マルチ翻訳後修飾プロテオミクスによる代謝・転写システムの大規模解析
Publicly Offered Research
Project Area | Crosstalk of transcriptional control and energy pathways by hub metabolites |
Project/Area Number |
24116513
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Biological Sciences
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Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
石濱 泰 京都大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30439244)
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Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2013)
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Budget Amount *help |
¥9,620,000 (Direct Cost: ¥7,400,000、Indirect Cost: ¥2,220,000)
Fiscal Year 2013: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2012: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
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Keywords | 翻訳後修飾 / プロテオーム / 代謝 / 転写因子 |
Research Abstract |
独自のリン酸化プロテオーム解析システムにアセチル化等の修飾を加えたマルチ翻訳後修飾プロテオーム計測システムを確立する。転写制御タンパク群および代謝酵素群にフォーカスした試料前処理法の開発と併せ、代謝および転写システムをマルチ翻訳後修飾の観点 から俯瞰する大規模計測システムを確立し、既知情報にとらわれない不偏的マルチ翻訳後修飾発見研究を行い、代謝および転写システムにおける翻訳後修飾タンパク質の分子基盤を明らかにすることを目的とする。リン酸化については、前年度に開発した化学的濃縮と抗体による濃縮を組み合わせたチロシンリン酸化プロテオミクスをさらに進め、化学的濃縮、チロシンキナーゼを用いた人工タグ導入およびチロシンリン酸化ペプチド濃縮をおこなう方法を確立した。前年度の方法と組み合わせることにより、定量感度が数10倍上昇することが分かった。また、リン酸化タンパク質含量の低いバクテリアのリン酸化プロテオミクスをさらに進め、大腸菌、枯草菌およびK. pneumoniaの大規模解析を行い、世界最大のバクテリアリン酸化プロテオームマップを完成させた。アセチル化について、抗体を用いずに細胞内アセチル化ペプチドを濃縮するDAPE(DeAcetylated Peptide Enrichment法を開発した。DAPE法では細胞抽出タンパク試料のトリプシン消化ペプチドに対し、全アミノ基を化学変換した後、任意のKDACで脱アセチル化したペプチドを濃縮するというものである。配列特異的なKDAC(SIRT1, HDAC2, HDAC6)により計800種以上のアセチル化サイトが同定されたが、オーバーラップしていたのはわずか27サイトのみであり、これらKDACはそれぞれ明らかに異なる配列依存性を持つことが示された。
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Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(46 results)
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[Journal Article] Discovery of colorectal cancer biomarker candidates by membrane proteomic analysisand subsequent verification using selected reaction monitoring and tissue microarrayanalysis2014
Author(s)
Kume H, Muraoka S, Kuga T, Adachi J, Narumi R, Watanabe S, Kuwano M, Kodera Y, Matsushita K, Fukuoka J, Masuda T, Ishihama Y, Matsubara H, Nomura F, Tomonaga T.
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Journal Title
Mol Cell Proteomics.
Volume: M113
Issue: 6
Pages: 37093-37093
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Estrogen response element-GFP (ERE-GFP) introduced MCF-7 cells demonstrated the coexistence of multiple estrogen- deprivation resistant mechanisms2014
Author(s)
Fujiki N, Konno H, Kaneko Y, Gohno T, Hanamura T, Imami K, Ishihama Y, Nakanishi K, Niwa T, Seino Y, Yamaguchi Y, Hayashi S
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Journal Title
J. Steriod Biochem. Mol. Biol.
Volume: 139
Pages: 61-72
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Metabolomic profiling of lung and prostate tumor tissues by capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry2013
Author(s)
Kami, K.; Fujimori, T.; Sato, H.; Sato, M.; Yamamoto, H.; Ohashi, Y.; Sugiyama, N.; Ishihama, Y..; Onozuka, H.; Ochiai, A.; Esumi, H.; Soga, T.; Tomita, M.
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Journal Title
Metabolomics
Volume: 9 (2)
Issue: 2
Pages: 444-453
DOI
Related Report
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[Journal Article] Phosphoproteomic analysis of Rhodopseudomonas palustris reveals the role of pyruvate phosphate dikinase phosphorylation in lipid production2012
Author(s)
Hu, C. W.; Lin, M. H.; Huang, H. C.; Ku, W. C.; Yi, T. H.; Tsai, C. F.; Chen, Y. J.; Sugiyama, N.; Ishihama, Y.; Juan, H. F.; Wu, S. H
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Journal Title
J. Proteome Res.
Volume: 11
Issue: 11
Pages: 5362-75
DOI
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[Presentation] Pyruvate Phosphate Dikinase Phosphorylation Increases Lipid Production in Rhodopseudomonas palustris: a Phosphoproteomic Analysis2012
Author(s)
C.-W. Hu, M.-H. Lin, T.-H. Yi, H.-C. Huang, W.-C. Ku, C.-F. Tsai, Y.-J. Chen, N. Sugiyama, Y. Ishihama, H.-F. Juan, S.-H. Wu
Organizer
19th International Mass Spectrometry Conference
Place of Presentation
京都国際会館(京都)
Year and Date
2012-09-15
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