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細胞スケールから器官まで、運動する細胞が織りなす協同現象のフィジカルバイオロジー

Publicly Offered Research

Project AreaCross-talk between moving cells and microenvironment as a basis of emerging order in multicellular systems
Project/Area Number 25111736
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

柴田 達夫  独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究ユニットリーダー (10359888)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2013: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Keywords細胞運動 / 走化性 / 集団運動 / 数理モデル
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、内部に極性や形態の変化などの自由度を持つ要素=細胞の集団が、1細胞のスケールを超えた秩序を作り出す協同現象が生まれる仕組みを、数理科学の方法を用いて解明した。
1.細胞極性と形態変形を加味した細胞運動の確率微分方程式モデルを提案し、細胞の形態変形が走化性の情報処理に及ぼす影響を示した。(Hiraiwa et al. (2014) Phys. Biol.)
2.細胞性粘菌の走化性シグナル伝達系が自発的に一様性を破り、非対称性を作り出す仕組みが興奮性であることを実験的に示した。さらに、走化性誘引物質の勾配を検出するときも同じ興奮性の仕組みが使われていて、興奮性がバイアスされることで勾配が検出できることを示した。(Nishikawa et al. (2014) Biophys. J. 柴田達夫, 西川正俊, 上田昌宏 (2014) 細胞工学. Shibata et al. (2013) Biophys. J.)
4. 細胞性粘菌は走化性に非依存的な集団運動を示すことが知られている。本年度は、そのための実験系を立ち上げ、PIVなどの画像解析の手法によって集団運動の動態を解析した。さらに細胞性粘菌の細胞間接着に依存的な集団運動の数理モデルを構築した。この方法において細胞の極性運動、持続的運動(persistent motion)、極性のある細胞間接着を考慮に入れた。数値計算から細胞間の接着が一過的であるにもかかわらず、細胞集団として運動の方向性を獲得する集団運動を見いだすことが出来た。
5. 細胞性粘菌の走化性シグナル伝達系における、自発的な非対称性形成の数理モデル(偏微分方程式)の分岐解析を行った。(Nakamura 2015 in prep.)
6. 上皮細胞が接着を維持したまま集団で特定の方向に移動する集団移動を理論的に調べるために、vertex modelを用いた数理モデルを構築した。それぞれの細胞の性質が、どのように組織レベルの運動性に反映されるのかを理論的に調べることができた。(Sato, Hiraiwa, et al. 2015 submitted)

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2015 2014 2013

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 4 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Relevance of intracellular polarity to accuracy of eukaryotic chemotaxis.2014

    • Author(s)
      Tetsuya Hiraiwa, Akihiro Nagamatsu, Naohiro Akuzawa, Masatoshi Nishikawa, Tatsuo Shibata
    • Journal Title

      Physical Biology

      Volume: 11 Issue: 5 Pages: 056002-056002

    • DOI

      10.1088/1478-3975/11/5/056002

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Excitable Signal Transduction Induces Both Spontaneous and Directional Cell Asymmetries in the Phosphatidylinositol Lipid Signaling System for Eukaryotic Chemotaxis.2014

    • Author(s)
      Nishikawa M, Horning M, Ueda M and Shibata T.
    • Journal Title

      Biophys J.

      Volume: 106(3) Issue: 3 Pages: 723-734

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2013.12.023

    • Related Report
      2014 Annual Research Report 2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ゆらぎの伴うシグナル伝達系による走化性細胞のロバストな勾配センシング2014

    • Author(s)
      柴田達夫, 西川正俊, 上田昌宏
    • Journal Title

      細胞工学

      Volume: 33 Pages: 592-597

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Journal Article] Intracellular Encoding of Spatiotemporal Guidance Cues in a Self-Organizing Signaling System for Chemotaxis in Dictyostelium Cells.2013

    • Author(s)
      Shibata T, Nishikawa M, Matsuoka S, Ueda M
    • Journal Title

      Biophys J.

      Volume: 105(9) Issue: 9 Pages: 2199-2209

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2013.09.024

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Scaling of Dorsal-Ventral Patterning by Embryo Size-Dependent Degradation of Spemann’s Organizer Signals2013

    • Author(s)
      Hidehiko Inomata, Tatsuo Shibata, Tomoko Haraguchi, Yoshiki Sasai
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 153 Issue: 6 Pages: 1296-1311

    • DOI

      10.1016/j.cell.2013.05.004

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical model for cell migration with gradient sensing and shape deformation2013

    • Author(s)
      Tetsuya Hiraiwa, Akinori Baba and Tatsuo Shibata
    • Journal Title

      Eur. Phys. J. E

      Volume: 36 Issue: 4 Pages: 32-32

    • DOI

      10.1140/epje/i2013-13032-1

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] How cells find which way to go?2015

    • Author(s)
      Tatsuo Shibata
    • Organizer
      WE Heraeus Physics School "Model systems for understanding biological processes"
    • Place of Presentation
      Bad Honnef, Bonn Germany
    • Year and Date
      2015-02-22 – 2015-02-27
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Space-Time dynamics of signaling pathway revealed by single cell fluorescence imaging and mathematical Modelling2014

    • Author(s)
      Tatsuo Shibata
    • Organizer
      Department of Physics, National Central University
    • Place of Presentation
      Jhongli, Taiwan
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-28
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Spatiotemporal dynamics of intracellular signaling process for eukaryotic chemotaxis2014

    • Author(s)
      Tatsuo Shibata
    • Organizer
      The Joint Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology and the Society for Mathematical Biology
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2014-07-28 – 2014-08-01
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Theoretical model of DV-pattern scaling in Xenopus embryo2013

    • Author(s)
      柴田達夫
    • Organizer
      第46回日本発生生物学会シンポジウム
    • Place of Presentation
      島根県松江市 くにびきメッセ
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Collective unidirectional motion of epithelial Theoretical approach2013

    • Author(s)
      佐藤勝彦
    • Organizer
      第46回日本発生生物学会シンポジウム
    • Place of Presentation
      島根県松江市 くにびきメッセ
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Self-organization in polarity formation and gradient sensing in eukaryotic chemotaxis2013

    • Author(s)
      柴田達夫
    • Organizer
      Computational Methods for Bio and Complex Systems
    • Place of Presentation
      Korea Institute for Advanced Study, Seoul, Korea
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Book] STOCHASTIC FLUCTUATIONS AND SPONTANEOUS SYMMETRY BREAKING IN THE CHEMOTAXIS SIGNALING SYSTEM OF DICYOSTELIUM CELLS2013

    • Author(s)
      Tatsuo Shibata
    • Publisher
      World Scientific
    • Related Report
      2013 Annual Research Report

URL: 

Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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