ポリケチド合成経路の情報解析
Publicly Offered Research
Project Area | Biosynthetic machinery: Deciphering and regulating the system for bioactive metabolite diversification |
Project/Area Number |
23108508
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Science and Engineering
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
有田 正規 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10356389)
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Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2013-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2012)
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Budget Amount *help |
¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Fiscal Year 2012: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2011: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
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Keywords | ポリケチド合成酵素 / データベース |
Research Abstract |
アスペルギルス属でゲノム配列が明らかになった8種にコードされるポリケチド合成酵素 (PKS) 遺伝子約250個を収集し、その基本となるドメイン構造 KS, AT, ACP, KR, DH, ER, および CYC を予測した。その結果を、他の菌類及びバクテリアに含まれる繰り返し型PKSおよそ150個とあわせ、分子系統解析をおこなった。 結果は http://metabolomics.jp/wiki/Category:PK にまとめてあり、ページ上部のリンクをたどることで個々の遺伝子のドメイン構成、それを記述した文献情報がわかるデータベースを構築した。現時点で登録される範囲でUniRefデータベースの情報も記載した。文献は総計で89論文の中身を精査し、記述してあるPKSと生産物の情報を記載した。(http://metabolomics.jp/wiki/Category:PK/References) 多くの PKS は最終産物に従ってグループを形成する。しかし例えば A. ochraceus が持つオクラトキシン合成酵素のように異なる遺伝子グループ内にまたがるものもある。25年度繰り越し分において、これがオクラトキシンの合成経路が複数あることに対応するのか、配列解析の不備によるのかを検証した。またPKS遺伝子の近傍にあるクラスターを解析するためAntiSmashサーバーを用いて A. nidulans をテンプレートとしたクラスター解析をおこなった。Aspergillus 属だけでなくCurvularia 属など他の菌類の遺伝子解析もおこなった。
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Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(3 results)