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環境自律応答型転写系を備えた移動型分子ロボットの創出

Publicly Offered Research

Project AreaDevelopment of Molecular Robots equipped with sensors and intelligence
Project/Area Number 25104504
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKyoto University (2014)
The University of Tokyo (2013)

Principal Investigator

多田隈 尚史  京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 研究員 (10339707)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Fiscal Year 2014: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2013: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Keywords1分子計測(SMD) / 核酸 / 蛋白質 / 分子機械 / 分子モーター / 1分子計測(SMD)
Outline of Annual Research Achievements

自律的に動作する分子ロボットを構築する為に、DNAナノ構造物(DNA-tile)上に多数の蛋白質を固定した"DNA-蛋白質ハイブリッドナノシステム"を構築し観察を行った。本年度は、T7-RNAポリメラーゼ(T7-RNA polymerase、以下RNAP)蛋白質をモデル蛋白質として用い、主に、機能モジュールとしての性質を明らかにする事に注力した。具体的には、DNA-tile上にRNAPと、(RNAPが転写する)遺伝子を集積化し(以下Gene-nano-chip)、出来たGene-nano-chipをゲル電気泳動法や原子力間顕微鏡(AFM)で確認した後、活性を溶液反応系で測定した。その結果、Gene-nano-chipには自律動作する分子ロボット構築に都合の良い性質が備わっている事が明らかになった。1つ目は合理設計性であり、Gene-nano-chip上のRNAPと基質遺伝子間の距離を制御することで、転写活性を設計できる事が明らかになった。2つ目は、直交性であり、自身の内部遺伝子は高効率に転写する一方、溶液中を漂う外部遺伝子はあまり転写しないという性質が明らかになった。そして、これらの性質を利用して、無細胞翻訳系PURE systemにおいて、2つの遺伝子の発現量を合理的に設計可能である事を示した。また、人工細胞に見立てたエマルジョンの中でこれらの性質を確認した。これらの結果は、従来は経験則的に反応設計が行われてきた転写活性を工学的なアプローチで反応設計可能な事を示しており、生物化学反応の制御にDNA-蛋白質ハイブリッドナノシステムを用いる事の有用性を示唆する。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2014 2013

All Presentation (12 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Presentation] 生物遺伝子発現システムを集積化したバイオナノチップの構築に向けて2014

    • Author(s)
      増渕岳也、多田隈尚史、遠藤政幸、原田慶恵、杉山弘、上田卓也
    • Organizer
      計測自動制御学会 システム・情報部門学術講演会 2014 (SSI2014)
    • Place of Presentation
      岡山大学 創立五十周年記念館
    • Year and Date
      2014-11-22
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第87回日本生化学会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      2014-10-18
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Cross-linking the dynein-microtubule complex by DNA origami2014

    • Author(s)
      広瀬恵子, 厳康敏, 多田隈尚史
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-26
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-25
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA origamiを用いた直交性のある転写ナノデバイスの構築2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス
    • Year and Date
      2014-09-12
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA origamiを用いた直交性のある転写ナノデバイスの構築2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第16回RNA学会
    • Place of Presentation
      名古屋市・ウインクあいち
    • Year and Date
      2014-07-24
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAナノ構造を用いたナノ転写チップの構築: ナノ反応場における転写活性2014

    • Author(s)
      多田隈尚史
    • Organizer
      第66回日本細胞生物学会大会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      2014-06-12
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] High-resolution Thermodynamic Analysis of ABC-Transporter MsbA Reconstituted in Nanodiscs.2014

    • Author(s)
      Kawai T, Tadakuma H, Caaveiro JMM, Tsumoto K, Ueda T
    • Organizer
      Biophysical meeting
    • Place of Presentation
      Moscone Center (米国・CA)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Construction and functional analysis of DNA origami base DNA-RNAP hybrid nanomachine2013

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Designing the nano-reaction field: Introduction and application to motor protein research2013

    • Author(s)
      Tadakuma H
    • Organizer
      日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Construction and functional analysis of DNA origami base DNA-RNAP hybrid nanomachine2013

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      CBI学会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京都)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] ナノ反応場デザインによるDNA-モーター蛋白質ハイブリッドの自律運動設計に向けて2013

    • Author(s)
      多田隈 尚史
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会6.0
    • Place of Presentation
      慶応大学・鶴岡キャンパス
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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