アメーバをめぐるポストコッホ微生物生態学
Publicly Offered Research
Project Area | Post-Koch Ecology: The next-era microbial ecology that elucidates the super-terrestrial organism system |
Project/Area Number |
22H04883
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Complex systems
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Research Institution | Gifu University |
Principal Investigator |
永井 宏樹 岐阜大学, 大学院医学系研究科, 教授 (80222173)
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Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2024-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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Budget Amount *help |
¥8,710,000 (Direct Cost: ¥6,700,000、Indirect Cost: ¥2,010,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
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Keywords | 寄生 / 共生 / アカントアメーバ |
Outline of Research at the Start |
淡水環境中どこにでも見出すことができる単細胞原生生物アカントアメーバは、その内部にヒト病原菌レジオネラを始めとして多様な種の細菌を寄生・共生させることが知られていました。さらに、近年のアカントアメーバを宿主とする巨大ウイルスの発見は、アカントアメーバが寄生・共生微生物の進化の揺籃となったことを示唆しています。この研究では、これまでに研究代表者が行ってきたアカントアメーバ寄生・共生微生物・ウイルスの探索を、培養不能の未知の微生物探索に最適化させていくことにより、新たな「ポストコッホ型」微生物を単離・解析することを通じて、広く微生物の理解を進めます。
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Outline of Annual Research Achievements |
前年度までに分与を受けたモデル圃場土壌からのパンドラウイルス単離に特化したスクリーニングでは、これまでのところの新規性を持つ微生物・ウイルスの単離には至っていない。
前年度までのスクリーニングにおいて単離した放線菌門アシディミクロビウム綱に属する新属以上の新規性を期待される細菌2株について、前年度までに1株のゲノム解析を完了しており、残る1株のゲノム解析について本年度完了した。ANI(Avereage Nucleotide idientity)解析で相互間のスコアは90.8%, 原核生物refseqゲノム中最も高いスコアを示す細菌との間は81.4%であり、このことは当該菌株が新属以上の新規性を有していること、2株は同属異種であることと矛盾しない。今後、新種の細菌として記載を目指し必要な解析を領域内共同研究として進めていきたい。
前年度までのスクリーニングにおいて単離したパンドラウイルスと予想される巨大ウイルス1株について、ゲノム解析を行った。ロングリード解析に十分な長鎖ゲノムDNAの単離法について検討を行う必要があったものの、ONT MinIONおよびIllumina MiSeqでロング・ショートリードを得て、ゲノムをアセンブルした。得られたゲノムは、これまでに完全ゲノムが報告されているパンドラウイルスのうち1種に対して、ANI 99.1%と高いスコアを示しており、同一種と考えられる。今後、新たなパンドラウイルスの単離に向けて、スクリーニングを展開していきたい。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
新種、新属と考えられるポストコッホ微生物の単離・解析について、研究はほぼ順調に進捗していると考える。
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Strategy for Future Research Activity |
これまでに単離した候補微生物の解析を進めるとともに、領域内共同研究として分与を受けた圃場土壌のスクリーニングを引き続き行う。新種のポストコッホ細菌については、文献記載を目指し必要な解析を領域内共同研究として行いたい
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Report
(1 results)
Research Products
(3 results)