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Artificial evolution of polymerases that applicable to nucleic medicines

Publicly Offered Research

Project AreaBottom-up creation of cell-free molecular systems: surpassing nature
Project/Area Number 22H05402
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (II)
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

市橋 伯一  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (20448096)

Project Period (FY) 2022-06-16 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywordsポリメレース / 人為進化 / 進化工学 / 核酸医薬 / 無細胞合成生物学 / 進化実験 / ポリメラーゼ / in vitro evolution / DNA polymerase / 人工細胞
Outline of Research at the Start

近年、ポリメレースを用いたmRNAワクチンや核酸医薬の合成が注目されている。本研究では、天然の細胞とは異なり代謝物をほとんど含まない“きれいな”人工細胞システム(再構成転写・翻訳系、DNA or RNA複製系、微小油中水滴を組み合わせたシステム)でポリメレースを人為進化させることにより、その活性を維持しながら基質特異性を下げる方法の確立を目指す。本研究により、従来の細胞を使った方法では得られない有用核酸の合成に資するポリメレースの人為進化が可能となる。

Outline of Annual Research Achievements

近年、ポリメレースを用いたmRNAワクチンや核酸医薬の合成が注目されている。ポリメレースを用いた合成では、化学合成よりも効率的に長鎖の核酸を合成できるが、その高い基質特異性が問題となる。mRNA医薬や核酸医薬は体内での分解を抑えるために人工的な修飾塩基を含むが、普通のポリメレースはこのような人工塩基をほとんど使うことができない。ポリメレースが高い基質特異性を持つ理由は、細胞内にある様々な代謝物のなかから正しい基質を使ってRNAやDNAを合成するために進化した結果だと考えられている。そこで本研究では、天然の細胞とは異なり代謝物をほとんど含まない“きれいな”人工細胞システム(再構成転写・翻訳系、DNA or RNA複製系、微小油中水滴を組み合わせたシステム)でポリメレースを人為進化させることにより、その活性を維持しながら基質特異性を下げる方法の確立を目指した。Phi29 DNAポリメレースとQbeta RNAポリメレースについてはこれに成功し、一部の非天然塩基の取り込み活性の向上した変異体を複数取得した。これらの変異体は、将来のポリメレースを使った医薬品開発に資すると期待される。また、当初の予測では、人工細胞システムで進化すれば非天然塩基の取り込み能は連続的に上昇すると考えていたが、実際には上がったり下がったりを繰り返すことが明らかとなった。今後は、どんな場合に上がり、どんな場合に下がるのかを明らかにすることが課題である。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 6 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Cell-free expression of RuBisCO for ATP production in the synthetic cells2023

    • Author(s)
      Sugii Shugo、Hagino Katsumi、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • Journal Title

      Synthetic Biology

      Volume: 8 Issue: 1

    • DOI

      10.1093/synbio/ysad016

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Emergence of linkage between cooperative RNA replicators encoding replication and metabolic enzymes through experimental evolution2023

    • Author(s)
      Ueda Kensuke、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 19 Issue: 8 Pages: e1010471-e1010471

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1010471

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • Author(s)
      Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 14 Issue: 28 Pages: 7656-7664

    • DOI

      10.1039/d3sc01940c

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Progresses in Cell-Free In Vitro Evolution2023

    • Author(s)
      Seo Kaito、Hagino Katsumi、Ichihashi Norikazu
    • Journal Title

      Cell-free Production. Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology

      Volume: 186 Pages: 121-140

    • DOI

      10.1007/10_2023_219

    • ISBN
      9783031430244, 9783031430251
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolutionary transition from a single RNA replicator to a multiple replicator network2022

    • Author(s)
      Mizuuchi, R., Furubayashi, T., Ichihashi, N
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 1460-1460

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29113-x

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transfer RNA Synthesis-Coupled Translation and DNA Replication in a Reconstituted Transcription/Translation System2022

    • Author(s)
      Miyachi Ryota、Shimizu Yoshihiro、Ichihashi Norikazu
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 11 Issue: 8 Pages: 2791-2799

    • DOI

      10.1021/acssynbio.2c00163

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Relaxed Substrate Specificity in Qβ Replicase through Long-Term In Vitro Evolution2021

    • Author(s)
      Yukawa, K., Mizuuchi, R., Ichihashi, N
    • Journal Title

      Life

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 32-32

    • DOI

      10.3390/life12010032

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Development of diversity and ecological complexity in the experimental evolution of an RNA-protein replicator2023

    • Author(s)
      N. Ichihashi
    • Organizer
      Molecular Origin of Life 2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] What we can learn from creating life-like things?2023

    • Author(s)
      N. Ichihashi
    • Organizer
      Japanese-Canadian Frontiers of Science Symposium
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Synthetic cell research in Asia (Japan): Evolution and regeneration of artificial cells.2023

    • Author(s)
      N. Ichihashi
    • Organizer
      Asian Synthetic Biology Association Workshop
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How does an RNA-protein replicator develop diversity and complexity through Darwinian evolution?2022

    • Author(s)
      Ichihashi N.
    • Organizer
      NASA PCE3 workshop
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How does an RNA-protein replicator develop diversity and complexity through Darwinian evolution?2022

    • Author(s)
      Ichihashi N.
    • Organizer
      ELSI minisymposium
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2022-06-20   Modified: 2024-12-25  

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