• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Elucidation of dynamic interactions of histone tails with nucleosomal DNA or linker DNA

Publicly Offered Research

Project AreaGenome modality: understanding physical properties of the genome
Project/Area Number 21H05756
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

古川 亜矢子  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 特任助教 (90453050)

Project Period (FY) 2021-09-10 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥13,000,000 (Direct Cost: ¥10,000,000、Indirect Cost: ¥3,000,000)
Fiscal Year 2022: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Keywordsヌクレオソーム / 溶液NMR / ヒストンテイル / 動的な相互作用 / ヒストン
Outline of Research at the Start

クロマチン構造の基本単位であるヌクレオソームのコア構造から突き出ているヒストンのテイル構造やヌクレオソーム間をつなぐリンカーDNAは非常に動的である。しかしながら、ヒストンテイルは、リンカーDNAやヌクレオソーム DNAにある程度動きを制限されて機能している。そこで、本研究では、特に種間で保存性の 高いヒストンH3とH4を研究対象として、ヘテロクロマチンに関与するリンカーヒストンH1 の結合・翻訳後修飾・DNAメチル化によるヌクレオソーム中のヒストンテイルとリンカー DNA間の動的な相互作用の変化を明らかにし、DNAを介したヒストンテイルの動的な相互作用の重要性を解明することを目的とする。

Outline of Annual Research Achievements

クロマチン構造の基本単位であるヌクレオソームのコア構造から突き出ているヒストンのテイル構造は天然変性領域で非常に動的であるため、X線結晶構造や電顕構造では見えていない。しかしながら、このヒストンテイルには多数の翻訳後修飾が入ることによって、クロマチンの構造や機能を変化させるため、非常に重要な領域である。また、ヌクレオソーム間をつなぐリンカーDNAもリンカーヒストンH1が結合した状態でないとX線や電顕の構造では観測できないため、非常に動的である。しかしながら、ヒストンテイルは、ランダムにふらふらしてヌクレオソームの外側に露出しているのではなく、リンカーDNAやヌクレオソームDNAにある程度動きを制限されて機能している。
本研究では溶液NMR法を用いて、ヒストンH3のN末テイルの動的挙動を解析した。その結果、ヌクレオソームのリンカーDNAがヒストンH3のN末テイルと非常に弱く相互作用していて、そのDNAとの相互作用は残基によって異なることが明らかになった。リンカーDNAが無いとヌクレオソーム中のヒストンH3のN末テイルはコアDNAと相互作用する頻度が高くなり、アセチル化酵素Gcn5によるH3の14番目のリジンのアセチル化反応が阻害された。また、リンカーヒストンH1がヌクレオソームに結合すると、対称であったヌクレオソーム中のヒストンH3の2本のN末テイルは、左右非対称な動的構造を取うようになったが、アセチル化酵素Gcn5によるH3の14番目のリジンのアセチル化反応はリンカーヒストンH1が結合していない時と同程度の速さであった。これらの結果は、ヌクレオソーム中のヒストンテイルの動的構造変化が翻訳後修飾を制御していることを示され、ヌクレオソーム中のヒストンテイルの動的構造もクロマチン構造の変化に寄与している可能性が示唆された。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] H2A Ubiquitination Alters H3-tail Dynamics on Linker-DNA to Enhance H3K27 Methylation2023

    • Author(s)
      Ohtomo H., Ito S., McKenzie NJ., Uckelmann M., Wakamori M., Ehara H., Furukawa A., Tsunaka Y., Shibata M., Sekine S., Umehara T., Davidovich C., Koseki H. *Nishimura Y.
    • Journal Title

      J. Mol. Biol.

      Volume: 435 Issue: 4 Pages: 167936-167936

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2022.167936

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Histone tail network and modulation in a nucleosome2022

    • Author(s)
      Tsunaka Yasuo、Furukawa Ayako、Nishimura Yoshifumi
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 75 Pages: 102436-102436

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2022.102436

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characteristic H3 N-tail dynamics in the nucleosome core particle, nucleosome, and chromatosome2022

    • Author(s)
      Furukawa A., Wakamori M., Arimura Y., Ohtomo H., Tsunaka Y., Kurumizaka H., Umehara T., *Nishimura Y.
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Issue: 3 Pages: 103937-103937

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.103937

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ヌクレオソーム中のヒストンH3のN末テイルとDNAとの動的な相互作用の解明2022

    • Author(s)
      古川亜矢子
    • Organizer
      第45回 日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ヌクレオソーム中のヒストンH3のN末テイルとDNAとの 動的な相互作用の解明2021

    • Author(s)
      古川亜矢子, 若森昌聡, 有村泰宏, 大友秀明, 津中康央,胡桃坂仁志, 梅原崇史, 西村善文
    • Organizer
      第39回染色体ワークショップ第19回 核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2023-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi