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モノアレル遺伝子発現を指標としたマウス亜種間ハイブリッドのシステム的理解

Publicly Offered Research

Project AreaCorrelative gene system: establishing next-generation genetics
Project/Area Number 24113522
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

沼田 興治  独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 開発研究員 (10462714)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥17,810,000 (Direct Cost: ¥13,700,000、Indirect Cost: ¥4,110,000)
Fiscal Year 2013: ¥7,150,000 (Direct Cost: ¥5,500,000、Indirect Cost: ¥1,650,000)
Fiscal Year 2012: ¥10,660,000 (Direct Cost: ¥8,200,000、Indirect Cost: ¥2,460,000)
Keywords亜種間雑種マウス / トランスクリプトーム解析 / トランスクリプトーム
Research Abstract

本研究の目標は,亜種間雑種マウス(B6系統とMSM系統)をもちいてトランスクリプトーム解析をおこない,抽出・同定したアリル特異的な遺伝子発現を指標とすることによって,亜種間雑種における雑種崩壊などの表現型解析につなげることである.この目標を達成するためには,得られたトランスクリプトームデータの解析基盤が必要となる.そこでNCBIやEBIなどのデータベースで既に公開されている亜種間F1雑種マウス(B6系統とCAST/EiJ系統の雑種)のRNA-seqデータ(脳,および肝臓)をもちいて解析パイプラインの構築をおこなった.その結果,既に論文報告されているような既知のゲノム刷り込み遺伝子以外に,B6系統特異的,あるいはCAST/EiJ系統特異的な遺伝子発現を観察した.これらの系統間差異は,その半数以上が親系統における発現差異を反映するタイプであったが(シス型),親系統における発現差異のない雑種特異的な発現差異も観察された(非シス型).
また新規のデータとしてB6系統と日本産野生由来MSM系統のF1雑種マウスの精巣および脳をもちいてpolyA+ mRNA-seq解析をおこなった.各々約2000~3000万程度の重複のないリードを取得し解析した結果,約1500の遺伝子座において系統間の遺伝子発現差異がみとめられ,そのうち約900の遺伝子座ではMSM系統における発現が優位であった.興味深いことに,MSMの精巣においてB6のそれよりも高く発現する遺伝子群では,細胞膜関連やレセプターなど細胞間コミュニケーションに関わる遺伝子が多く観察された一方で,B6の精巣で高く発現する遺伝子群では特定の機能に偏るという傾向は見られなかった.これらの遺伝子群で認められた発現の系統間差異はF1雑種においてもアリル間の発現差異として維持されており,シス制御配列の差異が発現に影響している可能性も考えられる.

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • Research Products

    (4 results)

All 2013 2012

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Large, male germ cell-specific hypomethylated DNA domains with unique genomic and epigenomic features on the mouse X chromosome.2013

    • Author(s)
      Ikeda, R. et al.
    • Journal Title

      DNA Res.

      Volume: 20 Issue: 6 Pages: 549-565

    • DOI

      10.1093/dnares/dst030

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 亜種間ハイブリッドマウスにおける遺伝子発現のアレル間差異2012

    • Author(s)
      沼田興治
    • Organizer
      「ゲノム・遺伝子相関」若手の会
    • Place of Presentation
      滋賀
    • Year and Date
      2012-10-31
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 亜種間ハイブリッドマウスにおける遺伝子発現のアレル間差異2012

    • Author(s)
      沼田興治
    • Organizer
      日本進化学会第14回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-08-23
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 高速シークエンサーによるDNAメチル化プロファイリング2012

    • Author(s)
      沼田興治
    • Organizer
      生殖サイクル若手勉強会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2012-07-25
    • Related Report
      2012 Annual Research Report

URL: 

Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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