Construction of de novo Japanese and Ryukyu wild boar genome assemblies toward the investigation of adaptive revolution

Publicly Offered Research

Project Area	Integrative bioarchaeological studies on human prehistory in the Japanese archipelago
Project/Area Number	24H01588
Research Category	Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
Allocation Type	Single-year Grants
Review Section	Transformative Research Areas, Section (I)
Research Institution	National Agriculture and Food Research Organization
Principal Investigator	谷口雅章国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門, 上級研究員 (60531431)
Project Period (FY)	2024-04-01 – 2026-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2025)
Budget Amount *help	¥12,480,000 (Direct Cost: ¥9,600,000、Indirect Cost: ¥2,880,000) Fiscal Year 2025: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000) Fiscal Year 2024: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Keywords	ニホンイノシシ / 全ゲノム解読 / 適応進化 / 家畜化 / 野生動物 / Sus scrofa
Outline of Research at the Start	ニホンイノシシおよびリュウキュウイノシシはそれぞれの環境変化に適応して独自の系統分化により集団を形成してきた。ブタの家畜化は、現在より約10,500年～8,000年前にユーラシア大陸の複数地域が起源と推定されるが、日本列島では先史時代における大陸からの家畜ブタ導入の可能性、また、ニホンイノシシの家畜化の兆候をうかがわせる研究があるが、家畜ブタは定着しなかった。そこで、本研究では、ニホンイノシシおよびリュウキュウイノシシのリファレンスゲノム構築に基づき、各地域に存在した集団がそのまま維持・定着したか？あるいは、アジア大陸に由来する系統を一部に引き継いだのか？ゲノム比較解析により明らかにする。