Modality of chromatin viscoelasticity and loop formation based on Hi-C data

Publicly Offered Research

Project Area	Genome modality: understanding physical properties of the genome
Project/Area Number	23H04297
Research Category	Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
Allocation Type	Single-year Grants
Review Section	Transformative Research Areas, Section (III)
Research Institution	Institute of Physical and Chemical Research
Principal Investigator	新海創也国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 上級研究員 (60547058)
Project Period (FY)	2023-04-01 – 2025-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help	¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000) Fiscal Year 2024: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000) Fiscal Year 2023: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Keywords	Hi-C / クロマチン / 高分子モデリング / 粘弾性 / SMC複合体 / 高分子粘弾性
Outline of Research at the Start	本研究では、細胞核内におけるゲノムDNAの物理的性質の理解のため、数百キロbpサイズのループドメインの構造と動態と結びついた粘弾的性質を特徴づけて、ループ形成に関連する分子の粘弾性状態への役割の物理的側面を明らかにする。特に、SMC複合体に関連したループ領域の高解像度Hi-Cデータを利用し、申請者が独自に開発してきたPHi-C解析手法によって、ループ構造に関係したクロマチンの粘弾性状態を明らかにし、そのような粘弾性に整合するループ形成メカニズムを理論的に解明する。