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好熱菌由来ATP駆動型分子モーターの運動測定

Publicly Offered Research

Project AreaWater plays a key role in ATP hydrolysis and ATP-driven functions of proteins
Project/Area Number 23118710
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

西山 雅祥  京都大学, 白眉センター, 准教授 (10346075)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2012: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2011: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Keywords分子モーター / ATP / 1分子計測 / 高圧力顕微鏡 / 水和 / 高圧力 / 高圧顕微鏡 / ナノメートル計測
Outline of Annual Research Achievements

ATP合成酵素F1-ATPaseは、ATPを加水分解しながら回転運動を行う代表的な分子モーターである。本研究課題では、研究代表者がこれまでより開発した高圧力顕微鏡を用いて(Nishiyama and Sowa, Biophys J. (2012))、高圧力にあるF1-ATPaseの回転運動がどのように変化するのか調べてきた。平成24年度は、回転運動の変位トレースの詳細な解析を行った。高圧力下にある野生型のF1-ATPaseの回転トレースは、ATP濃度に依存せず120#186; を単位とするステップ状の変位から構成されており、80#186;と40#186;のサブステップは検出されなかった。また、120#186;ステップの立ち上がり速度には圧力依存性がみられなかったので、高圧力下であってもF1-ATPaseの構造やトルク発生にいたるポテンシャル形状にはほぼ影響がなかったことを意味する。その後の解析により、40#186;サブステップから80#186;サブステップまでのATP binding dwellに圧力依存性があることが判明し、ATPの結合反応、および、それに続く(1つ以上の)反応過程が高圧力の影響をうけることが明らかになった。これらの活性化体積は、それぞれ+100#197;3と+88#197;3であり、水分子3個分程度の体積変化に相当すする。今後、圧力の影響を顕著に受けている中間状態の構造が解明されれば、高圧力条件下で水を含んだMD計算を実施することで、F1-ATPaseの水和状態がどのようにして回転運動を生み出しているのか、その詳細なメカニズムが明らかになると期待される。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2013 2012 2011

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Journal Article] High hydrostatic pressure induces CCW to CW reversals of the Escherichia coli flagellar motor2013

    • Author(s)
      M.Nishiyama, Y.Sowa, Y.Kimura, M. Homma, A. Ishijima, M. Terazima
    • Journal Title

      J.Bacterio.

      Volume: 195 Issue: 8 Pages: 1809-1814

    • DOI

      10.1128/jb.02139-12

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bacterial Motility Measured by a Miniature Chamber for High-Pressure Microscopy2012

    • Author(s)
      Masayoshi NISHIYAMA
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 13 Issue: 7 Pages: 9225-9239

    • DOI

      10.3390/ijms13079225

    • NAID

      120005627663

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microscopic Analysis of Bacterial Motility at High Pressure2012

    • Author(s)
      Nishiyama M., Sowa Y.
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 102 Issue: 8 Pages: 1872-1880

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2012.03.033

    • NAID

      120004057183

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 染色体を牽引する「分子エンジン」2012

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Journal Title

      化学

      Volume: 67 Pages: 66-67

    • NAID

      120005399094

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Microscopic Analysis of the Motility of Single Bio#8211;nanomachines at High#8211;pressure.2013

    • Author(s)
      Masayoshi Nishiyama
    • Organizer
      Symposium on Hydration and ATP Energy 2013
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2013-03-06
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamic conformational changes of flagellar filament observed by high-pressure microscopy.2013

    • Author(s)
      Masayoshi Nishiyama
    • Organizer
      Biophysical Society 57th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Philadelphia, USA
    • Year and Date
      2013-02-02
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 極限環境下にある超好熱始原菌の運動観察2013

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Organizer
      2013年生体運動研究合同班会議
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2013-01-12
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ATP駆動型分子モーターの運動変調イメージング2012

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Organizer
      特殊環境微生物セミナー
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2012-11-22
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Microscopic Analysis of Bacterial Motility at High Pressure.2012

    • Author(s)
      Masayoshi NISHIYAMA
    • Organizer
      9th International Conference on Flow Dynamics
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2012-09-19
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] バクテリア遊泳運動の力学変調イメージング2012

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Organizer
      法政大学 マイクロ・ナノテクノロジー研究センター 第4回ナノテクセミナー
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-08-07
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 生物分子モーターの1分子計測と熱ラチェット型運動機構2012

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Organizer
      力学的決定性と統計性の中間領域を探るIV
    • Place of Presentation
      関西セミナーハウス(京都)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-28
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 好熱菌由来ATP駆動型分子モーターの運動測定2012

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(宮城県)
    • Year and Date
      2012-03-08
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Pressure Sensitive Reaction of F1-ATPase2012

    • Author(s)
      Okuno D., Nishiyam M., Noji H.
    • Organizer
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • Place of Presentation
      San Diego, USA
    • Year and Date
      2012-02-27
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 高圧力下での生体分子機械の運動機能変調イメージング2012

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング部門講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学(招待講演)
    • Year and Date
      2012-01-08
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Pressure-induced reverse rotation in bacterial flagellar motors2011

    • Author(s)
      Nishiyama M.
    • Organizer
      6th International Meeting on Biomolecules under Pressure
    • Place of Presentation
      Otsu City former Public Hall(招待講演)
    • Year and Date
      2011-12-16
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 高圧力顕微鏡の開発と生物分子モーターの運動変調イメージング2011

    • Author(s)
      西山雅祥
    • Organizer
      第7回光科学若手研究会
    • Place of Presentation
      大阪大学(招待講演)
    • Year and Date
      2011-10-22
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] High-pressure microscopy reveals the mechanism how applied pressures affect on the bacterial motility2011

    • Author(s)
      Nishiyama M.
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-17
    • Related Report
      2011 Annual Research Report

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Published: 2011-04-06   Modified: 2018-03-28  

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