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非天然型生合成マシナリーのデザインと機能化

Publicly Offered Research

Project AreaBiosynthetic machinery: Deciphering and regulating the system for bioactive metabolite diversification
Project/Area Number 23108509
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

工藤 史貴  東京工業大学, 理工学研究科, 准教授 (00361783)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥6,760,000 (Direct Cost: ¥5,200,000、Indirect Cost: ¥1,560,000)
Fiscal Year 2012: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2011: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Keywordsマクロラクタム抗生物質 / ポリケチド生合成 / スターターユニット / インセドニン / クレミマイシン / ビセニスタチン / アミノグリコシド抗生物質 / ネオマイシン / カナマイシン / 生合成マシナリー / データベース
Outline of Annual Research Achievements

マクロラクタム抗生物質の天然型生合成マシナリーデータベースを拡充するため、ヒタチマイシン生産菌とSch 38518生産菌のドラフトゲノム解読を行なった。その結果、昨年度までに明らかにしたビセニスタチン、インセドニン、クレミマイシン生合成遺伝子クラスターとの共通的遺伝子と非天然型マシナリーのデザインに有用な経路特異的生合成遺伝子を見いだすことができた。また、特異生合成酵素の機能解析を進め、インセドニン生合成に特異的な新規β-グルタミン酸 β-脱炭酸酵素を解明することができた。また、ビセニスタチンのポリケチド合成酵素のチオエステラーゼドメインの基質特異性を検討し、天然物と同サイズの基質の大環状化を触媒することが明らかとなった。さらに、様々なβ-アミノ酸を化学合成し、クレミマイシン生産菌に投与した結果、期待に反し、非天然型のマクロラクタムはごく少量しか生産されなかった。この結果は、ゲートキーパーであるATP依存型リガーゼだけではなく、共通的に働くと考えている生合成酵素も高い特異性を有することを示唆する結果である。現在持ち合わせている知見だけでは、自由自在に非天然型生合成マシナリーを機能化するのは困難であり、さらなる酵素化学的な情報も集積化して検討する必要があることが分かった。
アミノグリコシド抗生物質生合成マシナリーに関しては、本抗生物質群の構造多様化に大きく関わると考えられるラジカルSAM酵素を中心に機能解析を進めた。その結果、ネオマイシンB生合成におけるラジカルSAM異性化酵素の詳細な反応機構が明らかとなった。また、トブラマイシン生合成におけるデオキシ化機構も特徴あるラジカルSAM酵素により触媒されることが分かった。従って、これら特異修飾酵素遺伝子を組み合わせた非天然型生合成マシナリーにより、新規アミノグリコシド抗生物質を創製できる可能性がある。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (12 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] A Unique Pathway for the 3-Aminobutyrate Starter Unit from L-Glutamate through β-Glutamate during Biosynthesis of the 24-Membered Macrolactam Antibiotic, Incednine2012

    • Author(s)
      Makoto Takaishi, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi
    • Journal Title

      Org. Lett.

      Volume: 14 Issue: 17 Pages: 4591-4593

    • DOI

      10.1021/ol302052c

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Potent Oligomerization and Macrocyclization Activity of the Thioesterase Domain of Vicenistatin Polyketide Synthase2012

    • Author(s)
      Fumitaka Kudo, Yusaku Asou, Moe Watanabe, Takashi Kitayama, Tadashi Eguchi
    • Journal Title

      Synlett

      Volume: 23 Issue: 12 Pages: 1843-1846

    • DOI

      10.1055/s-0031-1290385

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Last Step of Kanamycin Biosynthesis : A Unique Deamination Reaction Catalyzed by a α-Ketoglutarate-dependent Nonheme Iron Dioxygenase KanJ and an NADPH-dependent Reductase KanK2012

    • Author(s)
      H.Sucipto, F.Kudo, T.Eguchi
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed.

      Volume: 51 Issue: 14 Pages: 3428-3431

    • DOI

      10.1002/ange.201108122

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Natural Protecting Group Strategy To Carry an Amino Acid Starter Unit in the Biosynthesis of Macrolactam Polyketide Antibiotics2011

    • Author(s)
      Y.Shinohara, F.Kudo, T.Eguchi
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc.

