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フォトニックDNAプロセッサを用いた核酸機能の活性化制御

Publicly Offered Research

Project AreaMolecular Science for Nanomedicine
Project/Area Number 24107515
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

小倉 裕介  大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (20346191)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥6,890,000 (Direct Cost: ¥5,300,000、Indirect Cost: ¥1,590,000)
Fiscal Year 2013: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2012: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
KeywordsDNAコンピュータ / 生体生命情報学 / 応用光学・量子光工学 / 核酸 / ナノバイオ
Research Abstract

疾病の究明やオーダーメイド医療、創薬など多くの場面で細胞を分子レベルで認識、解析、制御することが必要とされている。本研究では、細胞内の分子情報と外部からのマクロ情報に基づき細胞内の環境を効率的に制御することをめざし、フォトニックDNAプロセッサの開発とDNA活性制御への応用を行なう。本年度は、主にフォトニックDNAプロセッサの光経路スイッチ、駆動用光パターン生成、DNA活性制御技術に関して成果が得られた。
アクティベータ分子を用いた蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)の光制御系を2つ組み合わせ、制御光の波長によるFRETエネルギー伝達の経路選択技術を構築した。2つの系を順次アクティベートして各アクセプタからの蛍光強度を測定したところ、活性化した側の出力蛍光強度が高くなった。これは光の波長に依存してFRET分岐経路が選択されたことを示しており、本技術によりフォトニックDNAプロセッサにおいて外部信号にしたがった演算切り換えが実現できる。
ナノプロセッサの駆動制御のため、回折限界よりも小さな光スポットを多数生成する手法を開発した。さまざまなスポットアレイの生成を実験で確認した。この技術の適用により、空間並列かつ領域限定的にナノプロセッサを駆動することができる。
ナノプロセッサの出力は、レポーター分子の励起エネルギーとして得られる。このエネルギーを熱に変換することにより、近傍のDNAを変性・放出する手法を構築した。放出対象のDNAとBlack Hole Quencher(BHQ)を修飾した相補鎖DNAで二本鎖を作製し、光照射によりBHQを励起したところ、反応速度が向上することを確認した。これは、ナノプロセッサの出力としてのDNA放出、すなわちDNAの活性化制御が可能であることを示している。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 5 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] A nanoscale set-reset flip-flop in fluorescence resonance energy transfer-based circuits2013

    • Author(s)
      T. Nishimura, Y. Ogura, and J. Tanida
    • Journal Title

      Applied Physics Express

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 15201-15201

    • DOI

      10.7567/apex.6.015201

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] リポソーム内DNA論理演算の実証2013

    • Author(s)
      風山祐輝,小倉裕介,谷田純
    • Organizer
      第60回応用物理学会春期学術講演会
    • Place of Presentation
      神奈川工科大学(神奈川)
    • Year and Date
      2013-03-29
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 光活性型蛍光分子を用いた光入力型フリップフロップ2013

    • Author(s)
      西村隆宏,小倉裕介,山田憲嗣,山本裕紹,谷田純
    • Organizer
      第60回応用物理学会春季学術講演会
    • Place of Presentation
      神奈川工科大学(神奈川)
    • Year and Date
      2013-03-29
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 光プログラム可能なDNA論理演算法2013

    • Author(s)
      小倉裕介,浅川洋平,西村隆宏,谷田 純
    • Organizer
      レーザ学会学術講演会第33回年次大会
    • Place of Presentation
      姫路商工会議所(兵庫県)
    • Year and Date
      2013-01-30
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Photonic Nanoscale Logic Using Fluorescence Resonance Energy Transfer on a DNA Scaffold2012

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Hirotsugu Yamamoto, Kenji Yamada, Jun Tanida
    • Organizer
      The Second Japan-Korea Workshop on Digital Holography and Information Photonics (DHIP) 2012
    • Place of Presentation
      The University of Tokushima
    • Year and Date
      2012-11-19
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] DNA scaffold logic: logic operation on molecular inputs using FRET cascades2012

    • Author(s)
      西村隆宏,小倉裕介,山田憲嗣,山本裕紹,谷田純
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2012-09-22
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 位相拘束を導入した反復フーリエ変換法によるサブμmパターン生成回折光学素子の設計2012

    • Author(s)
      小倉裕介
    • Organizer
      第73回応用物理学会学術講演会
    • Place of Presentation
      愛媛大学(愛媛県)
    • Year and Date
      2012-09-12
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Functional molecular sensing using photonic DNA nano-processor2012

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Hirotsugu Yamamoto, Kenji Yamada, Jun Tanida
    • Organizer
      1st International Workshop on Information Physics and Computing in Nano-scale Photonics and Materials (IPCN)
    • Place of Presentation
      University of Orleans, France
    • Year and Date
      2012-09-07
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] DNA logic circuit using fluorescence resonance energy transfer for signal cascade2012

    • Author(s)
      Takahiro Nishimura, Yusuke Ogura, Kenji Yamada, Hirotsugu Yamamoto, and Jun Tanida
    • Organizer
      18th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • Place of Presentation
      Aarhus University, Denmark
    • Year and Date
      2012-08-14
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Optical Manipulation of Liquid-based Microreactors in Optofluidic DNA Computation

    • Author(s)
      Takahiro Nishimura, Yuki Kazayama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • Organizer
      Optical trapping applications 2013
    • Place of Presentation
      Waikoloa Marriott Beach Resort and Spa, Hawaii, USA
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Optical Control of Fluorescence Resonance Energy Transfer Paths in Photonic DNA Nano-processor

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Ryo Fujii, Takahiro Nishimura, Jun Tanida
    • Organizer
      2nd International Symposium on Nanomedicine Molecular Science (NMMS2013)
    • Place of Presentation
      Univ. Tokyo, Tokyo, Japan
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Optofluidic DNA computation using holographic optical tweezers

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Yuki Kazayama, Jun Tanida
    • Organizer
      International Workshop on Holography and related technologies (IWH2013)
    • Place of Presentation
      Kitami Institute of Technology, Hokkaido, Japan
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Optically programmable molecular information processing

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Ryo Fujii, Takahiro Nishimura, Yuki Kazayama, Jun Tanida
    • Organizer
      The 3rd Japan-Korea Workshop on Digital Holography and Information Photonics (DHIP2013)
    • Place of Presentation
      ETRI, Daejeon, Korea
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] DNAスキャッホルド論理における相互情報量の評価

    • Author(s)
      小倉裕介,谷田 純
    • Organizer
      第74回応用物理学会秋季学術講演会
    • Place of Presentation
      同志社大学
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 波長選択性を有する蛍光共鳴エネルギー移動の光制御

    • Author(s)
      藤井 亮,西村 隆宏,小倉 裕介,谷田 純
    • Organizer
      Optics & Photonics Japan 2013
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Book] Nanophotonic Information Physics (Chapter 4, Photonic DNA nano-processor: a photonics-based approach to molecular processing mediated by DNA)2014

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Hirotsugu Yamamoto, Kenji Yamada, Jun Tanida
    • Total Pages
      250
    • Publisher
      Springer
    • Related Report
      2013 Annual Research Report

URL: 

Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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