Genome modality in the nuclear pore territories
Publicly Offered Research
| Project Area | Genome modality: understanding physical properties of the genome |
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| Project/Area Number |
21H05744
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Transformative Research Areas, Section (III)
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
WONG W・R 金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (30464035)
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| Project Period (FY) |
2021-09-10 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥13,000,000 (Direct Cost: ¥10,000,000、Indirect Cost: ¥3,000,000)
Fiscal Year 2022: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
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| Keywords | 核膜孔 / DNA / 核膜孔複合体 / 核膜孔テリトリー / NUP153 / ラミン / ゲノムモダリティ |
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| Outline of Research at the Start |
本課題では申請者がこれまでに培ってきた知見・技術と先端ナノテクノロジー技術
を活用し、核膜テリトリーにおけるタンパク質-DNA相互作用とDNAナノ動態を解析す
るための研究ツールを創出し、ゲノムモダリティの階層的変化をナノスケールで理
解する。本課題で得られるDNA物性・ナノ動態情報は、ゲノムモダリティの理論構築
の基盤データとしての活用が期待される。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、核構造に結びついたゲノムDNA-核膜構成因子の相互作用の観点から、核膜孔テリトリーにおけるゲノムモダリティを解明することである。高速AFM技術をベースとし、ヌクレオソームを構成するヒストンタンパク質H2AがDNAとの相互作用により、 物理的にDNAの屈性を制御することを解明した。ヒストンH2AとDNA、ならびにその相互作用の解明を目指した。結果として、生命科学において広く知られていながらも誰も見たことがなかった、ヒストンが DNAに巻き付き離れるダイナミクスの一部を初めて明らかにした(J. Phys. Chem. Lett. 2021, Nature index-Research highlight: DNA wrap videos)。また、DNAやタンパク質などの生体高分子が局所的に集まることで液滴を形成する相分離現象は，細胞内でおこる複雑な生命現象を効率よく進める基盤的機構として注目されています。Wongは，相分離を評価できる蛍光プローブ（Pyr-A）の開発に成功した (iScience 2021)。さらに、エピジェネティックな「リーダー」であるブロモドメインタンパク質（BRD4）のC末端に存在する天然変性領域（IDR）は相分離を引き起こし、転写調節因子の集積とその安定化に寄与する。Wongは、核膜孔タンパク質NUP210がBRD4およびヒストンH3を介しクロマチンと相互作用していることを見出した (Cells 2022)。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(49 results)
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[Journal Article] Nanoscopic Assessment of Anti-SARS-CoV-2 Spike Neutralizing Antibody Using High-Speed AFM.2023
Author(s)
Keesiang Lim, Goro Nishide, Elma Sakinatus Sajidah, Tomoyoshi Yamano, Yujia Qiu, Takeshi Yoshida, Akiko Kobayashi, Masaharu Hazawa, Toshio Ando, Rikinari Hanayama, Richard W Wong
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Journal Title
Nano letters
Volume: 23
Issue: 2
Pages: 619-628
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Spatiotemporal tracking of small extracellular vesicle nanotopology in response to physicochemical stresses revealed by HS-AFM.2022
Author(s)
Elma Sakinatus Sajidah, Keesiang Lim, Tomoyoshi Yamano, Goro Nishide, Yujia Qiu, Takeshi Yoshida, Hanbo Wang, Akiko Kobayashi, Masaharu Hazawa, Firli R P Dewi, Rikinari Hanayama, Toshio Ando, Richard W Wong
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Journal Title
Journal of extracellular vesicles
Volume: 11
Issue: 11
Pages: 12275-12275
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] CDK8 maintains stemness and tumorigenicity of glioma stem cells by regulating the c-MYC pathway2021
Author(s)
Fukasawa K, Kadota T, Horie T, Tokumura K, Terada R, Kitaguchi Y, Park G, Ochiai S, Iwahashi S, Okayama Y, Hiraiwa M, Yamada T, Iezaki T, Kaneda K, Yamamoto M, Kitao T, Shirahase H, Hazawa M, Wong RW, Todo T, Hirao A, Hinoi E.
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Journal Title
Oncogene
Volume: ー
Issue: 15
Pages: 2803-2815
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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