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Elucidation of the cellular functions of a novel non-domain chromatin protein, AHDC1

Publicly Offered Research

Project AreaBiology of Non-domain Biopolymer
Project/Area Number 22H05599
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

小布施 力史  大阪大学, 大学院理学研究科, 教授 (00273855)

Project Period (FY) 2022-06-16 – 2024-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywordsヘテロクロマチン / 核内構造体 / 液ー液相分離 / DNA損傷 / 細胞周期 / 液-液相分離
Outline of Research at the Start

ヘテロクロマチン因子として同定したAHDC1がヘテロクロマチンが形成する核内構造を変形するユニークな分子機能を見出した。AHDC1がもつヘテロクロマチン核内構造変形活性が、細胞内でどのような働きをしているのかについて、様々な角度から探索する。さらに、AHDC1と起源を同じくし、同じ長さ、同様に天然変性領域が全長にわたって分布している2つのタンパク質について、分子機能、細胞機能を指標とした互換性も交えて解析する。また、AHDC1に変異がある神経発達障害を持つXia-Gibbs症候群が報告されており、本研究により明らかとなる分子機能、細胞機能の延長線上でXia-Gibbs症候群の病因を議論する。

Outline of Annual Research Achievements

本課題では、これまで私たちが見出してきたAHDC1の分子機能を手掛かりに、AHDC1が細胞内でどのような働きをしているのかについて、様々な 角度から探索する。具体的には、AHDC1が影響を与える高次クロマチン構造に着目して、AHDC1の機能が亢進あるいは低下した時のクロマチン機能に関する表現型の探索を行う。
本年度は、ヒト大腸がん由来培養細胞HCT116細胞において、AHDC1の恒常的なノックアウト株を樹立した。細胞周期についてFACS解析を行ったところ、野生型株とAHDC1ノックアウト株との間には顕著な差はなかった。また、X線や薬剤によりDNA損傷を与えたときの細胞周期の進行をFACS法により、損傷部位の数や程度をRPA、gamma-H2AXによる間接蛍光抗体法により解析したが、野生型とAHDC1ノックアウト株との間には顕著な差はなかった。しかしながら、X線や薬剤によりDNA損傷を与えたときの生存率をコロニー系性能により評価したところ、AHDC1ノックアウト株はX線、ある種の薬剤に対して有為な感受性を示すことが明らかになった。これらのことから、AHDC1はヒト細胞において、ゲノム上の限られた領域の限られた種類のDNA損傷の修復に寄与していることが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

HCT116ヒト培養細胞でAHDC1ノックアウト細胞株を樹立し、細胞周期、DNA損傷応答に関する表現型の探索をさまざまな観点から検討し、DNA損傷修復において脆弱になっている可能性が示唆された。マウス細胞においても、AHDC1のDNA損傷修復への関与が示唆されており、今後、AHDC1のクロマチン上での機能とメカニズムを明らかにする着眼点が得られた。

Strategy for Future Research Activity

本年度の解析により、AHDC1はゲノム上の限られた領域の限られた種類のDNA損傷の修復に寄与していることが示唆された。AHDC1は、ヒト、マウスともにセントロメア領域に多く存在することから、セントロメア領域の繰り返し配列での損傷修復に関与することを作業仮設として解析を進める、

Report

(1 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 6 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Structural evidence for protein-protein interaction between the non-canonical methyl-CpG-binding domain of SETDB proteins and C11orf462024

    • Author(s)
      Mahana Yutaka、Ariyoshi Mariko、Nozawa Ryu-Suke、Shibata Sachiko、Nagao Koji、Obuse Chikashi、Shirakawa Masahiro
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 32 Issue: 3 Pages: 304-315.e5

    • DOI

      10.1016/j.str.2023.12.001

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional domains of nuclear long noncoding RNAs: Insights into gene regulation and intracellular architecture2023

    • Author(s)
      Obuse Chikashi、Hirose Tetsuro
    • Journal Title

      Current Opinion in Cell Biology

      Volume: 85 Pages: 102250-102250

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2023.102250

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome2023

    • Author(s)
      Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado & Ichiro Hiratani
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: Volume 30 Issue 8 Issue: 8 Pages: 1224-1237

