染色体テリトリーの核内配置分子基盤の解明
Publicly Offered Research
| Project Area | Systematic study of chromosome adaptation |
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| Project/Area Number |
23125505
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | The Graduate University for Advanced Studies |
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Principal Investigator |
田辺 秀之 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 准教授 (50261178)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2013-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2012)
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| Budget Amount *help |
¥10,660,000 (Direct Cost: ¥8,200,000、Indirect Cost: ¥2,460,000)
Fiscal Year 2012: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2011: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
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| Keywords | 染色体テリトリー / 核内配置 / 3D-FISH法 / ゲノム空間配置 / ゲノム構築 / エピゲノム / 腫瘍細胞 / 放射状ゲノム配置 / 遺伝子ポジショニング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
細胞核における核内染色体は高度に区画化された「染色体テリトリー（CT）」を持ち、一般に、物理サイズが小さく、遺伝子密度が高いCTは核の中心付近に配置され、物理サイズが大きく、遺伝子密度が低いCTは核膜周辺部に配置される傾向があり、そのトポロジーはヒトから霊長類、ニワトリに至るまで進化的に高度に保存されている。本研究では、CTの放射状核内配置（核の中心から外側に向けての核内配置）の特性に着目し、すでに開発済みであるPeriphery DNA Probe（Pプローブ）とInterior DNA Probe（Iプローブ）を用いて、3D-FISH法によりゲノム空間配置のゆらぎの度合いを調べ、ゲノム構築原理の特性を明らかにすることを目指している。ヒト神経膠芽腫細胞株（T98G、YKG-1、A-172、LN-229、U-87MG）にて放射状核内配置が撹乱されている傾向があり、その詳細を調べるために各細胞株を培養し、中期染色体標本および細胞核3次元構造保持3D-スライド標本を作製し、PプローブとIプローブおよび18番、19番染色体CTプローブを用いた3D-FISH法を行い、共焦点レーザースキャン顕微鏡による画像取得を完了した。ゲノム配置の特性を調べた結果、LN-229では、18番CTはP領域とI領域の両方に分布し、19番CTはI領域に比較的多く分布していた。これに対しU-87MGでは、18番CT、19番CTともにP領域とI領域の両方に分布し、19番CTはP領域に比較的多く分布していた。P、I両領域プローブは両細胞株ともそれぞれのP領域とI領域に分布していた。「ゆらぎ度」の高い順に整理すると、T98G、YKG-1、U-87MG、A-172、LN-229であった。また、核内配置制御に関連する候補因子を選定し、Talen遺伝子ノックアウト実験を組み合わせた解析を進めた。
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| Research Progress Status |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(14 results)
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[Journal Article] The actin family member Arp6 and the histone variant H2A.Z are required for spatial positioning of chromatin in chicken cell nuclei.2012
Author(s)
Maruyama E., Hori T., Tanabe H., Kitamura H., Matsuda R., Tone S., Pavel H., Habermann FA., Hase JV, Cremer C., Fukagawa T, and Harata(equal first authors)
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Journal Title
Journal of Cell Science
Volume: 125
Pages: 3739-3743
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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