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RNA-ペプチド複合体による人工チャネルの進化工学的創製

Publicly Offered Research

Project AreaDevelopment of Molecular Robots equipped with sensors and intelligence
Project/Area Number 25104503
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionSaitama University

Principal Investigator

根本 直人  埼玉大学, 理工学研究科, 教授 (60509727)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2013: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywords進化工学 / リポソーム / ペプチド / チャネル / 分子ロボティクス
Outline of Annual Research Achievements

分子ロボティクスにおいて外的環境に感応してリポソームのような人工細胞が自律的に運動し、外的環境に応じて外部と内部の物質的なやり取りが可能になればその医療応用への波及効果は計り知れない。そのような物質のやり取りは天然のチャネルも行っているが、人工的にチャネルを創製できれば外的環境をより人為的に操作可能となる。すでに進化工学的手法によりリポソームに特異的に結合するペプチド(LP-1)を取得していたため、このペプチドがどのようにリポソームに結合しているかを解析することは、上述のようなペプチドを創出する上で重要である。そこで、数種類のリポソーム結合ペプチド(LP-1)を化学合成しリポソームとの相互作用をレーザー共焦点顕微鏡を用いて観察し機能解析を行なった。その結果、N末端側がリポソームの2重脂質膜内部に埋め込まれ、C末端側がリポソーム表面に露出して存在することを明らかにした。このことから人工的な進化工学の手法により膜貫通するペプチドの取得可能性が示唆された。この結果を踏まえ、RNA-ペプチド複合体の進化システムの構築を目指した。まず、RNAとペプチドが複合体としてリポソームに結合・貫通するものをスクリーニングする上で、進化システム自体の効率化が重要となる。そこで、細胞分離用FACS(fluorescence activated cell sorting)を用いて、特定のリポソームを選択的に分離する系を構築した。スクリーニングにあたり、30残基のペプチドは20種類のアミノ酸を提示する場合、その組み合わせの数は膨大なため天然のチャネルを参考にしてαへリックスをもとに新規のライブラリをデザイン、構築した。これを用いてRNA-ペプチド複合体によるリポソーム結合ペプチドのスクリーニングを実施し、FACSにより結合ペプチドが選択されることを実証した。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2015 2014 2013 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 2 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Functional Analysis of Liposome Anchoring Peptide Selected by Complementary DNA display (cDNA display)2015

    • Author(s)
      Naoto Nemoto, Yuki Yoshikawa, Toshiki Miyajima, and Shota Kobayashi
    • Journal Title

      Peptide Science 2014 (Edited by Akira Otaka)

      Volume: 51 Pages: 71-72

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Versatile C-terminal specific biotinylation of proteins using both a puromycin-linker and a cell-free translation system for studying high-throughput protein-molecule interactions2014

    • Author(s)
      Nemoto N, Fukushima T, Kumachi S, Suzuki M, Nishigaki K, Kubo T.
    • Journal Title

      Anal Chem.

      Volume: 86 Issue: 17 Pages: 8535-8540

    • DOI

      10.1021/ac501601g

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] cDNA displayによる分子デザイン -mRNA display(in vitro virus)からcDNA displayへ-2013

    • Author(s)
      根本直人、望月佑樹、上野真吾
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 53 Pages: 250-253

    • NAID

      10031191846

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ペプチドアプタマーと熱応答性磁性ナノ粒子を用いた高感度検出方法の開発2014

    • Author(s)
      蛙田 佑介, 眞山 博幸, 根本 直人
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜パシフィコ(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-23 – 2014-11-25
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 進化工学による機能分子創出・・・cDNA display法からのアプローチ2014

    • Author(s)
      根本直人
    • Organizer
      第19回分子複合医薬研究会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所(大阪府池田)
    • Year and Date
      2014-11-21
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] In vitro Selection of Liposome Binding Peptide by cDNA Display2014

    • Author(s)
      NaotNemoto, Toshiki Miyajima, Yuki Yoshikawa, Shota Kobayashi
    • Organizer
      20th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • Place of Presentation
      京都大学 芝蘭会館 (京都府京都市)
    • Year and Date
      2014-09-22 – 2014-09-26
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 標的分子の多様性を拡張するペプチドアプタマー取得ためのcDNA display法

    • Author(s)
      根本直人
    • Organizer
      Biotech 2013
    • Place of Presentation
      東京ビックサイト
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Functional analysis of Liposome binding peptide selected by cDNA display

    • Author(s)
      Y. Yoshikawa、S. Kobayashi, M. Suzuki, K. Nishigaki, N. Nemoto
    • Organizer
      CBI学会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Functional property of Lipid-bilayer binding peptide selected by cDNA display

    • Author(s)
      Y. Yoshikawa, S. Kobayashi, T. Miyajima, M. Suzuki, N. Nemoto
    • Organizer
      第23回日本MRS年次大会
    • Place of Presentation
      横浜情報文化センター
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Book] 『進化分子工学-高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発-』2013

    • Author(s)
      根本直人
    • Total Pages
      20
    • Publisher
      (株)エヌ・ティー・エス
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 磁性体ゲルビーズを用いた標的分子の高感度検出方法及び検出用キット2014

    • Inventor(s)
      根本直人、蛙田佑介
    • Industrial Property Rights Holder
      埼玉大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2014-113367
    • Filing Date
      2014-05-30
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] リポソーム結合ペプチド及びその作製方法2013

    • Inventor(s)
      根本直人、小林省太、吉川 裕紀
    • Industrial Property Rights Holder
      埼玉大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2013-203708
    • Filing Date
      2013-09-30
    • Related Report
      2013 Annual Research Report

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Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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