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Elucidation of glycosylation strategies by searching and comparing biosynthetic enzymes of structurally similar glycolipids MPIase, BPF, and ECA

Publicly Offered Research

Project AreaSystems biosynthetics based on accumulation, prediction, and creation of biological reactions
Project/Area Number 23H04536
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (II)
Research InstitutionIwate University

Principal Investigator

西山 賢一  岩手大学, 農学部, 教授 (80291334)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥10,790,000 (Direct Cost: ¥8,300,000、Indirect Cost: ¥2,490,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Keywords糖脂質 / 生合成 / ECA / MPIase / BPF / タンパク質膜挿入
Outline of Research at the Start

グラム陰性細菌外膜の主要糖脂質ECAや、内膜でタンパク質膜挿入に関与する糖脂質
MPIase、内膜保護に関わる糖脂質BPFは、細胞内における局在や機能が全く異なるものの、糖鎖構造は酷似している。さらに、ECAとMPIase・BPFでは、糖鎖生合成の基質・酵素を含めて生合成経路が全く異なる。本研究では、申請者らが発見・同定した糖脂質MPIase・BPFの生合成酵素を同定し、ECA生合成酵素と比較して各糖脂質の糖付加戦略を明らかにすることを目的とする。

Outline of Annual Research Achievements

グラム陰性細菌外膜の主要糖脂質ECAや、内膜でタンパク質膜挿入に関与する糖脂質 MPIase、内膜保護に関わる糖脂質BPFは、細胞内における局在や機能が全く異なるが、糖鎖構造はほぼ同一である。さらに、ECAとMPIase ・BPFでは、糖鎖生合成の基質・酵素を含めて生合成経路が全く異なる。ECAの生合成遺伝子はほとんどが同定されているが、それらの欠損株ではECAは発現しなくなるのに対してMPIaseの発現には全く影響がない。そのため、ECAとMPIaseの生合成遺伝子はお互い独立しており重複がない。本年度はMPIaseの生合成遺伝子の同定を中心に研究を進めた。
MPIaseはアセチル化された3種のアミノ糖からなる糖ユニットが10回程度繰り返した糖鎖をもつ。mini-MPIaseは3糖ユニットを一個だけ有するMPIaseの部分化学合成標品である。MPIaseの構造を考慮すると、mini-MPIaseは3糖ユニットの供与体であり受容体でもあると考えられる。大腸菌の可溶化膜とmini-MPIaseを混合して再構成したプロテオリポソームを37℃で保温すると3糖ユニットの重合する様子が観察された。この3糖重合酵素を同定するため、可溶化膜を陰イオン交換カラムに供すると、重合活性をもつ画分が得られた。この酵素を同定するため、さらなるカラムクロマトグラフィーを行っている。
ASKAライブラリーは大腸菌の4000あまりの遺伝子をそれぞれクローン化したものであり、それぞれの遺伝子を過剰発現することができる。ASKAクローンを検索したところ、manC遺伝子を過剰発現するとMPIaseが増加することが判明した。したがって、MPIase のManNAcAはGDPで活性化した糖ヌクレオチドが使用されることが強く示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

MPIaseの生合成遺伝子を探索した結果、複数の方法で候補遺伝子・酵素がリストアップできたため。

Strategy for Future Research Activity

早い段階でMPIase生合成酵素を特定し、ECAとMPIaseの生合成様式の差異について詳細に明らかにする。

Report

(1 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (17 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] CdsA, a CDP‐diacylglycerol synthase involved in phospholipid and glycolipid MPIase biosynthesis, possesses multiple initiation codons2024

    • Author(s)
      Hikage Runa、Sekiya Yusei、Sawasato Katsuhiro、Nishiyama Ken‐ichi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 29 Issue: 4 Pages: 347-355

    • DOI

      10.1111/gtc.13104

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural Requirements of a Glycolipid MPIase for Membrane Protein Integration2023

    • Author(s)
      Kohki Fujikawa, Youjung Han, Tsukiho Osawa, Shoko Mori, Kaoru Nomura, Maki Muramoto, Ken-ichi Nishiyama, Keiko Shimamoto
    • Journal Title

