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画像解析を用いた染色体間ドメイン構築ネットワークの解析

Publicly Offered Research

Project AreaThe physicochemical field for genetic activities
Project/Area Number 23114719
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKumamoto University

Principal Investigator

斉藤 典子  熊本大学, 発生医学研究所, 准教授 (40398235)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥10,660,000 (Direct Cost: ¥8,200,000、Indirect Cost: ¥2,460,000)
Fiscal Year 2012: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2011: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Keywords細胞核内構造体 / エピジェネティクス / 核スペックル / RanBP2 / 核-細胞質間輸送 / SRタンパク質 / 選択的スプライシング / 組織幹細胞
Outline of Annual Research Achievements

細胞核内は遺伝子の転写、複製、RNAのプロセッシングなど生命活動に重要な事象が複雑な制御を受けながら起こるため、高度に組織化され、染色体間領域には様々な核内構造体が存在する。本研究では、核内構造体のひとつである核スペックルの構築過程をモデルとして、核構造形成の意義を解明することを目的として、下記のように研究をすすめた。
1. 核内構造形成ネットワーク機構の解明
核-細胞質間輸送因子群を減弱した細胞では、pre-mRNAスプライシング因子を豊富に含む核内構造体、核スペックルの構築が不全となり、選択的スプライシングが特異的に変化する。核内構造形成ネットワークを調べるために、免疫染色を行った。その結果、この細胞では、核小体や核膜には変化がないものの、PMLボディー、カハールボディーの形成に影響があることを確認した。さらに、染色体ペインティング、ChIP法などの条件検討を行い、染色体構築への影響を調べる環境を整えた。
2. 核構造形態変化の定量・計測およびイメージインフォーマティクスの確立
siRNAライブラリーと組み合わせたセルベースドアッセイスクリーニングを行い、細胞核内構造体形成に関わる因子群のさらなる検索・同定を行った。多数の細胞画像を用いた細胞形態のハイスループット解析と、機械学習法を用いた形態変化の定量解析を行った。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (17 results) (of which Invited: 6 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Quantitative assessment of higher-order chromatin structure of the INK4/ARF locus in human senescent cells2012

    • Author(s)
      Hirosue, A
    • Journal Title

      Aging Cell

      Volume: 11 Pages: 553-556

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The distribution of phosphorylated SR proteins and alternative splicing are regulated by RANBP22012

    • Author(s)
      Saitoh, N
    • Journal Title

      Mol. Biol. Cell

      Volume: 23 Pages: 1115-1128

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  • [Journal Article] 細胞核内構造の計測・分類2012

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Journal Title

      細胞工学

      Volume: 31 Pages: 870-876

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  • [Journal Article] The distribution of phosphorylated SR proteins and alternative splicing are regulated by RANBP22012

    • Author(s)
      Saitoh, N
    • Journal Title

      Mol.Biol.Cell

      Volume: 23 Issue: 6 Pages: 1115-1128

    • DOI

      10.1091/mbc.e11-09-0783

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 細胞形態の定量化および分類による細胞状態の評価2013

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      生命科学プロジェクトゼミナール・特別シンポジウム
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市、熊本大学
    • Year and Date
      2013-01-16
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  • [Presentation] Nuclear transport is involved in postmitotic formation of nuclear sepckles and alternative splicing regulation2012

    • Author(s)
      Saitoh, N
    • Organizer
      30th chromosome work shop, 11th nuclear dynamics Meeting
    • Place of Presentation
      Awaji-yumwbutai, Hyogo
    • Year and Date
      2012-12-20
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  • [Presentation] 選択的RNAスプライシングに関わる染色体間ドメイン構築のメカニズム2012

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会・
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市 福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-16
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    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会 ワークショップ 核内構造ネットワーク:分子構築と高次生命機能への寄与
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市、福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-12
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      2012 Annual Research Report
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  • [Presentation] 形態画像の定量解析による細胞リプログラミングの評価2012

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      バイオイメージインフォーマティクスワークショップ2012
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市 理化学研究所発生・再生科学総合研究センター
    • Year and Date
      2012-11-02
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  • [Presentation] lncRNA を含む染色体間ドメイン構築のメカニズム2012

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      斉藤典子
    • Organizer
      RNA フロンティアミーティング2012
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      熊本県熊本市、熊本ホテルキャッスル
    • Year and Date
      2012-09-21
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  • [Presentation] 細胞核の画像定量解析による細胞状態の評価2012

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      斉藤典子
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      日本放射線影響学会第55回大会 ワークショップ「新しい生物学的線量評価指標の開発を目指して」
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 東北大学
    • Year and Date
      2012-09-06
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  • [Presentation] siRNAライブラリーを用いた細胞核内構造体形成に関わる因子の探索2012

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      サーモサイエンティフィック ライフサイエンスセミナー「第4回 RNAi研究の最前線」
    • Place of Presentation
      東京都品川 東京コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2012-07-20
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  • [Presentation] 核スペックル形成によって制御される選択的スプライシングの解析2012

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      NGS現場の会 第二回研究会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市、ホテル阪急エキスポパーク
    • Year and Date
      2012-05-24
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  • [Presentation] 細胞形態の定量解析による細胞状態の評価2012

    • Author(s)
      斉藤典子
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      定量生物学の会第4回年会
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      愛知県名古屋市
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  • [Presentation] Nucleocytoplasmic transport is involved in nuclear architecture regulation2011

    • Author(s)
      Noriko Saitoh
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      第34回日本分子生物学会年会ワークショップ
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      神奈川県横浜市(招待講演)
    • Year and Date
      2011-12-15
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Regulation of alternative RNA splicing via nuclear speckles2011

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      22^<nd> Forum in DOJIN (フォーラム・イン・ドージン)RNAの識別と管理
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      2011-11-04
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Regulation of alternative RNA splicing through nuclear architecture2011

    • Author(s)
      Noriko Saitoh
    • Organizer
      EMBO Conference Series Nuclear structure and dynamics
    • Place of Presentation
      L'isle sur la Sorgue, France
    • Year and Date
      2011-10-01
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Formation of nuclear speckle is regulated by Ran-RanBP22011

    • Author(s)
      Noriko Saitoh
    • Organizer
      第63回日本細胞生物学会大会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市
    • Year and Date
      2011-06-27
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  • [Presentation] 細胞核内構造体に関わるSUMO化とリン酸化修飾2011

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      斉藤典子
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市(招待講演)
    • Year and Date
      2011-06-08
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  • [Presentation] 核スペックルの形成と選択的スプライシングはRan-RanBP2システムにより制御される2011

    • Author(s)
      斉藤典子
    • Organizer
      第5回エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      2011-05-20
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Nuclear substructure that is involved in RNA regulation2011

    • Author(s)
      Noriko Saitoh
    • Organizer
      Asian Epigenomics Meeting
    • Place of Presentation
      KKR Hotel Kumamoto, Kumamoto, Japan(招待講演)
    • Year and Date
      2011-05-17
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      2011 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.imeg.kumamoto-u.ac.jp/

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      2011 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 誘導多能性幹細胞の識別方法2011

    • Inventor(s)
      中尾光善
    • Industrial Property Rights Holder
      オリンパス株式会社、国立大学法人熊本大学
    • Industrial Property Number
      2011-091405
    • Filing Date
      2011-04-15
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URL: 

Published: 2011-04-06   Modified: 2018-03-28  

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