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モジュラーなDNAアクチュエータシステムで拓く脂質膜変形の新機構

Publicly Offered Research

Project AreaMolecular Cybernetics -Development of Minimal Artificial Brain by the Power of Chemistry
Project/Area Number 21H05864
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (IV)
Research InstitutionMie University

Principal Investigator

鈴木 勇輝  三重大学, 工学研究科, 准教授 (50636066)

Project Period (FY) 2021-09-10 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥10,400,000 (Direct Cost: ¥8,000,000、Indirect Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Keywordsナノデバイス / 分子アクチュエータ / モジュラー設計 / 刺激応答性 / 多重応答性 / DNAナノテクノロジー / DNAオリガミ / モジュラーデザイン / 人工分子システム / アクチュエータ / 自己集合 / 分子システム工学 / 脂質膜
Outline of Research at the Start

本研究では,DNAナノ技術を駆使することで,細胞サイズリポソームの変形制御に資する分子アクチュエータシステムを創出する.複数種の刺激それぞれに対して特異的な変形を示すナノアクチュエータを構築(複数の変形モードの実装)し,それらをさまざまな大規模構造へと自己組織化させる(複数の集合モードの実装)ことで,ナノアクチュエータの変形モードと集合モードの組み合わせに応じた多彩な大規模変形を実現する.

Outline of Annual Research Achievements

異なる刺激種に対して特異的な変形を示す多重応答性分子アクチュエータの構築し,それらの構造と力学的特性について定量的に解析した.特に,スプリング型および二次元格子型の二種のアクチュエータについて機構改良を進め,それぞれについて,生化学的実験手法と原子間力顕微鏡(AFM)を用いた直接可視化により刺激依存的・シグナル分子依存的な構造変化を評価した.
グアニン四重鎖形成を利用した動作機構とDNA分子の鎖置換反応に基づく動作機構を併用することで,カリウムイオン濃度の変化および分子信号(シグナルDNA)に応じて,特異的なスプリング形状へと変形するナノアクチュエータを開発した.AFMを用いた形状解析により,刺激の種類に依存して,ピッチや直径が異なる特異的ならせん構造へと形状変化することを示した.光ピンセットを用いた単分子解析により,アクチュエータの形状だけでなく,その機械的特性についても刺激依存的に変換できることを明らかにした.
二次元格子型のナノアクチュエータについても,構造バリエーションの作製を進めた.i-motif形成を利用した変形機構と二重らせん形成に基づいたロック機構を組み合わせることで,pH変化およびシグナルDNAに応じた特異的な変形を実現した.鎖置換反応によりシグナルDNAの入れ換えを可能とすることで,繰り返しの動作や形状変換を実現した.
さらに,各アクチュエータを連結・多量体化することで,個々のアクチュエータの変形を累積させ,より大規模な変形を生み出すことにも成功した.

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] Kent State University(米国)

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] Aalto University(フィンランド)

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      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Lipid bilayer-assisted dynamic self-assembly of hexagonal DNA origami blocks into monolayer crystalline structures with designed geometries2022

    • Author(s)
      Suzuki Yuki、Kawamata Ibuki、Watanabe Kotaro、Mano Eriko
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Issue: 5 Pages: 104292-104292

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104292

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Box-shaped ribozyme octamer formed by face-to-face dimerization of a pair of square-shaped ribozyme tetramers2022

    • Author(s)
      Islam Md Dobirul、Hidaka Kumi、Suzuki Yuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 134 Issue: 3 Pages: 195-202

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2022.06.008

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Algorithmic Design of 3D Wireframe RNA Polyhedra2022

    • Author(s)
      Elonen Antti、Natarajan Ashwin Karthick、Kawamata Ibuki、Oesinghaus Lukas、Mohammed Abdulmelik、Seitsonen Jani、Suzuki Yuki、Simmel Friedrich C.、Kuzyk Anton、Orponen Pekka
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 16 Issue: 10 Pages: 16608-16616

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c06035

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Anisotropic, Degradable Polymer Assemblies Driven by a Rigid Hydrogen-Bonding Motif That Induce Shape-Specific Cell Responses2022

    • Author(s)
      Kazuki Fukushima, Kodai Matsuzaki, Masashi Oji, Yuji Higuchi, Go Watanabe, Yuki Suzuki, Moriya Kikuchi, Nozomi Fujimura, Naofumi Shimokawa, Hiroaki Ito, Takashi Kato, Seigou Kawaguchi, and Masaru Tanaka
    • Journal Title

      Macromolecules

      Volume: 55 Issue: 1 Pages: 15-25

    • DOI

      10.1021/acs.macromol.1c01894

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    • Peer Reviewed
  • [Presentation] DNAで創って動かすナノ構造2023

    • Author(s)
      鈴木 勇輝
    • Organizer
      2022年度東海高分子学生研究会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Self-assembly of DNA origami blocks into two-dimensional crystalline structures with designed geometries2022

    • Author(s)
      Yuki Suzuki、Ibuki Kawamata
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Creation of nano- and microscale structures from DNA2022

    • Author(s)
      Yuki Suzuki
    • Organizer
      Workshop on Biosystems Design; From nanotechnology to microfluidics in biotechnology
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] DNAバンドルの変形を活用した分子デバイスの構築2021

    • Author(s)
      鈴木 勇輝
    • Organizer
      学術変革領域研究(A) 分子サイバネティクス 第2回領域セミナー
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited

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Published: 2021-10-22   Modified: 2023-12-25  

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