Ｕｂｅ３ａ遺伝子座における超長鎖非コードアンチセンスＲＮＡの構造・機能解析

Publicly Offered Research

Project Area	Functional machinery for non-coding RNAs
Project/Area Number	24115703
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
Allocation Type	Single-year Grants
Review Section	Biological Sciences
Research Institution	Kochi University
Principal Investigator	清澤秀孔高知大学, 医学部, 准教授 (30295422)
Project Period (FY)	2012-04-01 – 2014-03-31
Project Status	Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help	¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000) Fiscal Year 2013: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000) Fiscal Year 2012: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywords	ゲノム刷り込み / アンチセンスRNA / 非コードRNA / RNA-seq / MSM/Ms / ES細胞
Research Abstract	次世代シーケンサーによるRNA-seq配列解析を続行した。サンプルは独自に樹立した遺伝的多型を有するES細胞（C57BL/6とMSM/Ms間のF1亜種間雑種ES細胞：C57BL/6（B6）が父親、MSM/Ms（MSM）が母親の組み合わせ）をin vitroで神経細胞へ分化させたものである。Ube3a遺伝子座におけるアンチセンスRNAはUbe3a遺伝子センス鎖の転写単位の領域に於いて転写されたアンチセンスRNAが蓄積をしていることが昨年までの解析で判明しているが、Ube3a遺伝子座を含む近傍のゲノム刷り込みされた領域全体を解析すると、（Ube3a遺伝子からみて下流の方向に）3Mb離れた領域からアンチセンス鎖側からの転写が断続的に行われている様子が判明し、更に広い領域でゲノム刷り込みが制御されていることが示唆された。今年度は、母親と父親の組み合わせが逆のES細胞（母親がB6、父親がMSM）のRNA-seqも行い、確実にゲノム刷り込みが起きている様子を確認した。アンチセンスRNA転写単位同定の試みの1つとしてRNAポリメラーゼIIのChIP解析も行い、現在、次世代シーケンサーによる配列を解析中である。また、アンチセンスRNAを条件的にノックダウンするためのコンストラクトを作製し、ES細胞の染色体に組み込むところまで終了した。今後、Ube3aアンチセンスRNAの発現とUbe3aセンス鎖の（母親由来のみの）片アレル発現の関係を解析する予定である。
Current Status of Research Progress	Reason 25年度が最終年度であるため、記入しない。
Strategy for Future Research Activity	25年度が最終年度であるため、記入しない。