      Chemistry A European Journal

      Volume: - Issue: 30

    • DOI

      10.1002/chem.202300437

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Coordinated upregulation of two CDP-diacylglycerol synthases, YnbB and CdsA, is essential for cell growth and membrane protein export in the cold2023

    • Author(s)
      Kamemoto Yuki、Hikage Runa、Han Youjung、Sekiya Yusei、Sawasato Katsuhiro、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      FEMS Microbiology Letters

      Volume: 370

    • DOI

      10.1093/femsle/fnad131

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 低温かつ CdsA の制限された条件における YnbB の重要性2024

    • Author(s)
      日景瑠那、西山賢一
    • Organizer
      第4回細胞形成研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に関わる糖脂質酵素MPIaseの構造と機能に関する研究2024

    • Author(s)
      Han Youjung、西山賢一
    • Organizer
      第4回細胞形成研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌内膜、外膜由来の生体膜保護物質の同定と構造・機能解析2024

    • Author(s)
      古谷萩、西山賢一
    • Organizer
      第4回細胞形成研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 生体膜保護物質(BPF)の同定・構造機能解析~BBMV由来のマウスBPF精製スキームの検討~2024

    • Author(s)
      渡会未夢、古谷萩、Wiriyasermukul Pattama、永森收志、西山賢一
    • Organizer
      第4回細胞形成研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] TATタンパク質膜透過機構の解析2024

    • Author(s)
      西川華子、西山賢一
    • Organizer
      第4回細胞形成研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] YidCと相互作用する機能未知因子YibNのin vitro 解析2024

    • Author(s)
      山本波知、西川華子、Katherine Zhao、Franck Duong、西山賢一
    • Organizer
      第4回細胞形成研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌生体膜由来の膜保護物質の同定および構造機能解析2024

    • Author(s)
      古谷 萩、沢里克宏、森祥子、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第9回デザイン生命工学研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 再構成系を用いたTAT 膜透過機構の解析2024

    • Author(s)
      西川 華子、山本 波知、菅野 琴華、沢里 克宏、山田 美和、西山 賢一
    • Organizer
      第18 回 無細胞生命科学研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌EmrE タンパク質の膜挿入機構の解析2024

    • Author(s)
      山本 波知、小川 裕太、西川 華子、松浦 友亮、西山 賢一
    • Organizer
      第18 回 無細胞生命科学研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] リン脂質および糖脂質MPIase 生合成に関わるCDP-ジアシルグリセロール生合成酵素をコードするcdsA遺伝子の翻訳開始領域の解析2024

    • Author(s)
      日景瑠那 、関谷優晟 、沢里克宏 、西山賢一
    • Organizer
      日本農芸化学会 2024年度大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] CDP-ジアシルグリセロール生合成酵素CdsAの翻訳開始領域の解析2023

    • Author(s)
      日景瑠那、西山賢一
    • Organizer
      第19回 21世紀大腸菌研究会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌のタンパク質膜挿入に関わる糖脂質MPIaseの生合成酵素の探索2023

    • Author(s)
      澁谷まゆ、Han Youjung、田近優太、大澤月穂、藤川絋樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      予知生合成科学 第2回公開シンポジウム
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 構造類似糖脂質MPIase、BPF、ECAの生合成酵素の探索・比較による糖付加戦略の解明2023

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      予知生合成科学 第2回公開シンポジウム
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 社会実装を目指した汎用的セル・フリー膜タンパク質合成システムの開発2023

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      超越分子システム 第二回領域会議
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 膜タンパク質の複合体形成と機能発現におけるMPIaseの役割2023

    • Author(s)
      山本波知、西川華子、Pattama Wiryasermkul、永森収志、西山賢一
    • Organizer
      超越分子システム 第二回領域会議
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] TAT (Twin-Arginine Translocation )膜透過機構の解析2023

    • Author(s)
      西川華子、山本波知、菅野琴華、沢里克宏、山田美和、西山賢一
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質膜挿挿入に関与するMPIase生合成酵素の探索2023

    • Author(s)
      Han Youjung、藤川 紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Remarks] 岩手大学農学部・応用生物化学科・分子生物学研究室

    • URL

      http://news7a1.atm.iwate-u.ac.jp/~sec/

    • Related Report
      2023 Annual Research Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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