    • DOI

      10.1038/s41594-023-01052-1

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dominant-negative variants in CBX1 cause a neurodevelopmental disorder2023

    • Author(s)
      Kuroda, Y.、Nagao, K、Isobe, S-Y.、Nishibuchi, G.、Obuse, C.、Roscioli, T.、Izumi, K.他
    • Journal Title

      Genetics in Medicine

      Volume: X Issue: 7 Pages: 100861-100861

    • DOI

      10.1016/j.gim.2023.100861

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Inner nuclear membrane proteins Lem2 and Bqt4 interact with different lipid synthesis enzymes in fission yeast2023

    • Author(s)
      Hirano Yasuhiro、Kinugasa Yasuha、Kubota Yoshino、Obuse Chikashi、Haraguchi Tokuko、Hiraoka Yasushi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: online Issue: 1 Pages: 33-46

    • DOI

      10.1093/jb/mvad017

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polycomb repressive complexes 1 and 2 are each essential for maintenance of X inactivation in extra-embryonic lineages2023

    • Author(s)
      Masui Osamu、Corbel Catherine、Nagao Koji、Endo Takaho A.、Kezuka Fuyuko、Diabangouaya Patricia、Nakayama Manabu、Kumon Mami、Koseki Yoko、Obuse Chikashi、Koseki Haruhiko、Heard Edith
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: 25 Issue: 1 Pages: 134-144

    • DOI

      10.1038/s41556-022-01047-y

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] RNaseH2A downregulation drives inflammatory gene expression via genomic DNA fragmentation in senescent and cancer cells2022

    • Author(s)
      Sugawara S, Okada R, Loo TM, Tanaka H, Miyata K, Chiba M, Kawasaki H, Katoh K, Kaji S, Maezawa Y, Yokote K, Nakayama M, Oshima M, Nagao K, Obuse C, Nagayama S, Takubo K, Nakanishi A, Kanemaki MT, Hara E, Takahashi A.
    • Journal Title

      Commun Biol

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 1420-1420

    • DOI

      10.1038/s42003-022-04369-7

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] SmcHD1 underlies the formation of H3K9me3 blocks on the inactive X chromosome in mice2022

    • Author(s)
      Ichihara Saya、Nagao Koji、Sakaguchi Takehisa、Obuse Chikashi、Sado Takashi
    • Journal Title

      Development

      Volume: 149 Issue: 15

    • DOI

      10.1242/dev.200864

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] RNA polymerase II リン酸化は、転写と共役したヌクレオソーム再構築を促進してエピジェネ ティックな遺伝子発現不均質性を抑制する2023

    • Author(s)
      梶谷卓也、加藤太陽、木村宏、 大川恭行、小布施力史、沖昌也、Damien Hermand、John Lis、村上洋太
    • Organizer
      第46回 IMBSJ 日本の子 子生物年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母の核膜孔複合体における Sec13 の機能2023

    • Author(s)
      淺川東彦、大槻千鶴 、長尾恒治、信藤知子、深川竜郎、 小布施力史、平岡 泰、原口徳子
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母における BioID 法の最適化と有効性評価2023

    • Author(s)
      山田紗矢、山本孝治、川上 慶、西野耕平、小迫英尊、 小布施力史、田中克典
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA polymerase II Ser7リン酸化は、転写と共役したヌクレオソーム弛緩・再構築を促進して転写一時停止を安定化する2022

    • Author(s)
      梶谷卓也, 加藤太陽, 沖昌也, 木村宏, 大川恭行, 小布施力史, Hermand Damien, Lis John, 村上洋太
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] エピゲノムとヘテロクロマチン構造構築に働きかけるHP1結合タンパク質2022

    • Author(s)
      小布施力史、磯部真也、佐渡敬、長尾恒治
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome2022

    • Author(s)
      Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado, Ichiro Hiratani
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ポリコーム複合体PRC1とPRC2はマウス胚体外組織におけるX染色体不活性化の維持に必須である2022

    • Author(s)
      増井修、Corbel Catherine、長尾恒治、遠藤高帆、毛塚芙由子、小布施力史、Heard Edith、古関明彦
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-06-20   Modified: 2024-12-25  

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