Ｈ／Ｄ交換質量分析法によるタンパク質間相互作用・構造変化部位の決定
Publicly Offered Research
| Project Area | Structural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses |
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| Project/Area Number |
23121521
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
内山 進 大阪大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (90335381)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2013-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2012)
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| Budget Amount *help |
¥8,060,000 (Direct Cost: ¥6,200,000、Indirect Cost: ¥1,860,000)
Fiscal Year 2012: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2011: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
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| Keywords | 染色体 / 質量分析 / 水素重水素交換 / クロマチン / 複合体 / 相互作用部位 / 重水素交換 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、
[1]コンデンシンヒンジドメイン(CAP-C/E-h複合体)のヘテロダイマー相互作用部位をダイマーの各領域におけるアミドプロトンの重水素との交換率の時間依存性測定により決定した。CAP-Eホモダイマーと共通の相互作用部位に加えて、ヘテロダイマーに特有の相互作用が示唆された。
[2]ITCによるコンデンシンヒンジドメイン(CAP-C/E-h複合体)とDNAとの相互作用解析を行った。その結果、一本鎖DNAとの結合が強いこと、イオン強度が高くなると親和性が大きく低下すること、を見出した。また、低イオン強度条件における一本鎖DNAとの親和性が30nMであることが分かった。
[3] ヒンジへテロダイマーとDNAとの相互作用部位の特定を行った。具体的には、[2]で決定した親和性を参考として測定濃度を設定し、DNA結合時におけるヘテロダイマーの各ペプチド領域におけるアミドプロトンの重水素との交換率の時間依存性を測定し、DNAとの結合に伴って交換率が低下する部位を特定した。特定した領域には中性条件で正電荷を持つアミノ酸残基が含まれていた。また、ヘテロダイマー形成時には溶媒への露出率が低い領域のペプチドも交換率が低下しており、このことから相互作用に伴う構造変化も示唆された。
以上、本年度の研究によりコンデンシンヒンジのDNAとの相互作用部位を構造レベルで決定することに成功した。
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| Research Progress Status |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(4 results)
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[Journal Article] Archaeal ribosomal stalk protein interacts with translation factors in a nucleotide-independent manner via its conserved C terminus, Proc.Natl2012
Author(s)
Nomura N, Honda T, Baba K, Naganuma T, Tanzawa T, Arisaka F, Noda M, Uchiyama S, Tanaka I, Yao M, Uchiumi T
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Journal Title
Acad. Sci. USA
Volume: 109
Issue: 10
Pages: 3748-3753
DOI
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Peer Reviewed
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