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特殊な硫黄間相互作用が要となる新奇チオ硫酸トランスポーターの解析

Publicly Offered Research

Project AreaLife Science Innovation Driven by Supersulfide Biology
Project/Area Number 22H05567
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

宮崎 亮次  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 (30827564)

Project Period (FY) 2022-06-16 – 2024-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Keywordsチオ硫酸トランスポーター / 硫黄転移酵素 / X線結晶構造解析 / in vivo光架橋解析 / 硫黄 / チオ硫酸イオン / YeeE / YeeD
Outline of Research at the Start

硫黄は生物にとって必須の元素の一つである。植物や細菌は環境中から無機硫黄を同化してシステイン等を合成することが可能であり、硫黄の地球環境循環において重要な役割を果たす。本研究では、我々の研究グループが構造と機能を明らかにした新奇チオ硫酸トランスポーターYeeEとそのパートナー因子である硫黄転移酵素に着目する。そして、構造解析や詳細な機能解析からそれら複合体の立体構造やそれらと基質との相互作用の詳細を解析し、YeeE等が持つ保存されたシステイン残基とチオ硫酸イオン間の硫黄特異的な相互作用に由来する独自のメカニズムを解明する。

Outline of Annual Research Achievements

硫黄は生物にとって必須元素の一つである。細菌等は環境中から無機硫黄を取り込み、システイン等の有機硫黄を合成することが可能である。申請者のグループは、膜タンパク質YeeEがチオ硫酸イオンの取り込みに関わることを示し、その構造・機能を明らかにした。加えて、YeeEと協働してチオ硫酸イオンの分解に関わると推測される細胞質の硫黄転移酵素YeeDともチオ硫酸イオンの取り込みに重要であると見出している。しかし、それらがどのように協働するかは分かっておらず、また、YeeE等が持つ機能に重要な保存されたシステイン残基の具体的な役割も依然として不明であった。
本研究では、YeeE、YeeDによる細菌のチオ硫酸イオンの取り込み機構を解明すべく研究を進めた。精製YeeEを用いた解析からYeeE単体でチオ硫酸イオンを取り込むことができることを示唆する結果を得た。また、精製YeeDを用いた解析から、YeeDが保存されたシステイン残基を用いてチオ硫酸イオンと直接反応して、それを分解することを示した。YeeEとYeeDの協働機構を解明するために、これらをリンカー配列で融合したタンパク質を構築し、その複合体構造をX線結晶構造解析で達成し、YeeE-YeeD複合体の立体構造を解明した。解かれた立体構造に基づいた変異解析から、細胞内でもこの構造を取りうることを示した。このYeeE-YeeD複合体構造では、YeeD活性部位システインはYeeEの出口に配置され、YeeEのチオ硫酸イオンの輸送に関わる3つのシステインと同様に等間隔で並んでいた。そのため、YeeDの活性部位のシステイン残基はチオ硫酸イオンの分解だけではなく輸送にも関わることが示唆された。
以上の結果などから、YeeEとYeeDが保存されたシステイン残基を利用して細胞質へとチオ硫酸イオンを輸送・分解する機構を明らかにすることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

細菌等は環境中から必須元素の一つである硫黄原として無機硫黄を外界から取り込み、システイン等の有機硫黄を合成することができる。申請者のグループは、膜タンパク質YeeEと細胞質タンパク質YeeEが協働してチオ硫酸イオンの取り込みと分解に重要であると見出している。しかし、それらがどのように協働するかは分かっておらず、また、YeeE等が持つ機能に重要な保存されたシステイン残基の具体的な役割も依然として不明であった。
当該年度は、YeeE、YeeDによる細菌のチオ硫酸イオンの取り込み機構を解明すべく研究を進めた。精製YeeE、YeeDを用いた解析からそれぞれがチオ硫酸イオンの取り込みと分解に働くことを見出した。YeeEとYeeDの協働機構を解明するために、これらをリンカー配列で融合したタンパク質を構築し、その複合体構造をX線結晶構造解析で達成し、YeeE-YeeD複合体の立体構造を決定した。このYeeE-YeeD複合体構造では、YeeD活性部位システインはYeeEの出口に配置され、YeeEのチオ硫酸イオンの輸送に関わる3つのシステインと同様に等間隔で並び、YeeDの活性部位のシステイン残基がチオ硫酸イオンの分解だけではなく輸送にも関わることが示唆された。
以上のように、YeeEとYeeDが保存されたシステイン残基を利用して細胞質へとチオ硫酸イオンを輸送・分解する機構についての大きな手がかりが得られ、研究が順調に進展したと考えられる。

Strategy for Future Research Activity

当該年度の研究では、精製YeeEとYeeDを用いたin vitro解析系を構築し、さらに、YeeE-YeeD複合体の立体構造を決定した。
今後はその実験系や決定した立体構造情報を活用し、YeeE-YeeD立体構造に基づいた変異解析などを行うことで、YeeEとYeeDによるチオ硫酸イオンの取り込みと分解過程の分子機構を原子レベルで解明することを目指す。

Report

(1 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (3 results)

All 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Analyzing protein intermediate interactions in living E.?coli cells using site-specific photo-crosslinking combined with chemical crosslinking2023

    • Author(s)
      Miyazaki Ryoji、Akiyama Yoshinori
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 4 Issue: 2 Pages: 102178-102178

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2023.102178

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Inner membrane YfgM-PpiD heterodimer acts as a functional unit that associates with the SecY/E/G translocon and promotes protein translocation2022

    • Author(s)
      Miyazaki Ryoji、Ai Mengting、Tanaka Natsuko、Suzuki Takehiro、Dhomae Naoshi、Tsukazaki Tomoya、Akiyama Yoshinori、Mori Hiroyuki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Issue: 11 Pages: 102572-102572

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102572

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural and functional analysis of a thiosulfate transporter complex2022

    • Author(s)
      Ikei Mai、Takeuchi Azusa、Naito Yusuke、Ichikawa Muneyoshi、Miyazaki Ryoji、Tsukazaki Tomoya
    • Organizer
      The 22nd Annual Scientific Meeting of the Nitric Oxide Society of Japan
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-06-20   Modified: 2024-12-25  

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