インターメア機能配列の情報量規準と機械学習による同定および進化的解析

• Project Area: Functions of non-coding DNA region for genome integrity
• Project/Area Number: 24114501
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: 遠藤 俊徳 北海道大学, 情報科学研究科, 教授 (00323692)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2014-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2013)
• Budget Amount: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000); Fiscal Year 2013: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000); Fiscal Year 2012: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
• Keywords: インターメア / 機能的配列 / 分子進化 / 機械学習 / 機能的配列モチーフ抽出

Research Abstract

ヒト～原索動物のゲノム配列から、既知の機能配列および繰り返し配列の抽出を行い、カタログ化したデータベースを構築した。繰り返し配列の一部は進化的にゲノム上を移動する事のあることが知られるが、それによって選択的スプライシングや、マイクロRNA配列導入が生じる可能性があることから、具体例の収集を行ってデータ解析を進めた。また、生物学的情報を元に機械学習を用いて分類解析する方法の開発を行った。未分類配列から機能配列のもつ特徴的パターンを抽出するためのアルゴリズム開発を行った。また、生物種間の比較に基づいて機能配列を見つけるため、進化的遺伝子分岐の解析方法の開発を行った。

Current Status of Research Progress

Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Presentation] Cell specific pattern based classification by machine learning (2013)
  • Author(s): Mao Shuojie
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場
• [Presentation] OncomiRの発癌機構の解明に向けた統計的手法による標的遺伝子解析 (2013)
  • Author(s): 久保研斗
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場
• [Presentation] 標準化系統樹を用いたモリクテス綱の細菌の進化解析 (2013)
  • Author(s): 中西 聡
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場