      Volume: Vol.133, No.45 Issue: 45 Pages: 18134-18137

    • DOI

      10.1021/ja208927r

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biosynthetic Pathway of Macrolactam Polyketide Antibiotic Cremimycin2011

    • Author(s)
      Keita Amagai, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi
    • Journal Title

      Tetrahedron

      Volume: 67 Issue: 44 Pages: 8559-8563

    • DOI

      10.1016/j.tet.2011.08.073

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] マクロライド系抗生物質FD-891生合成におけるメチル基転移酵素GfsGの機能解析2013

    • Author(s)
      山西洋斗、小松原彰子、茂木篤志、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県)
    • Year and Date
      2013-03-22
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] マクロラクタム抗生物質ビセニスタチンにおけるスターター生合成2012

    • Author(s)
      篠原雄治、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      第2回CSJ化学フェスタ2012
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-10-14
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] マクロラクタム抗生物質クレミマイシンの生合成研究2012

    • Author(s)
      天貝啓太、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      第2回CSJ化学フェスタ2012
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-10-14
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ネオマイシン生合成におけるラジカルSAM異性化酵素の機能解析2012

    • Author(s)
      星正太、川島大輝、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      第2回CSJ化学フェスタ2012
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-10-14
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] A unique amino acid carrying strategy in the biosynthesis of macrolactam polyketide antibiotics2012

    • Author(s)
      Fumitakak Kudo, Yuji Shinohara, Tadashi Eguchi
    • Organizer
      Directing Biosynthesis III
    • Place of Presentation
      University of Nottingham (英国)
    • Year and Date
      2012-09-19
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] マクロラクタム配糖体インセドニンの生合成におけるアミノ酸スターター部位構築機構2012

    • Author(s)
      高石真、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      第54回天然有機化合物討論会
    • Place of Presentation
      東京農業大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-09-18
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Unique Enzymes in Aminoglycoside Antibiotic Biosynthesis2012

    • Author(s)
      Fumitaka Kudo
    • Organizer
      ICNPB 2012, 8th U.S.-Japan Seminar on the Biosynthesis of Natural Products
    • Place of Presentation
      淡路夢舞台(兵庫県)
    • Year and Date
      2012-06-17
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] マクロラクタム配糖体抗生物質クレミマイシン生合成遺伝子のクローニング2012

    • Author(s)
      天貝啓太、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      第92回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      慶應大学(横浜)
    • Year and Date
      2012-03-28
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 24員環マクロラクタム抗生物質インセドニンの特異なアミノ酸のスターター生合成機構2012

    • Author(s)
      高石真、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      第92回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      慶應大学(横浜)
    • Year and Date
      2012-03-28
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] マクロラクタムポリケチド抗生物質ビセニスタチンの生合成におけるアミノ酸スターター部位の構築機構2011

    • Author(s)
      篠原雄治、小笠原泰志、工藤史貴、江口正
    • Organizer
      第53回天然有機化合物討論会(2011)
    • Place of Presentation
      大阪国際交流センター
    • Year and Date
      2011-09-28
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of glycosyltrasferases in the biosynthesis of kanamycin and gentamicin2011

    • Author(s)
      F.Kudo, H.Sucipto, K.Ota, T.Eguchi
    • Organizer
      日本放線菌学会2011
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2011-09-08
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Biosynthesis of macrolactam antibiotic vicenistatin2011

    • Author(s)
      F.Kudo, Y.Shinohara, T.Kitayama, Y.Asou, M.Watanabe, T.Eguchi
    • Organizer
      International Union of Microbiological Societies 2011 Congress (IUMS2011 Sapporo)
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-07
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Remarks] Eguchi Kudo Research Group

    • URL

      http://www.cms.titech.ac.jp/~eguchi/

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.cms.titech.ac.jp/~eguchi/

    • Related Report
      2011 Annual Research Report

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Published: 2011-04-06   Modified: 2018-03-28  

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