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トポロジカルデータ解析の機械学習ポテンシャルへの応用

Publicly Offered Research

Project AreaEstablishing data descriptive science and its cross-disciplinary applications
Project/Area Number 23H04470
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (II)
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

南谷 英美  大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (00457003)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywordsトポロジカルデータ解析 / 機械学習 / パーシステントホモロジー / 機械学習ポテンシャル / アモルファス
Outline of Research at the Start

複雑な構造における精度と計算コストのトレードオフを解決し、ナノスケール描像に基づいた物性理解を可能にするシミュレーション技術として、機械学習ポテンシャルに注目する。機械学習ポテンシャルをより高性能化するために、本研究では結合長や角度に基づく記述では抽出できない特徴をトポロジカルデータ解析、特にパーシステントホモロジーを応用して抽出することを行う。局所構造の変形に伴うパーシステント図の変化とエネルギーの変化の相関解明を行い、原子・分子のダイナミクスのシミュレーションに応用することを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

トポロジカルデータ解析を物性予測に結びつける試みを進め、パーシステントホモロジーから得られた情報を機械学習モデルの入力にすることで、アモルファス物質のポテンシャルエネルギーを予測する手法を開発した。特に、パーシステントホモロジー群の計算過程で得られる、サイクルの生成時刻と消滅時刻を2次元散布図の形で表現したパーシステンス図の活用に注力した。構造の情報から機械学習モデルによってポテンシャルエネルギーを予測する機械学習ポテンシャルでは、予測結果について、座標系の回転・並進や同種原子の入れ替えといった対称操作に対して不変性が要求される。アモルファス物質の構造から得られるパーシステンス図は、これらの対称操作に対して不変であるという特徴を持つため、機械学習ポテンシャルの入力に適していると考えられる。
これを実証するために、アモルファスカーボンについて、第一原理計算を用いて様々な構造とエネルギーのデータセットを作成し、パーシステンス図を畳み込みニューラルネットワークの入力とすることを試した。その結果、従来の機械学習ポテンシャルと同程度の精度でエネルギーの予測が可能であることが確認できた。
さらに、パーシステンス図が抽出している構造特徴の特徴量空間における分布が、グラフニューラルネットワークで抽出されているものと類似していることが判明した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

機械学習ポテンシャルへの応用可能性を実証することができたため、概ね順調に進展している

Strategy for Future Research Activity

今回の研究では1種類の元素のみが含まれる材料を対象としていた。実際の材料では複数の元素が含まれる場合が多い。複数の元素が含まれる場合にも、同様にして機械学習ポテンシャルの入力にパーシステンス図が使えるか、また、従来型の機械学習ポテンシャルの補助入力としてパーシステンス図が用いられるかを探る。

Report

(1 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2023

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Persistent homology-based descriptor for machine-learning potential of amorphous structures2023

    • Author(s)
      Minamitani Emi、Obayashi Ippei、Shimizu Koji、Watanabe Satoshi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 159 Issue: 8 Pages: 084101-084101

    • DOI

      10.1063/5.0159349

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] アモルファス材料の熱伝導率とトポロジカルデータ解析2023

    • Author(s)
      南谷英美、志賀拓磨、柏木 誠、大林一平
    • Journal Title

      固体物理

      Volume: 688 Pages: 17-28

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] パーシステントホモロジーを応用した構造 - 物性相関の解明2023

    • Author(s)
      南谷英美
    • Organizer
      反応駆動化学 公開シンポジウム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Application of Persistent Homology for Structure-properties Relationship in Amorphous Solids2023

    • Author(s)
      Emi Minamitani
    • Organizer
      MANA International symposium 2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] アモルファス物性予測に対するパーシステントホモロジーの応用2023

    • Author(s)
      南谷英美
    • Organizer
      Materials Meet Data
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] トポロジカルデータ解析による構造 - 物性相関の解明2023

    • Author(s)
      南谷英美
    • Organizer
      第6回 MIRCフォーラム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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