタンパク質を安定化する傾向があることや、N末端の疾患関連変異がタンパク質を不安定化すること等がわかってきた。また本研究で開発したN末端ペプチドを固定化したペプチドアレイと質量分析を用いることで、包括的且つハイスループットに結合タンパク質をプロファイルすることが可能となった。今後、細胞内でも「N末端コード」の意義を明らかにし、その普遍的な共通原理を見出していきたい。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 7 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 10 results)

  • [Journal Article] Monitoring mitochondrial translation by pulse SILAC2023

    • Author(s)
      Imami Koshi、Selbach Matthias、Ishihama Yasushi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Issue: 2 Pages: 102865-102865

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102865

    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] pSNAP: Proteome-wide analysis of elongating nascent polypeptide chains2022

    • Author(s)
      Uchiyama Junki、Roy Rohini、Wang Dan Ohtan、Morikawa Kazuya、Kawahara Yuka、Iwasaki Mio、Yoshino Chiaki、Mishima Yuichiro、Ishihama Yasushi、Imami Koshi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Issue: 7 Pages: 104516-104516

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104516

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  • [Journal Article] A critical period of translational control during brain development at codon resolution2022

    • Author(s)
      Harnett D, Ambrozkiewicz MC, Zinnall U, Rusanova A, Borisova E, Drescher AN, Couce-Iglesias M, Villamil G, Dannenberg R, Imami K, Munster-Wandowski A, Fauler B, Mielke T, Selbach M, Landthaler M, Spahn CMT, Tarabykin V, Ohler U, Kraushar ML
    • Journal Title

      Nature Structural and Molecular Biology

      Volume: 29 Issue: 12 Pages: 1277-1290

    • DOI

      10.1038/s41594-022-00882-9

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    • Author(s)
      Chong Yee Kien、Tartey Sarang、Yoshikawa Yuki、Imami Koshi、Li Songling、Yoshinaga Masanori、Hirabayashi Ai、Liu Guohao、Vandenbon Alexis、Hia Fabian、Uehata Takuya、Mino Takashi、Suzuki Yutaka、Noda Takeshi、Ferrandon Dominique、Standley Daron M.、Ishihama Yasushi、Takeuchi Osamu
    • Journal Title

      Science Signaling

      Volume: 15 Issue: 729 Pages: 1-19

    • DOI

      10.1126/scisignal.abm5011

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      Shinkawa Y, Imami K, Fuseya Y, Sasaki K, Ohmura K, Ishihama Y, Morinobu A, Iwai K.
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: In press Issue: 9 Pages: 1147-1164

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14323

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] pSNAP: Proteome-wide analysis of elongating nascent polypeptide chains2021

    • Author(s)
      Uchiyama Junki、Roy Rohini、Wang Dan Ohtan、Morikawa Kazuya、Kawahara Yuka、Iwasaki Mio、Yoshino Chiaki、Mishima Yuichiro、Ishihama Yasushi、Imami Koshi
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: online

    • DOI

      10.1101/2021.09.22.461445

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  • [Journal Article] Monitoring mitochondrial translation by pulse SILAC2021

    • Author(s)
      Imami Koshi、Selbach Matthias、Ishihama Yasushi
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: online

    • DOI

      10.1101/2021.01.31.428997

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A critical period of translational control during brain development at codon resolution2021

    • Author(s)
      Harnett Dermot、Ambrozkiewicz Mateusz C.、Zinnall Ulrike、Rusanova Alexandra、Borisova Ekaterina、Dannenberg Rike、Imami Koshi、M?nster-Wandowski Agnieszka、Fauler Beatrix、Mielke Thorsten、Selbach Matthias、Landthaler Markus、Spahn Christian M.T.、Tarabykin Victor、Ohler Uwe、Kraushar Matthew L.
    • Journal Title

      bioRiv

      Volume: online

    • DOI

      10.1101/2021.06.23.449626

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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      Koshi Imami
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      今見 考志
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  • [Presentation] Global analysis of nascent polypeptide chains2022

    • Author(s)
      Koshi Imami
    • Organizer
      Protein Folding on the Ribosome 2022
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 新生ポリペプチド鎖のプロテオミクス2022

    • Author(s)
      今見 考志、内山 純貴、森川 和哉、 石濱 泰
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 転写後・翻訳制御のプロテオミクスに関する研究2022

    • Author(s)
      今見 考志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
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  • [Presentation] Dissecting co-translational regulation by in-depth analysis of elongating nascent polypeptide chains2021

    • Author(s)
      Koshi Imami, Junki Uchiyama, Roy Rohini, Dan Ohtan Wang, Yuichiro Mishima, Yasushi Ishihama
    • Organizer
      10th Asia-Oceania Human Proteome Organization Congress
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 翻訳制御のプロテオミクス2021

    • Author(s)
      今見考志
    • Organizer
      第6回日本医用マススペクトル学会西部会
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    • Invited
  • [Presentation] 新生ポリペプチド鎖オミクスによる共翻訳修飾解析2021

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      見考志, 内山純貴、Roy Rohini, 王丹、三嶋雄一郎、石濱泰
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2021年大会
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      西田 紘士、今見 考志、石濱 泰
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2021年大会
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      Koshi Imami
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      RIKEN IMS seminar
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    • Author(s)
      今見 考志
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      第94回日本生化学大会
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  • [Presentation] 細胞外小胞の動態を包括的に捉えるプロテオミクス基盤技術の開発2021

    • Author(s)
      今見 考志
    • Organizer
      第15回日本臨床ストレス応答学会
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  • [Presentation] pSNAP: 新生ポリペプチド鎖プロテオミクス2021

    • Author(s)
      今見 考志
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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    • Invited

URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2023-12-25  

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