マイマイカブリのゲノム塩基配列と適応形態遺伝子
Publicly Offered Research
| Project Area | Genetic bases for the evolution of complex adaptive traits |
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| Project/Area Number |
25128707
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
曽田 貞滋 京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00192625)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2014)
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| Budget Amount *help |
¥20,410,000 (Direct Cost: ¥15,700,000、Indirect Cost: ¥4,710,000)
Fiscal Year 2014: ¥10,270,000 (Direct Cost: ¥7,900,000、Indirect Cost: ¥2,370,000)
Fiscal Year 2013: ¥10,140,000 (Direct Cost: ¥7,800,000、Indirect Cost: ¥2,340,000)
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| Keywords | 貝食性オサムシ / 採餌形態 / 適応遺伝子 / 全ゲノム配列 / QTLマッピング / トランスクリプトーム / 適応的形態分化 / 全ゲノム塩基配列 / マイマイカブリ / 原因遺伝子 / 連鎖地図 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は，マイマイカブリをはじめとする陸貝食オサムシ亜族の形態分化に関わる適応遺伝子を解明するために，マイマイカブリの全ゲノム配列を解読し，リシーケンス，QTL解析，トランスクリプトーム解析，RADシーケンス解析を行って，多角的に適応遺伝子の解明を行うことである．今年度はマイマイカブリのゲノム配列のアセンブルの精度をあげるとともに，巨頭型亜種サドマイマイカブリと狭頭型亜種アオマイマイカブリのトランスクリプトーム比較による発現変動遺伝子の検出，RADシーケンスによる連鎖地図作成とQTL解析による亜種間形態変異の責任領域の特定とその領域に含まれる発現変動遺伝子のリストアップを行った．また，巨頭・狭頭亜種各６個体のゲノムDNAペアエンドライブラリーをイルミナHiSeq1500によってシーケンスした．このデータにより，亜種間のSNPの分布を調べ，亜種分化に大きな影響を持つゲノム上の領域を特定するとともに，巨頭・狭頭分化に関与するQTL領域における原因塩基配列の探索を行う予定である，マイマイカブリに近縁な陸貝食オサムシ亜族の系統分化と形態分化の対応を調べるために，巨頭型・狭頭型を含む複数の種について，全ゲノム配列のペアエンドシーケンス（9種10個体）と，RADシーケンス（44種47個体）を行った．これらのデータを用いて，系統樹作成を行うとともに，種間のSNP探索によって，形態多様化に関連するゲノム上の領域を特定する予定である．
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(5 results)
