ゲノムアダプテーション限界を決定する統計的解析手法の開発
Publicly Offered Research
| Project Area | Systematic study of chromosome adaptation |
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| Project/Area Number |
25125709
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (2014)
Tokyo Institute of Technology (2013) |
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Principal Investigator |
瀬々 潤 独立行政法人産業技術総合研究所, ゲノム情報研究センター, 研究チーム長 (40361539)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2014)
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| Budget Amount *help |
¥10,010,000 (Direct Cost: ¥7,700,000、Indirect Cost: ¥2,310,000)
Fiscal Year 2014: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2013: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
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| Keywords | 染色体構造異常 / 次世代シーケンサ / クラスタリング / 異常検知 / バイオインフォマティクス / 多重検定補正 / ゲノム構造変異 / １塩基置換 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ゲノム構造（大域的に見た場合のゲノム配列）は安定しているものと考えられてきたが，近年の次世代シーケンサの発展とともに，必ずしも安定せず，非常に変化の大きいものであることが明らかになってきた．種間は言うに及ばず，種内であっても世代を経る毎に，ゲノム構造の変化が起きる頻度が少なくなく，配列の大きな欠落（デリーション）や，逆位（インバージョン）などが，複数箇所起きることが分かってきた．また，これらの変異は，がん細胞でも頻繁に見られることが明らかになっている．これらの変異は，マイクロアレイの一種であり，今まで全ゲノム配列を調査するために利用されてきたSNPアレイやCNVアレイでは検出の難しい物も多く，次世代シーケンサの発展と共に明らかになってきた現象である．一方で，このようなゲノム構造異常の次世代シーケンサからの検出手法は，複数提案されているものの未熟であり，精度の高い手法が存在していなかった．本研究では，この問題に対処し，高感度かつ偽陽性の少ない検出手法を開発した．既存の手法であるBreakDancer，GASV，LUMPYなどに比べて，同等かそれ以上の精度が出ることを擬似データを用いた実験により確認した．特に，複数の構造異常が互いに近くに起こる場合において，他の手法より精度が高いことが確認できた．また，マウスの染色体に構造異常を起こした実験データに適用し，PCRとサンガーシーケンスによる確認をすることで，検出した構造異常が実際に起こっていることを確認した．
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(4 results)
