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生合成マシナリーへのアーキア酵素組み込みによる非天然イソプレノイド化合物の創出

Publicly Offered Research

Project AreaBiosynthetic machinery: Deciphering and regulating the system for bioactive metabolite diversification
Project/Area Number 23108531
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

邊見 久  名古屋大学, 生命農学研究科, 准教授 (60302189)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2012: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Keywordsイソプレノイド / アーキア / 膜脂質 / 生合成マシナリー / メバロン酸経路 / 生体分子 / 酵素反応 / 脂質
Outline of Annual Research Achievements

前年度に構築した、大腸菌中でアーキア膜脂質前駆体を生産する生合成マシナリーにさらに2つのメタン生成アーキア由来遺伝子を導入し、通常のアーキア菌体で見られる膜脂質を合成するバクテリア細胞の構築に初めて成功した。導入した遺伝子はゲラニルゲラニル基還元酵素のホモログと、フェレドキシン様タンパク質をコードしており、このフェレドキシン様タンパク質はこれまで見出されていなかった、ゲラニルゲラニル基還元酵素に対する電子供与体だと考えられる。アーキア膜脂質を合成する大腸菌には成長速度の遅延といった表現系は観察されず、アーキアとバクテリアの異なる構造の膜脂質が安定に細胞膜を構築することが示唆された。
さらに、上記のアーキア膜脂質前駆体を与える生合成マシナリーに機能未知なメタン生成アーキア由来遺伝子を導入することにより、膜脂質に対する修飾反応を触媒する新奇酵素の単離に成功した。その一つは二重結合への水和を触媒するものであり、おそらくメタン生成アーキアに見られるヒドロキシアーキオールの生合成に関わるものと推測される。もう一つはゲラニルゲラニル基の部分的な還元反応を触媒するものであるが、既知のゲラニルゲラニル還元酵素とは相同性が無く、その生理的役割に興味が持たれる。
また、イソプレノイド生合成の初期過程であるメバロン酸経路についても研究を進め、好熱性アーキアにおける古典的な同経路の存在を証明した。また、好熱性アーキア由来のタイプ2イソペンテニル二リン酸イソメラーゼにおいて、基質の添加により多量体構造の変化が起き、活性を制御している可能性があることを見出した。これらの成果を生合成マシナリーへと還元することで、アーキア膜脂質を始めとするイソプレノイド化合物の収量改善が期待される。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (24 results)

All 2013 2012 2011

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (17 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Biochemical evidence supporting the presence of the classical mevalonate pathway in the thermoacidophilic archaeon Sulfolobus solfataricus.2013

    • Author(s)
      Nishimura, H. et al.
    • Journal Title

      Journal of Biochemistry

      Volume: in press Issue: 5 Pages: 415-420

    • DOI

      10.1093/jb/mvt006

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Archaeal phospholipid biosynthetic pathway reconstructed in Escherichia coli.2012

    • Author(s)
      Yokoi, T. et al.
    • Journal Title

      Archaea

      Volume: 2012 Pages: 1-9

    • DOI

      10.1155/2012/438931

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Substrate-induced change in the quaternary structure of type 2 isopentenyl diphosphate isomerase from Sulfolobus shibatae2012

    • Author(s)
      Nakatani, H.
    • Journal Title

      J.Bacteriol.

      Volume: 194(in press) Issue: 12 Pages: 3216-3224

    • DOI

      10.1128/jb.00068-12

    • Related Report
      2012 Annual Research Report 2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and mutation analysis of archaeal geranylgeranyl reductase2011

    • Author(s)
      Sasaki, D.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol.

      Volume: 409 Issue: 4 Pages: 543-557

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.04.002

    • Related Report
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  • [Journal Article] Connected cavity structure enables prenyl elongation across the dimer interface in mutated geranylfarnesyl diphosphate synthase from Methanosarcina mazei2011

    • Author(s)
      Ogawa, T.
    • Journal Title

      Biochem.Biophys.Res.Commun.

      Volume: 409 Issue: 2 Pages: 333-337

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2011.05.018

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  • [Journal Article] Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors2011

    • Author(s)
      Nagai, T.
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.

