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転写制御因子によるDNA立体構造変化の光学的ナノ計測法開発

Publicly Offered Research

Project AreaIntegral understanding of the mechanism of transcription cycle through quantitative, high-resolution approaches
Project/Area Number 25118513
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

井上 康志  大阪大学, 生命機能研究科, 教授 (60294047)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥11,700,000 (Direct Cost: ¥9,000,000、Indirect Cost: ¥2,700,000)
Fiscal Year 2014: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2013: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Keywords局在表面プラズモン / 転写制御 / 一分子計測 / DNA / ナノバイオロジー / SOX2 / 応用光学・量子光工学 / 1分子計測(SMD) / ナノバイオ / 発現制御
Outline of Annual Research Achievements

金ナノ粒子とDNAから構成されるナノダイマーを、各々おもりとバネとみなし振動力学系として捉え、転写制御因子結合によるDNA構造変化前後での振動状態の変化からダイナミクスを解析する方法の確立を目指し、ナノダイマーの振動計測法の検討と装置の開発を進めた。レーザー光(575 nm)を電気光学変調器で強度変調し、液中のナノダイマーに照射することで、ポンプ光としてナノダイマーを励振させ、同時に、異なる波長のレーザー光(532 nm)をプローブ光としてナノダイマーに入射し、振動するナノダイマーにより変調を受けた散乱光をアバランシェフォトダイオードにより検出し、ロックインアンプにより振動成分のみを抽出した。ポンプ光成分はバンドパスフィルターにより除去した。ポンプ光とプローブ光の各々の進行方向は直交、同軸など幾つか実験を通して検討した結果、同軸が適していると結論づけた。0次透過光はマスクで除去し、散乱光成分のみを検出し、検出器のダイナミックレンジを確保した。検出した散乱光の信号はナノダイマーを理想的な調和振動子とみなしたときの共鳴周波数近傍付近を含む100kHzから10MHzまでの間で振動周波数を連続的に掃引し、ロックイン検出を行った。ナノダイマーを含んだ溶液では、864.8 kHzで振動ピークが観察され、ピーク幅は約100 Hz程度であると同時に、振動ピークの前後で位相が180°変化することも確認した。また、溶媒等の影響を調べるため、溶液中に金ナノ粒子だけを分散した系、一本鎖DNAが結合した金ナノ粒子だけを分散した系、純水だけの系、それぞれで同様の振動計測を行ったが、振動ピークは観察されなかった。これらのことから、ナノダイマーの共鳴振動により変調を受けたプローブ光だけを干渉信号として検出できることを見出した。さらに、電子線描画装置を用いたナノダイマーのアレイ化の検討も行った。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2015 2014 2013 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Nano-analysis of DNA conformation changes induced by transcription factor complex binding using plasmonic nanodimers2013

    • Author(s)
      Morimura H, Tanaka S, Ishitobi H, Mikami T, Kamachi Y, Kondoh H, Inouye Y.
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 7 Issue: 12 Pages: 10733-10740

    • DOI

      10.1021/nn403625s

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Nano-Investigation of DNA Conformation Change by using Gold Nano-dimers2015

    • Author(s)
      井上 康志
    • Organizer
      Japan-Morocco Handai Project on Functional Nanophotonics Kick-Off Workshop
    • Place of Presentation
      モロッコ(ラバト)、MAScIR
    • Year and Date
      2015-02-25 – 2015-02-26
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 転写制御因子による DNA 立体構造変化のリアルタイム計測法2014

    • Author(s)
      Huang Xin
    • Organizer
      転写サイクル合同班会議
    • Place of Presentation
      山梨県 慶山
    • Year and Date
      2014-08-04 – 2014-08-06
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] "Real-time observation of DNA conformational change using gold nanodimers”

    • Author(s)
      H. Morimura, H. Ishitobi, T. Mikami, Y. Kamachi, H. Kondoh, and Y. Inouye
    • Organizer
      JSAP-OSA Joint Symposia (The 74th JSAP Autumn Meeting)
    • Place of Presentation
      Doshisha University, Kyotanabe Campus (Kyoto)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] “ナノ・バイオフォトニクス:金属ナノ構造体を駆使したバイオセンシング・イメージング”

    • Author(s)
      井上康志
    • Organizer
      室蘭工業大学大学院博士後期課程創成機能工学専攻特別講演
    • Place of Presentation
      室蘭工業大学 (北海道)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] “Real-time observation of DNA conformation change using plasmonic nanodimers”

    • Author(s)
      H. Morimura, H. Ishitobi, and Y. Inouye
    • Organizer
      International Workshop on Atomically Controlled Fabrication Technology
    • Place of Presentation
      Nakanoshima Center, Osaka University (Osaka)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] “Plasmonic nanodimers for investigation of DNA conformation change induced by transcription factors”

    • Author(s)
      M. Oki, H. Morimura, H. Ishitobi, and Y. Inouye
    • Organizer
      Japan Taiwan Bilateral Conference on Biomedical and Plasmonic Imaging
    • Place of Presentation
      Biotechnology Building, National Taiwan University (Taiwan)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] “Optical nano-investigation of DNA conformation change induced by transcription factors”

    • Author(s)
      H. Morimura, M. Oki, H. Ishitobi, and Y. Inouye
    • Organizer
      UK-Japan workshop on Nanophotonics, Metamaterials and Plasmonics
    • Place of Presentation
      Photonics Center, Osaka University (Osaka)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report

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Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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