哺乳動物細胞の核内非コードRNA分解経路に関する研究

• Project Area: Functional machinery for non-coding RNAs
• Project/Area Number: 22115505
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 秋光 信佳 東京大学, アイソトープ総合センター, 准教授 (40294962)
• Project Period (FY): 2010 – 2011
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2011)
• Budget Amount: ¥8,320,000 (Direct Cost: ¥6,400,000、Indirect Cost: ¥1,920,000); Fiscal Year 2011: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2010: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
• Keywords: ノンコーディングRNA / 細胞核 / RNA分解

Research Abstract

申請者が独自に開発したin vivo RNA分解測定系(BRIC法)を活用して、12000種類以上のメッセンジャーRNAと1200種類以上のノンコーディングRNA(合計13000種類以上)について、RNA分解速度を網羅的に測定した。その結果、メッセンジャーRNAの分解速度分布とノンコーディングRNAの分解速度分布は良く似たパターンを示すことを見出した。この発見は、ノンコーディングRNAもメッセンジャーRNAと類似(一部は共通していると予想される)したRNA分解制御を受けていることをしさしている。メッセンジャーRNAの研究から、短寿命メッセンジャーRNAにコードされるタンパク質は一般的に調節性作用を有することから、短寿命ノンコーディングRNAも調節性の機能を持つのではないかという作業仮説を立て、その仮説の検証を本研究で実施した。その結果、短寿命という性質を持つノンコーディングRNA(その多くは核内ノンコーディングRNAであった)を調べることで、新規の調節性ノンコーディングRNAを複数発見した。さらに、このような調節性ノンコーディングRNAのRNA分解速度は外的刺激によって調節されていること(すなわち、RNA分解が制御の標的になっていること)を示した。これら一連の結果は、(1)RNA分解速度の着目することで、新規のノンコーディングRNAを発見するきっかけになること、(2)短寿命ノンコーディングRNAの中には、調節性の機能を持つものが沢山含まれている可能性が高いこと、を示している。本研究で発見された新規の短寿命ノンコーディングRNAには、SLiTという名称を付した。

Research Products

• [Journal Article] Identification and characterization of novel genotoxic stress-inducible nuclear long noncoding RNAs in mammalian cells (2012)
  • Author(s): Mizutani R
  • Journal Title: PloS ONE Volume: 7 Issue: 4 Pages: e34949-e34949
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0034949
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genome-wide determination of RNA stability reveals hundreds of short-lived non-coding transcripts in mammals (2012)
  • Author(s): Tani H.
  • Journal Title: Genome Res Volume: (発行中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of cis- and trans-acting factors involved in the localization of MALAT-1 noncoding RNA to nuclear speckles (2012)
  • Author(s): Miyagawa, R.
  • Journal Title: RNA Volume: 18 Issue: 4 Pages: 738-751
  • DOI: 10.1261/rna.028639.111
  • Peer Reviewed
• [Remarks]
  • URL: http://www.ric.u-tokyo.ac.jp/akimitsu/
• [Remarks]
  • URL: http://www.ric.u-tokyo.ac.jp/akimitsu/