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非天然アミノ酸を用いた汎用かつ簡便なタンパク質光感受化法

Publicly Offered Research

Project AreaNon-equilibrium-state molecular movies and their applications
Project/Area Number 22H04758
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionNational Institute for Physiological Sciences

Principal Investigator

下村 拓史  生理学研究所, 分子細胞生理研究領域, 助教 (50635464)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,630,000 (Direct Cost: ¥5,100,000、Indirect Cost: ¥1,530,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywordsイオンチャネル / 非天然アミノ酸 / 高速分子動画 / 構造生物学 / ケミカルバイオロジー / 電気生理学 / 時分割構造解析
Outline of Research at the Start

本研究では、非天然アミノ酸(UAA)を多様な標的タンパク質に導入することで、“狙って”“簡単に”光反応性を付与できるかどうかを検証する。また、得られた光反応性タンパク質を、刺激となる光とX線自由電子レーザーの照射とを精密に組み合わせた結晶構造解析法に適用する。これにより、本来光反応性を有しないタンパク質においても光をトリガーとする高速分子動画撮像が可能になり、その機能を実現するタンパク質の構造変化が原子レベルで解明できると期待される。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、非天然アミノ酸(UAA)を多様な標的タンパク質に導入することで、“狙って”“簡単に”光反応性を付与できるかどうかを検証する。また特にこれらのうち、光異性化非天然アミノ酸(PSAA)を導入することにより、光によりその活性を制御できるイオンチャネルを創出し、得られた光反応性タンパク質を刺激となる光とX線自由電子レーザーの照射とを精密に組み合わせた結晶構造解析法に適用する。前年度には、本来pH感受性のイオンチャネルであるKcsAにPSAAを導入し、卵母細胞を用いた電流測定系を用いてその活性を確認することで、本来非光感受性であるKcsAを光制御できることを確認した。また、大腸菌発現系によりPSAA導入KcsAタンパク質を大量発現・精製し、ゲルろ過クロマトグラフィーにより結晶構造解析に供することができる品質であることを確認した。
結晶構造解析に向けた確認として、得られた精製KcsAタンパク質が光感受性を有するかどうかを検証した。精製KcsAタンパク質を人工脂質膜に再構成したプロテオリポソームを作製し、微小ガラス電極を用いたパッチクランプ法により電流測定を行った。野生型KcsA精製タンパク質を再構成して電流測定を行ったところ、典型的なpH依存的KcsA電流を測定することができた。これにより、再構成と電流測定の手技は正しく実施できていることが確認できた。同様にPSAA導入KcsAタンパク質を用いてもpH依存性を確認できたが、今のところ光反応性を明確に観測できていない。理由として、特定の種類の脂質分子などといった、人工再構成系では欠落してしまっている因子の存在が考えらえれるため、用いる脂質の検討や、より効率のよい測定系の検討などを行っている。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Conformational rearrangements in the second voltage sensor domain switch PIP2- and voltage-gating modes in two-pore channels2023

    • Author(s)
      Shimomura T, Hirazawa K, Kubo Y
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA

      Volume: 120(6) Issue: 6

    • DOI

      10.1073/pnas.2209569120

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dopamine drives neuronal excitability via KCNQ channel phosphorylation for reward behavior2022

    • Author(s)
      Tsuboi Daisuke、Otsuka Takeshi、Shimomura Takushi、Faruk Md Omar、Yamahashi Yukie、Amano Mutsuki、Funahashi Yasuhiro、Kuroda Keisuke、Nishioka Tomoki、Kobayashi Kenta、Sano Hiromi、Nagai Taku、Yamada Kiyofumi、Tzingounis Anastasios V.、Nambu Atsushi、Kubo Yoshihiro、Kawaguchi Yasuo、Kaibuchi Kozo
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 40 Issue: 10 Pages: 111309-111309

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2022.111309

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Closed-state inactivation of cardiac, skeletal, and neuronal sodium channels is isoform specific2022

    • Author(s)
      Brake N, Mancino AS, Yan Y, Shimomura T, Kubo Y, Khadra A, Bowie D
    • Journal Title

      J Gen Physiol

      Volume: 154(7) Issue: 7

    • DOI

      10.1085/jgp.202112921

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Voltage clamp fluorometry of two-pore channels reveals a unique movement of 2nd S4 helix2024

    • Author(s)
      Takushi Shimomura
    • Organizer
      IINS Bordeaux - NIPS joint symposium
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A switching mechanism between PIP2- and voltage-dependence in two-pore channels2024

    • Author(s)
      下村 拓史
    • Organizer
      第101回 日本生理学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Contribution of the 2nd S4 helix for switching PIP2- and voltage-gating modes in two-pore channels2023

    • Author(s)
      Takushi Shimomura
    • Organizer
      ION CHANNEL MODULATION SYMPOSIUM 2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] An intermediate state in the 2nd voltage sensor domain is related to the PIP2-gating mode in two-pore channels2023

    • Author(s)
      Takushi Shimomura
    • Organizer
      The 10th Federation of the Asian and Oceanian Physiological Societies Congress
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Two-pore channelにおける2番目のS4ヘリックスの状態に依存したPIP2および電位依存性ゲーティングの切り替え機構2023

    • Author(s)
      下村拓史、平澤輝一、久保義弘
    • Organizer
      第100回日本生理学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 遷移金属イオン蛍光共鳴エネルギー移動を利用した電位依存性カチオンチャネルの動的構造解析2023

    • Author(s)
      平澤輝一、下村拓史、久保義弘
    • Organizer
      第100回日本生理学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 膜電位下蛍光電流同時測定法により明らかになった、Two-pore Channelにおけるリガンド依存性と電位依存性ゲーティングの切り替え・統合の分子基盤2022

    • Author(s)
      下村拓史
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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