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Analysis of the hydration state that changes the structure and interaction of biomolecules

Publicly Offered Research

Project AreaAquatic Functional Materials: Creation of New Materials Science for Environment-Friendly and Active Functions
Project/Area Number 22H04561
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionTokyo University of Pharmacy and Life Science

Principal Investigator

藤田 恭子  東京薬科大学, 薬学部, 講師 (90447508)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords水和状態 / イオン構造 / 生体分子 / イオン液体 / 束縛水 / 分配制御 / 構造
Outline of Research at the Start

場の水和状況が溶解している生体分子の構造や相互作用に及ぼす影響について解析する。有機塩からなる液体であるイオン液体を用い、その構造を選択することで溶媒特性をチューニングし、さらに添加する水分子の量を調整して、水和状態を制御した場を設計する。この場に性質の異なる生体分子を溶解して、構造や相互作用に及ぼす影響を解析することで、水和状態が生体分子に及ぼす影響について系統的に検討する。

Outline of Annual Research Achievements

本年度は単離した膜貫通型αヘリックスタンパク質をターゲットとして、水和イオン液体中への溶解と溶解後の構造、安定性について解析を行った。溶解後の膜タンパク質の二次構造に影響を及ぼすイオン構造の共通性について基礎知見を集積した。イオン構造を選択することで水溶液中と同様の二次構造を保持した溶解が可能であることを確認した。含水率を変化させてながら解析を行うことで、二次構造が変化する含水率域の存在を確認した。光駆動型膜タンパク質であるバクテリオロドプシンを用いた検討では、二次構造だけでなくタンパク質内部に位置する発色団レチナールが水溶液中と同様の状況で存在しており、光照射に伴うプロトンポンプ輸送に伴う構造変化も水和イオン液体中でも観測された。水和イオン液体中に溶解後、検討を行った膜貫通型αヘリックスタンパク質の変性温度は水中に比べて20℃以上向上することを確認した。
また領域内共同研究を進め、各種分光法やシミュレーションを用いて水和イオン液体中の水分子について解析を行った。分子間振動バンドをプローブとするフェムト秒ラマン誘起カー効果分光により、濃度の異なる水和イオン液体の低振動数スペクトルを測定し分子間振動バンドの評価を行い、カオトロピックとコスモトロピックなアニオンでは微視的な水和構造(第二、第三溶媒和圏)が異なることを明らかにした。得られた結果はJ. Phys. Chem. Bに掲載となった。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Low-Frequency Spectra of Hydrated Ionic Liquids with Kosmotropic and Chaotropic Anions2024

    • Author(s)
      Koyakkat Maharoof、Ishida Tateki、Fujita Kyoko、Shirota Hideaki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 128 Issue: 17 Pages: 4171-4182

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.4c01255

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydrated Ionic Liquids: Perspective for Bioscience2023

    • Author(s)
      Fujita Kyoko、Ohno Hiroyuki
    • Journal Title

      The Chemical Record

      Volume: 23 Issue: 8

    • DOI

      10.1002/tcr.202200282

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Improved renaturation process of aggregated recombinant proteins through the design of hydrated ionic liquids2023

    • Author(s)
      Fujita Kyoko、Kobayashi Kazune、Ito Anna、Yanagisawa Shun、Ichida Kimiyoshi、Takeda Kouta、Nakamura Nobuhumi、Ohno Hiroyuki
    • Journal Title

      Journal of Molecular Liquids

      Volume: 377 Pages: 121440-121440

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2023.121440

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Investigation of Hydration States of Ionic Liquids by Fourier Transform Infrared Absorption Spectroscopy: Relevance to Stabilization of Protein Molecules2023

    • Author(s)
      Rajapriya Inbaraj Navin、Song Subin、Chang Ryongsok、Fujita Kyoko、Hayashi Tomohiro
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 39 Issue: 7 Pages: 2558-2568

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.2c02851

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The state of water molecules induces changes in the topologies and interactions of G-quadruplex DNA aptamers in hydrated ionic liquid2022

    • Author(s)
      Fujita Kyoko、Honda Takuya、Tsukakoshi Kaori、Ohno Hiroyuki、Ikebukuro Kazunori
    • Journal Title

      Journal of Molecular Liquids

      Volume: 366 Pages: 120175-120175

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2022.120175

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Low-Frequency Spectrum in Hydrated Ionic Liquids Having Different Kosmotropicity: Water Concentration Dependence2024

