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蛋白質毒性凝集体の特性を決定する構造揺らぎ

Publicly Offered Research

Project AreaMolecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
Project/Area Number 23107721
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKobe University

Principal Investigator

浜田 大三  神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 特命助教 (60372132)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Fiscal Year 2012: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2011: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Keywordsアミロイド線維 / フォールディング / ミスフォールディング / NMR / キメラ変異体 / タンパク質 / アミロイド / ダイナミクス / 自己組織化 / ストップトフロー / 分子認識
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、様々な疾患に関連する蛋白質毒性凝集体の形成機構と機能を分子科学的に明らかにするために、潜在的に配列多様性を持つ抗体軽鎖可変領域(VL)の作る、様々な形状の毒性凝集体の形成反応に関わる構造状態間揺らぎ(転移)及び、構造状態内の揺らぎの役割を熱力学的に解明し、揺らぎがもたらす凝集形態の制御機構を理解することを目指した。

まず、VLの状態間揺らぎとアミロイド線維凝集能に関して、天然状態の熱力学的安定性、並びにフォールディング速度/中間状態の安定性の観点から調べた。アミロイド線維凝集を患者内で形成するBRE VLとアミロイド線維凝集を形成しないREI VL、及び、両者のキメラ変異体、部位特異的変異体を用いた解析により、βEストランド周辺の残基が、天然状態/中間状態の熱力学的安定性に、重要な役割を果たすことが示唆された。興味深いことに、天然状態の熱力学的安定性が低下することで、凝集速度が促進されることを定量的に示すことに成功した。

次に、VLの天然状態内での構造揺らぎに焦点を絞り、NMRによる揺らぎの観測を行った。通常、二量体をVLは形成するが、そのままでは、遅い化学交換のため、シグナル同定が実施できないため、この実験では、一残基変異を入れることにより得られた単量体型REI VLをベースとした解析を行った。単量体型REI VLにて、NMRシグナルの同定を実施することができたため、さらに重水素交換実験を通じた解析を行い、野生型REI VLでは、βEストランド周辺は、揺らぎの少ない領域に位置することが明らかになった。すなわち、同領域への変異導入が天然状態の構造揺らぎを増長させ、天然構造が不安定化することでアミロイド線維形成速度が速くなったことが示唆される。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2012 2011

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Binding of islet amyloid polypeptide to supported lipid bilayers and amyloid aggregation at the membranes2012

    • Author(s)
      Sasahara K, Morigaki K, Okazaki T, Hamada D.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 51 Issue: 35 Pages: 6908-6919

    • DOI

      10.1021/bi300542g

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Effect of Ca^<2+> on microtubule severing enzyme katanin p60 ; insight into the substrate dependent activation mechanism2012

    • Author(s)
      N.Iwaya, et al
    • Journal Title

      FEBS J.

      Volume: 279 Issue: 7 Pages: 1339-1352

    • DOI

      10.1111/j.1742-4658.2012.08528.x

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Conformational fluctuations affect the amyloidogenic propensity of immunoglobulin light chain variable domain: from thermodynamic stabilities of chimeric mutants2012

    • Author(s)
      Yuta Kobayashi, Hirotaka Tsutsumi, Daizo Hamada
    • Organizer
      新学術領域「揺らぎと生体機能」第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都テルサ
    • Year and Date
      2012-12-05
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Conformational fluctuations affect the amyloidogenic propensity of immunoglobulin light chain variable domain: from kinetic folding/unfolding stabilities of chimeric mutants2012

    • Author(s)
      Hirotaka Tsutsumi, Yuta Kobayashi, Daizo Hamada
    • Organizer
      新学術領域「揺らぎと生体機能」第6回公開シンポジウム
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      京都テルサ
    • Year and Date
      2012-12-05
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    • Author(s)
      Yuta Kobayashi, Yuki Tashiro, Kyohei Ikeda, Tetsuyuki Abe, Daizo Hamada
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2012-09-22
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      小林祐大、堤浩祟、浜田大三
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      新学術領域「揺らぎと生体機能」「水和とATP」  合同公開シンポジウム 「ゆらぎと水-生命のエネルギーと機能の分子機構を探る」
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス
    • Year and Date
      2012-09-14
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      2012 Annual Research Report
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      小林祐大、田代裕己、池田京平、阿部哲之、浜田大三
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      第12回日本蛋白質科学会年会
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      名古屋国際会議場
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      2012-06-20
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      岩谷奈央子、合田名都子、天野剛志、 藤原芳江、浜田大三、伊倉貞吉、 白川昌宏、廣明秀一
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      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2012-06-20
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      奥村 正樹 、橋本翔子、縄田万理奈、 油谷克英、引間孝明、浜田大三、 日高雄二、伊藤廉、志波公平、今岡進、 山口宏
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2012-06-20
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      金村進吾、奥村正樹、油谷 克英、 浜田大三、引間孝明、伊藤廉、 前川拓摩、熊坂崇、新延道夫、 山口宏、日高雄二
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      2012-06-20
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Regulation of structural properties of higher order aggregtes by conformational fluctuations within a protein molecule2012

    • Author(s)
      浜田大三
    • Organizer
      蛋白研セミナー「蛋白質と過飽和」
    • Place of Presentation
      大阪大学蛋白質研究所
    • Year and Date
      2012-06-18
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      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Conformational properties of intrinsically less-ordered EspB effector from Engerohaemorrhagic Escherichia coli2012

    • Author(s)
      Daizo Hamada, Yoshihisa Hagiahra, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka
    • Organizer
      The 5th International Symposium on "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      Todaiji Culture Center
    • Year and Date
      2012-01-08
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Relationships between conformational fluctuations and aggregation propensities of immunoglobulin light chain variable domains revealed from the analysis of single point or chimeric mutations2012

    • Author(s)
      Yuta Kobayashi, Yuki Tashiro, Tetuyuki Abe, Kyohei Ikeda, Daizo Hamada
    • Organizer
      The 5th International Symposium on "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      Todaiji Culture Center
    • Year and Date
      2012-01-07
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 高次蛋白質複合体形成における分子内構造揺らぎの役割2011

    • Author(s)
      濱田大三
    • Organizer
      難治性疾患・統合創薬プロジェクト第8回セミナー
    • Place of Presentation
      立命館大学草津キャンパス(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-28
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子内ダイナミクスがもたらす、高次分子間相互作用の制御2011

    • Author(s)
      濱田大三
    • Organizer
      日本物理学会2011年秋季大会
    • Place of Presentation
      富山大学五福キャンパス
    • Year and Date
      2011-09-22
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞間接着装置の制御に関わるLNX1の構造・機能解析2011

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      秋吉由佳里、合田名都子、成田宏隆、鈴木守、天野剛志、濱田大三、藤原芳江、中川敦史、古瀬幹夫、廣明秀一
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク
    • Year and Date
      2011-06-09
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Aβ凝集による脂質膜の流動性及び表面形態の変化2011

    • Author(s)
      笹原健二、森垣憲一、濱田大三
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク
    • Year and Date
      2011-06-09
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 単量体型免疫グロブリン軽鎖可変ドメインのデザイン2011

    • Author(s)
      濱田大三
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク
    • Year and Date
      2011-06-07
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      2011 Annual Research Report
  • [Book] Current microscopy contribution to advances in science and technology2012

    • Author(s)
      Cao, Y., Hamada, D., Kong, Y., Cao, P., Guo, J. and Chen, J.
    • Publisher
      Probing dynamic fibril-formation by an integrated microscopic approach
    • Related Report
      2012 Annual Research Report

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Published: 2011-04-06   Modified: 2018-03-28  

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