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Conversion between mechanical power and information of intracellular reaction-diffusion wave

Publicly Offered Research

Project AreaInformation physics of living matters
Project/Area Number 22H04851
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

藤原 慶  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 准教授 (20580989)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥8,710,000 (Direct Cost: ¥6,700,000、Indirect Cost: ¥2,010,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Keywordsソフトマター / 時空間パターン / 細胞サイズ空間 / 反応拡散系 / 合成生物学 / 人工細胞
Outline of Research at the Start

細胞内反応拡散波(iRDs)は、化学反応と分子拡散の共役によって創発され、細胞内での分子の位置情報を規定する。最近の研究により、iRDs自体が細胞内の情報を力学に変換する機構である証拠が集まってきているが、その実態は未解明である。本研究では、申請者らが構築したiRDsの1つであるMin波を安定的に人工細胞内で発生させる系を用い、化学エネルギーによって形成されるiRDsが細胞サイズの空間で情報と力学の変換を担うメカニズムと効率を理解することを目的とする。本研究の達成により、反応拡散共役による細胞内の自発的な分子配置が内在する情報の物理が明らかになる。

Outline of Annual Research Achievements

細胞内反応拡散波(iRDs)は、化学反応と分子拡散の共役によって生じるマクロ構造パターンであり、細胞内での分子の位置情報を規定する原理として提案されている。本研究では、これまでに我々が構築したiRDsの1つであるMin波を安定的に人工細胞内で発生させる系を用い、化学エネルギーによって形成されるiRDsが細胞サイズの空間で情報と力学の変換を担うメカニズムと効率を理解することを目的とした。
昨年までに、細胞内の位置情報を決定する反応拡散波であるMin波が、ATPだけでなくdATPも利用して発生することが可能であること、ATPとdATPではエネルギー散逸の仕方が異なることを示唆し、ACS Nano誌に報告した。本年度は細胞膜上の構造体同士の相互作用とMin波の関係を追及した。膜状構造体をとして、適切な末端を設計することで相互作用の強さを調節可能なDNA origamiによるナノ構造を用いた。結果、DNA origamiとMin波の成分は相互作用しないにも関わらず、DNA origami同士の相互作用の強さがMin波の動態を大きく転移させることを見出した。このことは、これまでMin波を含む反応拡散波によって制御されていると考えられていた細胞骨格の重合が反応拡散波の動態に影響を与えることを示唆した。 すなわち、分子位置を規定する反応拡散波と力を生み出す細胞骨格の関係は、主従関係ではなくお互いに影響を与える複雑な相互作用によってなりたっていることが示唆された。
また、この成果はとは別に、細胞内の分子集団が持つ弱い相互作用をゼロではなく存在するものと仮定すると、細胞空間における分子位置制御に細胞内の高濃度多分子成分が重要であることを実験と理論の両面から実証し、Advanced Science誌に報告した。これらの成果は、分子位置の情報と力学変換のメカニズムの完全なる理解へとつながるものである。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Multimolecular Competition Effect as a Modulator of Protein Localization and Biochemical Networks in Cell‐Size Space2023

    • Author(s)
      Nishikawa Saki、Sato Gaku、Takada Sakura、Kohyama Shunshi、Honda Gen、Yanagisawa Miho、Hori Yutaka、Doi Nobuhide、Yoshinaga Natsuhiko、Fujiwara Kei
    • Journal Title

      Advanced Science

      Volume: 11 Issue: 6 Pages: 2308030-2308030

    • DOI

      10.1002/advs.202308030

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Controlling the Periodicity of a Reaction-Diffusion Wave in Artificial Cells by a Two-Way Energy Supplier2022

    • Author(s)
      Takada Sakura、Yoshinaga Natsuhiko、Doi Nobuhide、Fujiwara Kei
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 16 Issue: 10 Pages: 16853-16861

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c06756

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Min波によるDNA origamiの人工細胞内非対称配置法の確立2024

    • Author(s)
      大里美緒、髙田咲良、土居信英、佐藤佑介、藤原慶
    • Organizer
      第7回分子ロボティクス年次大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工細胞内反応拡散波を創る・動かす・制御する2024

    • Author(s)
      髙田咲良、義永那津人、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第7回分子ロボティクス年次大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内反応拡散波は空間サイズによりスケールする2024

    • Author(s)
      髙田咲良、光山隼史、義永那津人、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      新学術領域研究「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」終了報告会・第8回領域会議
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Behaviors and characteristics of intracellular Reaction-diffusion wave revealed by a reconstitution system in artificial cells2023

    • Author(s)
      Kei Fujiwara
    • Organizer
      International workshop: Complex motile matter from single agents to collective behaviors
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cell-size space effects on a reaction-diffusion wave for cell center determination revealed by artificial cell experiments using defined factors2023

    • Author(s)
      Kei Fujiwara
    • Organizer
      Staphys28 satellite meeting: Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] エネルギーによる動きと形:人工細胞系に創る反応拡散共役パターン2023

    • Author(s)
      髙田咲良、藤原慶
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 細胞空間の反応拡散系:閉ざされた空間に出現する散逸構造の特徴とその制御2023

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      物理学会第78回年次大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 細胞反応拡散波が示す情報・力学変換の理解2023

    • Author(s)
      藤原慶、髙田咲良
    • Organizer
      新学術領域「生命の情報物理学」第六回領域会議
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 2種のエネルギー供給源による人工細胞内反応拡散波の制御2023

    • Author(s)
      髙田咲良、義永那津人、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      新学術領域「生命の情報物理学」第六回領域会議
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内反応拡散波の人工細胞再構成系で探る細胞空間の時空間パターン形成原理2022

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      定量生物学の会 第10回年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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