    • Author(s)
      9th International Discussion Meeting on Relaxations in Complex Systems Makuhari Messe, Chiba, Japan, 12th Aug 2023-18th Aug 2023, poster Maharoof Koyakkat, Kyoko Fujita, Hideaki Shirota
    • Organizer
      17th DAE-BRNS Biennial Trombay Symposium on Radiation and Photochemistry
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Improved renaturation process of aggregated recombinant proteins through the design of hydrated ionic liquids2023

    • Author(s)
      Kyoko Fujita, Kazune Kobayashi, Anna Ito, Shun Yanagisawa, Kimiyoshi Ichida, Kouta Takeda, Nobuhumi Nakamura, Hiroyuki Ohno
    • Organizer
      Improved renaturation process of aggregated recombinant proteins through the design of hydrated ionic liquids, 9th Congress on Ionic Liquids
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Low-Frequency Spectra of Hydrated Ionic Liquids Having Different Kosmotropicity2023

    • Author(s)
      Maharoof Koyakkat, Kyoko Fujita, Hideaki Shirota
    • Organizer
      9th International Discussion Meeting on Relaxations in Complex System
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] バイオサイエンス分野における水和イオン液体の可能性2023

    • Author(s)
      藤田恭子
    • Organizer
      日本薬剤学会第38年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Solubility and Structural Changes of Biomolecules as a Function of Water Content in Hydrated Ionic Liquids2023

    • Author(s)
      Kyoko Fujita
    • Organizer
      第61回生物物理学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Water Concentration Dependence of Low-Frequency Spectrum in Hydrated Ionic Liquids Having Different Kosmotropicity2023

    • Author(s)
      Maharoof Koyakkat, Kyoko Fujita, Hideaki Shirota
    • Organizer
      The 17th annual Meeting of Japan Society for Molecular Science
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 水和イオン液体中におけるDNAアプタマーと標的分子の結合検出2023

    • Author(s)
      藤田 恭子、筑肱 秀紀、稲葉 真太朗、池袋 一典
    • Organizer
      電気化学会第91回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 水和イオン液体中におけるDNAアプタマーと標的分子の結合解析2023

    • Author(s)
      筑肱 秀紀、稲葉 真太朗、誉田 拓也、塚越 かおり、大野 弘幸、池袋 一典
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 水和イオン液体中における膜タンパク質の構造と熱安定性2023

    • Author(s)
      石井 佳穂、武部 豊、小林 和音、市田 公美、溝端 栄一、藤田 恭子
    • Organizer
      日本化学会第103春季年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] アンモニウム系イオン液体/緩衝液の二相系におけるタンパク質の分配解析2023

    • Author(s)
      佐々木 大吾、小林 和音、木本 祐一朗、市田 公美、藤田 恭子
    • Organizer
      日本化学会第103春季年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 水和イオン液体を用いたセルラーゼ凝集体の溶解・リフォールディングに及ぼすイオン構造と含水量の影響2022

    • Author(s)
      小林 和音、伊藤 杏奈、柳澤 峻、市田 公美、藤田 恭子
    • Organizer
      第71回高分子学会年次大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Low-Frequency Spectra of Hydrated Ionic Liquid with Various Water Concentrations2022

    • Author(s)
      Maharoof Koyakkat, Kyoko Fujita, Hideaki Shirota
    • Organizer
      第44回溶液化学シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 異なるアルキル鎖長を有するホスホニウム系及びアンモニウム系イオン液体の細胞毒性の評価2022

    • Author(s)
      須田 涼介、西山 貴仁、溝口 莉菜、河野 加奈美、大沼 友和、小倉 健一郎、藤田 恭子、市田 公美、山折 大
    • Organizer
      第49回 日本毒性学会学術年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 水和イオン液体中の水和状態による核酸ア プタマーの四重鎖構造と相互作用変化2022

    • Author(s)
      藤田 恭子、誉田 拓也、塚越 かおり、大野 弘幸、池袋 一典
    • Organizer
      第12回イオン液体討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Hydration state of protein-stabilizing ionic liquids probed by ATR-IR and NMR spectroscopy2022

    • Author(s)
      Navin Rajapriya Inbaraj,Subin Song, Ryongsok Chang, Kyoko Fujita, Tomohiro Hayashi
    • Organizer
      第12回イオン液体討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Book] イオン液体の実用展開へ向けた最新動向2022

    • Author(s)
      藤田 恭子
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      シーエムシー出版
    • ISBN
      9784781316741
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 膜タンパク質の安定化のための液体組成物および方法2023

    • Inventor(s)
      藤田 恭子,溝端 栄一,古谷 祐詞
    • Industrial Property Rights Holder
      藤田 恭子,溝端 栄一,古谷 祐詞
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2023-030067
    • Filing Date
      2023
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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