ゲノム情報科学に基づく環境応答性プロモーターの動作原理の還元論的解析
Publicly Offered Research
Project Area | Environmental sensing of plants: Signal perception, processing and cellular responses |
Project/Area Number |
25120712
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Biological Sciences
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Research Institution | Gifu University |
Principal Investigator |
山本 義治 岐阜大学, 応用生物科学部, 教授 (50301784)
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Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2014)
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Budget Amount *help |
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2014: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2013: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
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Keywords | 合成プロモーター / 環境ストレス応答 / 植物ゲノム / 環境応答 |
Outline of Annual Research Achievements |
H26年度はこれまで不可能であった「間にスペーサーを持つ転写制御配列」の予測法を確立した。新規予測法を用いて、NACファミリーの転写因子であるSOG1の結合領域を予測し、タンパク質-DNAのin vitro結合実験により予測を検証することができた。また、別の予測として、間にスペーサーを持つESRE(ERストレス応答エレメント)をERストレス応答のマイクロアレイデータから予測することができた。新規の予測法は上に挙げた種類の転写制御配列のみならず、間に1つスペーサーを持つ二部式の制御配列全般をカバーできているものと考えている。これらの結果は別のNAC型転写因子のターゲット配列の予測及び生化学実験による結合解析の結果と合わせて、投稿準備中である。 また、過酸化水素処理に対する転写応答をマイクロアレイにより解析し、得られた結果から過酸化水素応答性転写因子間での支配関係をまとめて解析するスキームを検討した。 H27年度(延長期間)は前年度行った改良型プロモーター予測の結果に基づき、環境応答性合成プロモーターを作成し、植物へ導入後機能評価を行った。また、予測の結果に基づき、推定される転写因子タンパク質とのDNA-タンパク質間の結合実験を行い、ポジティブな結果を多数得ることができた。後者の結果は転写ネットワークの実験的解明へ向けてスケールアップすることが可能であることが強く示唆された。
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Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(31 results)
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[Journal Article] The Response of Arabidopsis ELIP2 to UV-B, high light, and cold stress are regulated by a transcriptional regulatory unit composed of two elements.2015
Author(s)
Hayami N, Sakai Y, Saito T, Kimura M, Tokizawa M, Nomoto M, Tada Y, Iuchi S, Yamamoto YY
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Journal Title
Plant Physiol
Volume: 169
Issue: 1
Pages: 840-855
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] ppdb: Plant Promoter Database ver. 3.02014
Author(s)
Hieno A, Naznin A, Hyakumachi M, Sakurai T, Tokizawa M, Koyama H, Sato N, Nishiyama T, Hasebe H, Zimmer AD, Lang D, Resk R, Rensing S, Obokata J, Yamamoto YY
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Journal Title
Nucleic Acids Research
Volume: 42
Issue: D1
Pages: D1188-D1192
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Presentation] Reciprocal regulation between salicylate- and jasmonate-responsive transcription factors in plant immunity2015
Author(s)
M. Nomoto, H. Tsukagoshi, T. Mori, T. Suzuki, M.J. Skelly, N. Oka, T. Matsushita, M. Tokizawa, Y.Y. Yamamoto, T. Higashiyama, S.H. Spoel, Y. Tada
Organizer
International ERATO Higashiyama Live-Holonics Symposium and Technical Workshop 2015 "Organogenesis from Eggs to Mature Plants"
Place of Presentation
Nagoya
Year and Date
2015-05-01
Related Report
Int'l Joint Research / Invited
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