エクソーム解析による新規パーキンソン病原因遺伝子の単離
Publicly Offered Research
| Project Area | Personal genome-based initiatives toward understanding bran diseases |
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| Project/Area Number |
23129506
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Juntendo University |
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Principal Investigator |
舩山 学 順天堂大学, 医学部, 准教授 (70468578)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2013-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2012)
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| Budget Amount *help |
¥11,700,000 (Direct Cost: ¥9,000,000、Indirect Cost: ¥2,700,000)
Fiscal Year 2012: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2011: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
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| Keywords | 遺伝子 / ゲノム / 変異 / 次世代 / パーキンソン病 / 遺伝 / エクソーム / 連鎖 / 全ゲノム / exome / 多型 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
新規の家族性パーキンソン病原因遺伝子を単離するため、常染色体優性遺伝性パーキンソン病家系 (以下家系1) について解析を実施した。ゲノムワイドSNPsチップをもちいた連鎖解析を行った結果、候補領域を18カ所, 合計198Mbの範囲に絞り込むことに成功した。次に次世代シークエンサーをもちいた高速シークエンスを行った。発症者3名について全エクソン解析 (エクソーム解析)、1名について全ゲノム解析を実施した結果、4検体から合計約370万の遺伝子多型を検出した。この遺伝子多型から以下の方法で候補遺伝子多型を絞り込んだ。 (1) 先に述べた候補領域に存在している: 約19万5千→ (2) dbSNPに登録のない新規遺伝子多型: 約3万8千→ (3) エクソンまたはスプライス部位に存在している: 973→ (4) 解析した4名において共通または優性遺伝性に矛盾がない: 299→ (5)アミノ酸置換またはスプライス異常が予想される: 10、以上により最終的に10種類の遺伝子多型が候補として残った。この候補について家系1の発症者および健常兄弟のゲノムDNAをもちいてサンガー法で検証した結果、9種は変異が確認されず、否定された。唯一残った遺伝子多型はスレオニン (T) がイソロイシイン (I) に置換するミスセンス変異であり、エクソームおよび全ゲノム解析共にヘテロ接合体変異として検出されていた。この変異は家系1において疾患との共分離が確認され、非血縁健常者524名から検出されなかった。さらに優性遺伝性パーキンソン病家系約400家系について候補遺伝子全エクソンのシークエンス解析行った結果、家系1とは別のミスセンス変異 (R→Q) を検出した (家系2)。このミスセンス変異についても非血縁健常者519名から検出されなかった。以上の結果より、新規家族性パーキンソン病原因遺伝子の単離に成功した。
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| Research Progress Status |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(19 results)
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[Journal Article] ATP13A2 deficiency induces a decrease in cathepsin D activity, fingerprint-like inclusion body formation, and selective degeneration of dopaminergic neurons.2013
Author(s)
Matsui H, Sato F, Sato S, Koike M, Taruno Y, Saiki S, Funayama M, Ito H, Taniguchi Y, Uemura N, Toyoda A, Sakaki Y, Takeda S, Uchiyama Y, Hattori N, Takahashi R.
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Journal Title
FEBS Lett
Volume: 587(9)
Issue: 9
Pages: 1316-1325
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Analysis of C9orf72 repeat expansion in 563 Japanese patients with amyotrophic lateral sclerosis2012
Author(s)
Ogaki K, Li Y, Atsuta N, Tomiyama H, Funayama M, Watanabe H, Nakamura R, Yoshino H, Yato S, Tamura A, Naito Y, Taniguchi A, Fujita K, Izumi Y, Kaji R, Hattori N, Sobue G
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Journal Title
Analysis of C9orf72 repeat expansion in 563 Japanese patients with amyotrophic lateral sclerosis
Volume: 33
Issue: 10
Pages: 2527.e11-2527.e16
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] DJ-1 associates with synaptic membranes2011
Author(s)
Yukiko Usami, Taku Hatano, Satoshi Imai, Shin-ichiro Kubo, Shigeto Sato, Shinji Saiki, Yoichiro Fujioka, Yusuke Ohba, Fumiaki Sato, Manabu Funayama. Hiroto Eguchi, Kaori Shiba, Hiroyoshi Ariga, Jie Shen, Nobutaka Hattori
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Journal Title
Neurobiology of Disease
Volume: 43
Issue: 3
Pages: 651-662
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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