      Volume: 108 Pages: 20461-20466

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    • Author(s)
      邊見 久
    • Organizer
      2013年度日本農芸化学会大会
    • Place of Presentation
      東北大学(仙台市)
    • Year and Date
      2013-03-24
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      磯部圭祐
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(博多市)
    • Year and Date
      2012-12-14
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  • [Presentation] 生合成マシナリーへのアーキア酵素組み込みによる非天然イソプレノイド化合物の創出2012

    • Author(s)
      邊見 久
    • Organizer
      新学術領域「生合成マシナリー」第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-12-07
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    • Author(s)
      中谷仁美
    • Organizer
      第22回ドリコールおよびイソプレノイド研究会例会
    • Place of Presentation
      新潟大学(新潟市)
    • Year and Date
      2012-09-29
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Substrate-induced change in the quaternary structure of type 2 isopentenyl diphosphate isomerase from Sulfolobus shibatae2012

    • Author(s)
      邊見 久
    • Organizer
      新学術領域「生合成マシナリー」第4回若手シンポジウム
    • Place of Presentation
      静岡県立大学(静岡市)
    • Year and Date
      2012-08-25
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  • [Presentation] mechanism-based inhibitorを用いたタイプ2イソペンテニル二リン酸イソメラーゼの反応機構解析2012

    • Author(s)
      邊見 久
    • Organizer
      2012年度酵素・補酵素研究会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(名古屋市)
    • Year and Date
      2012-07-27
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  • [Presentation] Sulfolobus solfataricusにおけるメバロン酸経路の酵素学的研究2012

    • Author(s)
      生明靖裕
    • Organizer
      日本Archaea研究会第25回講演会
    • Place of Presentation
      関西学院大学(西宮市)
    • Year and Date
      2012-07-20
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Archaeal phospholipid biosynthesis pathway reconstructed in E. coli2012

    • Author(s)
      Hisashi Hemmi
    • Organizer
      The International Conference of Natural Product Biosynthesis
    • Place of Presentation
      Awaji, Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2012-06-17
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Chain length determination mechanism of geranylfarnesyl diphosphate synthase from methanogenic archaeon Methanosarcina mazei2012

    • Author(s)
      Takuya Ogawa
    • Organizer
      The International Conference of Natural Product Biosynthesis
    • Place of Presentation
      Awaji, Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2012-06-17
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 生合成マシナリーへのアーキア酵素組み込みによる非天然イソプレノイド化合物の創出2012

    • Author(s)
      中谷仁美
    • Organizer
      2012年度日本農芸化学会大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学(京都市)
    • Year and Date
      2012-03-24
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  • [Presentation] 大腸菌での代謝経路再構築によるアーキア型膜脂質の生産2012

    • Author(s)
      磯部圭祐
    • Organizer
      2012年度日本農芸化学会大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学(京都市)
    • Year and Date
      2012-03-23
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Sulfolobus属アーキアにおける古典的メバロン酸経路の酵素学的研究2011

    • Author(s)
      西村泰斗
    • Organizer
      第21回ドリコールおよびイソプレノイド研究会例会
    • Place of Presentation
      島根大学(松江市)
    • Year and Date
      2011-11-04
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] アーキア膜脂質生合成に関わるゲラニルゲラニルレダクターゼの構造機能相関2011

    • Author(s)
      邊見久
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-23
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  • [Presentation] アーキア膜脂質の大腸菌における生産2011

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      磯部圭祐
    • Organizer
      日本Archaea研究会第24回講演会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学先端生命科学研究所(鶴岡市)
    • Year and Date
      2011-09-02
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  • [Presentation] Structure-function relationship in archaeal geranylgeranyl reductase2011

    • Author(s)
      Hisashi Hemmi
    • Organizer
      Gordon Research Conference on Archaea : Ecology, Metabolism & Molecular Biology
    • Place of Presentation
      Waterville Valley Resort, New Hampshire (USA)
    • Year and Date
      2011-08-04
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Non-redox catalysis by reduced flavin mononucleotide in type 2 isopentenyl diphosphate isomerase2011

    • Author(s)
      Hisashi Hemmi
    • Organizer
      17^<th> International Symposium on Flavins and Flavoproteins
    • Place of Presentation
      University of California, Berkeley (USA)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-07-25
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  • [Presentation] 不可逆阻害剤となる基質アナログを用いたタイプ2イソペンテニル二リン酸イソメラーゼの反応機構解析2011

    • Author(s)
      邊見久
    • Organizer
      日本ビタミン学会第63回大会
    • Place of Presentation
      安田女子大学(広島市)
    • Year and Date
      2011-06-04
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      2011 Annual Research Report
  • [Book] Handbook of Flavoproteins: Volume 1ーOxidases, Dehydrogenases and Related Systems2012

    • Author(s)
      Hisashi Hemmi et al.
    • Total Pages
      358
    • Publisher
      de Gruyter
    • Related Report
      2012 Annual Research Report

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Published: 2013-05-31   Modified: 2018-03-28  

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