データ駆動的な位相図の再構成によるゲノム様式変化の理解
Publicly Offered Research
| Project Area | Genome modality: understanding physical properties of the genome |
|---|
| Project/Area Number |
21H05755
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
|
| Allocation Type | Single-year Grants |
|---|
| Review Section |
Transformative Research Areas, Section (III)
|
|---|
| Research Institution | Kyushu University |
|---|
Principal Investigator |
前原 一満 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (90726431)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-09-10 – 2023-03-31
|
| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
|
| Budget Amount *help |
¥10,400,000 (Direct Cost: ¥8,000,000、Indirect Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
|
|---|
| Keywords | クロマチン / 位相図 / ヒストンバリアント / ホッジ分解 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
本計画は、クロマチンの位相図再構成理論の構築と実データによる検証を主軸として遂行する。とりわけ、クロマチン・フローと名付けた、時間情報の計測指標の開発に注力する。フローを産み出す背後のダイナミクスの定性的情報を代表するような「要点」を取り出し、パッチワークで繋ぎ合わせ、データ点上の流れとして擬似的モデルを作成する。さらに、クロマチンへの摂動が与える細胞・組織レベルの表現型を仮想的に評価できる位相図の構築を行う。解析対象は、マウス骨格筋組織の分化・再生モデルや、がん組織を計画している。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
生命現象としての生や死、増殖、細胞分化、がん化といった質的変化は、多種多数の分子が働く真核細胞の核内に存在するクロマチンの緻密な遺伝子発現制御システムにより実現される。本計画では、ゲノムモダリティ変化を定性的に理解するための情報解析手法開発を目的とする。クロマチンの状態変化を示すクロマチン・フロー計測法を樹立し、離散的ホッジ分解を応用した複雑ダイナミクスの要約法と組み合わせることで、クロマチン状態変化の位相図を構成し、複雑なクロマチン動態の定性的理解を試みる。本年度は、クロマチンの時間変化ダイナミクスを計測するため、独自技術であるChIL-seqを発展させた単一細胞内でゲノムワイドに複数のタンパク質の局在を同時検出したデータ取得を行った。さらに、本計画の目標としていた位相図再構成のために必要な情報解析技術を確立できたため、公開データおよび独自データのデモンストレーションを加えた論文投稿を準備している。また、空間トランスクリプトーム解析技術の共同研究では論文発表を行った。
|
| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
|
Report
(2 results)
Research Products
(12 results)
-
-
[Journal Article] Relayed signaling between mesenchymal progenitors and muscle stem cells ensures adaptive stem cell response to increased mechanical load.2021
Author(s)
Kaneshige A, Kaji T, Zhang L, Saito H, Nakamura A, Kurosawa T, Ikemoto-Uezumi M, Tsujikawa K, Seno S, Hori M, Saito Y, Matozaki T, Maehara K, Ohkawa Y, Potente M, Watanabe S, Braun T, Uezumi A, Fukada SI.
-
Journal Title
Cell Stem Cell.
Volume: 29
Issue: 2
Pages: 265-280
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
-
[Journal Article] Modeling population size independent tissue epigenomes by ChIL-seq with single thin sections.2021
Author(s)
Maehara K, Tomimatsu K, Harada A, Tanaka K, Sato S, Fukuoka M, Okada S, Handa T, Kurumizaka H, Saitoh N, Kimura H, Ohkawa Y.
-
Journal Title
Mol Syst Biol.
Volume: 17
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
-
