思春期コホート研究にＤＮＡメチル化マーカーを導入する際の技術的検討
Publicly Offered Research
| Project Area | Adolescent mind and self-regulation |
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| Project/Area Number |
24118501
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Complex systems
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
文東 美紀 東京大学, 医学部附属病院, 特任助教 (00597221)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2013)
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| Budget Amount *help |
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2013: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2012: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
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| Keywords | コホート研究 / DNAメチル化 |
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| Research Abstract |
1. DNAメチル化解析における唾液の有用性を検討するため、血液サンプルとの比較を行った。健常者1名分の唾液・血液DNAについて、Agilent 社 SureSelect - Human Methyl-Seq およびIllumina 社 Infinium HumanMethylation450 BeadChipを使用して、網羅的なゲノムDNAのメチル化解析を行った。唾液・血液DNAメチル化は相関がR=0.97程度と、高い相関がみられた。また全解析部位のうち、3,3333か所でメチル化に有意差が検出された。さらに健常者20人分の血液と唾液DNAを使用して、メチル化率が組織間で有意に異なるCpG部位のオントロジー解析を行ったところ、細胞外領域などが同定された。今後、血液と唾液データを比較する際には、このようなゲノム領域に注意を払って解析する必要があると考えられる。
2. コホート研究でマーカーに使用する候補として、精神疾患との関与が多く報告されているSLC6A4遺伝子領域の2か所のCpG部位について、双極性障害患者・健常者、約450名ずつのDNAメチル化データを取得し、この領域のマーカーとしての有用性を検討した。解析の結果、1か所のCpG部位において、患者群で有意にメチル化が数%ほど亢進していた。このメチル化亢進は特に男性において顕著に認められた。
3. 次世代シーケンサーを使用したメチル化解析の有用性を検討するため、11番染色体上にある470bp長の塩基配列について、20%間隔で0-100%のメチル化率のDNAサンプルを準備し、Illumina社の次世代シーケンサーであるMiSeqを使用して、メチル化定量を行った。その結果、input DNAのメチル化率と、検出されたメチル化率はR =0.953-0.995と高い相関を示し、解析コストも有利であると考えられた。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(14 results)
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[Journal Article] A snapshot of plasma metabolites in first-episode schizophrenia : A capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry study (131 characters)2014
Author(s)
Koike S, Bundo M, Iwamoto K, Suga M, Kuwabara H, Ohashi Y, Shinoda K, Takano Y, Iwashiro N, Satomura Y, Nagai T, Natsubori T, Tada M, Yamasue H, and Kasai K
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Journal Title
Translational Psychiatry
Volume: 4
Issue: 4
Pages: e379-e379
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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